Msigdb如何查找特定基因集合
使用代码获取Msigdb数据库的所有通路信息
R包安装失败怎么办？（一）msigdbr
进入官网查看
https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb
不管小鼠还是人，大的分类，category都是按照H C1 C2 C3......
方法一 ：假设我们对小鼠数据集感兴趣
点击小鼠的M2
这里面有subcategory的详细分类，比如
CGP CP:BIOCARTA CP:KEGG CP:REACTOME CP:WIKIPATHWAYS
查看，对凋亡通路感兴趣的话，control+F网页搜索
msigdbr(species = "Homo sapiens")
msigdbr(species = "Mus musculus", category = "C2", subcategory = "CGP")
方法二：下面这样查看，更有层次感
https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/mouse/genesets.jsp?collection=CP
方法三：使用代码获取想要的基因集合
.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2", "/home/data/t040413/R/yll/usr/local/lib/R/site-library", "/refdir/Rlib/", "/usr/local/lib/R/library"))
#request 2.libPaths(c( "/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2", "/home/data/t040413/R/yll/usr/local/lib/R/site-library", "/refdir/Rlib/", "/usr/local/lib/R/library"))
library(GO.db)library(Seurat)library(dplyr)library(tibble)library(readr)
getOption("repos");help("repositories", package = "BiocManager")
#BiocManager::install('msigdb',site_repository = 'https://cran.rstudio.com/' )library(msigdb)
如果直接使用category = "C2",subcategory = "CP"提前相应的数据集里面的基因集容易忽略一些数据，所以建议只使用category参数，不使用subcategory
#如果直接使用category = "C2",subcategory = "CP"提前相应的数据集里面的基因集容易忽略一些数据，所以建议只使用category参数，不使用subcategory
#6提取并制备人的hallmarks列表---------msigdbr::msigdbr_collections()all_gene_sets_hs = msigdbr::msigdbr(species = "Mus musculus",category = "C2",subcategory = "CP") #Mus musculus Homo sapiens#saveRDS(all_gene_sets_hs,file="~/datasets/all_gene_sets_hs_msigdb.rds")all_gene_sets_hs = msigdbr::msigdbr(species = "Mus musculus",category = "C2") #Mus musculus Homo sapiens
all_gene_sets_hs table(all_gene_sets_hs$gs_subcat)
方法四：代码查找想要的通路
假设我们这里想要寻找的是APOPTOSIS相关通路
#假设我们这里想要寻找的是APOPTOSIS相关通路
#pattern参数内输入想要寻找的关键词，这里用的是"APOPTOSIS"
h2
length(unique(h2$gs_name))#查看唯一通路
length(unique(h2$human_gene_symbol))#查看所有通路中的唯一基因length(unique(h2$gene_symbol))#查看所有通路中的唯一基因table(h2$gs_subcat)table(h2$gs_name)
write.csv(h2,"allPathway_apoptosis.csv")#保存结果 h2h2_list=split(x = h2$gene_symbol,f=h2$gs_name )h2_list
如果有些基因集实在找不到（不同版本之间的名字可能不一样），可以直接检索（需要邮箱登录）
https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/search.jsp
Msigdb如何查找特定基因集合
使用代码获取Msigdb数据库的所有通路信息
R包安装失败怎么办？（一）msigdbr
