专栏名称: 生信宝典
生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
目录
相关文章推荐
BioArt  ·  Nature | ... ·  昨天  
生信宝典  ·  iMeta高被引论文 | ... ·  2 天前  
BioArt  ·  Immunity | ... ·  2 天前  
BioArt  ·  Nat Immunol | ... ·  4 天前  
生物探索  ·  Nature | ... ·  5 天前  
51好读  ›  专栏  ›  生信宝典

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2025.4)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2025-01-03 21:00

正文


细菌/病毒基因组马上上线!


福利公告为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析宏基因组转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。

目前可以通报的信息:

    • 单物种转录组线上/线下开课时间:

      2025/03/21-22

    • 临床基因组线上/线下开课时间:

      2025/2/21-23

    • 单菌基因组线上/线下开课时间:

      2025/1/10-12

    • 宏基因组线上/线下开课时间:

      2025/5/9-11

    • 扩增子线上/线下开课时间:

      2025/4/11-13

    • 报名链接:http://www.ehbio.com/Training/


在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在北京于2025-4-11到 2025-4-13推出《扩增子16S分析》专题培训第24期(线上课和线下课程同步开通,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创五段式教学(3天集中授课+自行练习2周+微信群问题答疑+上课视频回看反复练习+后续线上课免费参加),“教—练—答—用”四个环节统一协调,真正实现独立分析大数据


关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》

课程简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立两年,分享专业技术原创文章3000+篇,关注人数13万+,累计阅读量31,000,000+。

请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。

本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的内容,都是要带你亲自实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和绘图实战、扩增子分析标准流程、功能预测、差异统计分析以及各类高级分析(进化树、网络、环境因子、随机森林、Adaboost和来源追溯等),和CNS级图片编辑和排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是3年的崎岖之路,助力您真正玩转扩增子分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战操作,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。


编号主题简介
01分析平台搭建Win10:git、R、Rstudio、R包、STAMPAI等 (开课前 1 天晚上)
02Linux基础简介、优势、常用操作、序列处理、软件安装等 (视频课)
03R基础发展史、生物学中应用ggplot2绘图模板 (视频课)
11
扩增子基本流程
基本理论、流程介绍和测试
12结果可视化16种图表的解读、数据整理和在线绘制
16发表级图版制作Adobe Illustrator制作CNS标准图版 (视频课)
21扩增子介绍背景知识、分析原理、科学问题
22扩增子分析流程vsearch+usearch跨平台分析流程
23STAMP统计分析玩转样本筛选、差异比较和统计图表保存
24多样性分析R语言实现多样性、物种组成和差异比较图表
25QIIME2Linux平台QIIME2私人定制流程
26网络分析文章解读,实战网络绘制和属性比较 (视频课)
31PICRUSt功能预测KEEG功能组成预测和统计绘图
32Faprotax,Bugbase细菌元素循环表型层面功能挖掘
33机器学习随机森林分类回归,重现两篇Nature分析、来源追溯
34进化分析序列筛选、比对、进化树构建和美化
35环境因子文章解读,高分文章重现 (视频课)
36研究热点展望总结、把握研究热点、展望技术发展趋势
37考试50题自评学习效果、知识点回顾
41答疑答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下:

一、生信基础知识和技巧

还在为没有Linux服务器而无法分析扩增子数据而苦恼吗?其实你的个人电脑就是扩增子分析的利器。易生信团队独创实现了跨平台的分析流程,在大家的Windows笔记本上可以轻松实现扩增子领域的绝大多数分析,第一节课带你轻松在自己的本本上搭建数据分析平台。

图1. 易生信首创基于Win10优化的扩增子分析流程,笔记本秒变大数据分析平台

推荐使用Windows10系统,8G及以上内存分析更流畅。 我们也会分享给大家在Linux上配置整个分析流程的代码 (Mac跟Linux类似,无须区别对待,但部分软件可能安装方式不同,未做深入测试,不建议参加培训时使用)。

同时讲解生物学家必要掌握的ShellR语言基础知识,保证你高效、稳定的使用扩增子分析平台。

图2. Shell和R学习大纲,首创Rstuio中鼠标点击可完成Shell脚本和R语言分析,既打开生信的大门,又不会增加生物学家时间成本

二、图表解读和绘制

针对很多老师缺少系统的生信背景,看不懂分析文章图表,更对绘制各式图表手足无措。

我们推出过如下两个系列,共16篇原创文章,对8种图形进行讲解和R语言绘图。

但这些只是入门,在培训上,我们将结合发表高水平文章,进一步讲解16种常用分析图型结果的原理和使用范围,让您不仅读懂图,更知道如何应用于自己的研究,并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题,易生团队针对常用16种图开发了免费绘图网站,一键出图,更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

图3. 16种常用图形的绘制。可使用我们的在线绘图工具实现。

为了让各种统计图片实现出版级的组图,特开设了一节Adobe Illustrator修图排版课,讲述基本使用技巧,轻松掌握精髓,让你文章图版档次向CNS看齐,轻松成为实验室的修图和拼图达人。

图4. AI排版本子图为CNS出版级组图示例(Science, 2016封面文章)

三、扩增子基础和分析流程

图5. 典型的扩增子结构模型图

  • 扩增子背景知识

  1. 背景:国际微生物组(人类HMP、环境EMP)计划、中国微生物组计划

  2. 研究对象:人、动物、植物、环境

  3. 研究方法:培养组学、扩增子测序 (最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等

  4. 宏基因组学的研究热点:微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS

  5. 扩增子基本原理:细菌/古菌 16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等

  6. 实验设计:样品制备和建库中的误区

  7. 文章套路:扩增子分析SCI文章的物种组成、功能预测常用套路

  8. 主流方法优缺点比较:QIIME、QIIME2、mothur、Usearch-unois3、dada2等方法

  • 扩增子分析流程

之前我们发布了基于QIIME(引用24000+)+USEARCH(引用14000+)组合的史上最详细中文扩增子分析流程,累计阅读10000+。

同时在2017年推出了2018年正式接档QIIME的最新流程QIIME2的官方中文帮助文档,累计阅读10万+。

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接点击上方链接学习。课上也会带大家用服务器操作,分享最新私人定制流程。

但上面两种分析流程仍有很多缺点,如需要Linux服务器,安装和操作复杂,学习时间成本过高等不足。

易生信团队组织宏基因组、生信宝典的一线生信专家,为广大生物学家,定制了一套安装部署简单、鼠标点击编程、支持主流操作系统、学习成本低、又灵活的扩增子分析流程,助力生物学家轻松分析数据,更专注生物学现象的挖掘。







请到「今天看啥」查看全文