今天来学习一篇单细胞+空转分析的文献，于2022年1月发表在Cell Res杂志（IF=28.2）上，标题为：
Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics
。
文章主要内容
为了了解人的胎儿肝脏内 HSC/MPP 之间的发展关系及其功能，
首先
，
作者用 scRNA-Seq 技术揭示了三个转录异质性 HSC/MPP 亚群，其中一个富含 CD93 的亚群表现出增强的干细胞特性。
接着
，通过对单细胞和空间转录组的联合分析，发现了新的 HSC/MPP “口袋状” 单位（P ‘pocket-like’ units，HSC PLUS），由生态位细胞 niche cells（hepatoblasts, stromal cells, endothelial cells, and macrophages）组成并富集生长因子。
其中
，巨噬细胞在 HSC PLUS 中显示出 11 倍的富集。
后续
，
文章用实验验证了巨噬细胞和生长因子（MDK、PTN 和 IGFBP5）在 HSC/MPP 扩增中的支持作用。
单细胞图谱
三个转录异质性 HSC/MPP 亚群
HSCs/MPPs的expansion units定义
we defined HSC/MPP-localized spots as
intra-spots
(indicating the closest relationship)
HSC/MPP-surrounded spots as
inter-spots
(indicating the second closest relationship),
other distant spots
(indicating nearly no interactive relationship)
For each
niche cell type
, analysis of enrichment score for different types of spots
这篇文章的单细胞联合空转的分析非常经典，我们通过实战来分析看看！
数据下载
取样背景
：从胚胎第11.5天（E11.5）到胚胎第12.5天（E12.5），定植于胎肝（FL）的造血干细胞/多能祖细胞（HSCs/MPPs）获得了明确的 signatures，随后从胚胎第12.5天（E12.5）到胚胎第14.5天（E14.5）展现出扩张和分化的特征。
作者的实验设计如下
，采用10×Genomics技术，在E11.5到E14.5之间每隔一天取一个胎肝。
单细胞共四个样本：
Project accession
Sample title
Organism
Breed
Strain
Age
Age unit
PRJCA002426
E11.5 Fetal Liver
Mus musculus
11.5
Day
PRJCA002426
E12.5 Fetal Liver
Mus musculus
12.5
Day
PRJCA002426
E13.5 Fetal Liver
Mus musculus
13.5
Day
PRJCA002426
E14.5 Fetal Liver
Mus musculus
14.5
Day
空转数据为四个 E14.5 Embryo：
Project accession
Sample title
Organism
Breed
Strain
Age
Age unit
PRJCA002426
E14.5 Embryo S1
Mus musculus
14.5
Day
PRJCA002426
E14.5 Embryo S2
Mus musculus
14.5
Day
PRJCA002426
E14.5 Embryo S3
Mus musculus
14.5
Day
PRJCA002426
E14.5 Embryo S4
Mus musculus
14.5
Day
数据存放在国家生物信息中心
编号为：
https://ngdc.cncb.ac.cn/bioproject/browse/PRJCA002426
。
目前下载方式有好几种，我们前面也有相关的稿子写了，对于同一个数据集，我看到曾老板先后使用了三种方式下载：
然后还让小张老师介绍了受控的数据如何下载：
点进去看到单细胞和空转的链接：单细胞的GSA编号CRA002489，空转的GSA编号CRA003651。
