写在开头
作为一个服务器老依赖用户,之前在读研阶段,因为自己买的电脑配置较低,所以基本上所有的分析都是依赖于课题组的服务器!
后来工作之后,工作电脑配置比较高,所以一般基于R语言的分析,或者跑跑十几万的单细胞数据,我都是直接就电脑跑的
有段时间比较嫌弃服务器,又要上传数据又要下载结果的,所以就能用自己电脑的就不用服务器。当然数据量太大的时候,还是会使用服务器运行:
网页版Rstudio安装与使用
基于Rstudio-server下载并分析单细胞数据
不过最近开始学习python——Python笔记1-分析环境配置,因为懒得配置双系统,所以就想着直接用服务器配置需要的分析环境好了。
真是不用不知道,一用就一发不可收拾!又回到了熟悉的依赖服务器的日子!
共享服务器基本配置
因为我不是主要负责服务器的,小谢主要负责使用和悄咪咪提需求!所以我们一起来通过同事整理的推文了解一下服务器先!
满足你生信分析计算需求的低价解决方案
首先是大家比较关心的配置以及价格,我们的共享服务器年付费福利价格是800一年,可以扩容,后期可以续费。
服务器实体机配置情况:
满足多种分析需求:linux、Rstudio以及jupyter lab!提供多种编程语言需要的环境!
使用说明:
系列详细教程:
个人使用体验
1. 运行速度快且稳定
我的电脑是32G的内存,所以一般十五万左右的单细胞数据可以轻松的跑下来,到三十万的细胞数量就有点吃力了。
所以一般数据量比较大的单细胞数据,我都是直接下载到服务器上面进行分析。——基于Rstudio-server下载并分析单细胞数据
之前嫌弃上传数据和下载结果费劲,所以就直接把数据下载到服务器,速度会更快一些。然后运行完的结果用FileZilla,就能很轻松地下载到本地。
运行速度也会快很多,而且不会出现跑着跑着把电脑内存占满的情况!
2. Termius桥接服务器
之前一直用的Xshell,所以在换软件之后,有很长一段时间都不想打开服务器!
但是在边学python边配置环境的时候,我发现Termius居然可以快捷的切换主题以及调整字体!
所以看起来从xshell切换成termius也没有想象中那么难呢。
3. Rstudio网页版
分析数据的时候,属Rstudio server用的最多,也是同事搭建好的,直接输入网址和账号密码,登录好之后就能正常使用
而且不仅是配置好了网页版的Rstudio,常用的R包也是全部安装好了的,只需要调用即可
比如早些时候还想着说配置一波服务器上的R包,结果发现同事已经安装完了——单细胞分析环境配置
4. JupyterHub网页
JupyterLab 是一种最新的基于网络的交互式开发环境,适用于笔记、代码和数据。
JupyterLab 是一种功能强大的交互式开发工具,具有以下特点:
- 多功能集成:集成了笔记本、终端、文本编辑器和文件浏览器。
- 多语言支持:通过内核支持多种编程语言(如 Python、R、Julia 等)。
- 丰富的输出和可视化:支持图像、图表和交互式可视化。
JupyterHub 是一个开源的多用户平台,用于管理和部署多个 Jupyter Notebook 实例。它允许在一个服务器上为多个用户提供独立的 Jupyter 环境,特别适合教育、企业数据科学团队和科研小组等场景
JupyterHub 和 JupyterLab 是互补的工具。JupyterHub 是一个多用户管理平台,负责用户认证、资源分配和环境隔离,而 JupyterLab 是一个单用户界面,提供更强大的交互式开发环境。在 JupyterHub 中,用户可以启动基于 JupyterLab 的单用户实例,从而结合两者的优点。
在共享服务器里面搭载了JupyterHub,所以就可以轻松的使用JupyterLab啦!
5. 专门的服务器管理
每个月是会开通两批服务器账号,然后用户会在对应的微信群里面,常见的问题答疑文档整理好放在群公告里面
服务器管理员会在服务器配置更新后提醒大家!
hhh虽然我昨天刚安装好conda,还是我太勤快了!不过有一说一conda安装以及使用conda创建小环境以及安装需要的软件,还是需要学习一下的!毕竟非常好使。
写在结尾
hhh之前因为换了新电脑,所以不咋依赖服务器,后来又因为懒惰不想在电脑上配置双系统,所以又回归服务器的怀抱!
该说不说,有些东西掌握了还是没有那么容易忘的(Python除外!希望这次能掌握叭!冲了!)谁让小洁老师这么会夸人捏!