专栏名称: 基因检测与解读
介绍基因检测新进展,探讨基因数据分析流程与方法,分享罕见病故事,科普基因知识,个人基因检测报告解读
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【直播预告】Dr高端社群专享《最常用的生信网络图构建软件——cytoscape》

基因检测与解读  · 公众号  ·  · 2017-12-21 08:30

正文



[周四晚8点]

【Dr高端群学习】

【第五节:最常用的生信网络图构建软件——cytoscape】


Cytoscape软件:

是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件,它可以用来构建漂亮生物网络图以及做网络拓补学分析。

例如:

  • 蛋白质与蛋白质相互作用网络图(PPI)

  • 转录调控网络图(TF-Target)

  • miRNA调控靶基因网络图

  • 竞争性内源RNA网络(ceRNA)

  • 通路交互网络图(pathway-crosstalk)

  • 网络聚类模块分析(Module)


Cytoscape作图的优点:

  • 美观 :随意的调整节点和边的属性(例如大小、粗细、颜色、形状以及其他属性)

  • 实用 :操作简单,输出图片质量高。

  • 可修改 :保存为cys文件后,可以方便日后进行修改。

  • 后续分析 :基于cytoscape的各种插件,可以做很作分析(例如模块分析、功能分析等)


图片来源:Bo Gao, et al. PLoS One. 2017;12(6):e0178760

图片来源:Sijia Wei, et al. Front Plant Sci. 2017;8:810.


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