在昨天的推送里
高通量数据如何上传到GEO?
,有一些小伙伴上传大量数据到GEO时会遇到神奇的网络问题。在国内,解决这个问题除了死磕GEO数据库外,还有一个比较好的解决方案,就是
GSA
。
年初的时候,我写了一篇文章介绍目前主流的数据库,
每日文献:生物数据中心的年报
,其中一不小心把BIG的缩写写错了。也因此通过这个机会了解到了一个我们自己的数据库GSA(Genome Sequence Archive, GSA)。在5月份的NGS创新者大会上,也听到了他们关于GSA数据库的宣传,其中一个
万狗数据库(
http://bigd.big.ac.cn/dogsd
)
成功的吸引了我的注意力,当然他们还有其他特色的数据库。
考虑到还是有很多人不知道
GSA
数据库的存在呀,所以稍微宣传下GSA,希望生信媛的小伙伴给他们来一波强势的压力测试。
BUT,这篇文章不会详细介绍具体的上传流程,因为目前已经有两篇推送介绍GSA的使用方法,这里就不重复介绍用法了。
如果看了之后还是不明白,还是遇到了问题,也可以加入他们的qq群
548170081
,
通过中文进行交流哦。
如果数据量太大,直接
寄硬盘
都行,毕竟在国内,想怎么来都行。
你可能会担心上传到
GSA
,国外杂志不接受GSA提供的accession,怎么办?
目前,包括Cell、Nature、PNAS、Genome Research、Cell Stem Cell、Genome Biology、Plant Cell等高影响力期刊在内的大多数国际期刊都认可GSA
并且近年来数据量增长也是非常可观,可以说是挺优秀的啦。
最后,建议大家在上传高通量数据的时候可以优先考虑下GSA, 在国内,应该不会比上传到GEO更麻烦了。
更多有关该数据库的知识可以阅读原文,点击Chinese就可以看中文版的最新帮助文档了。
也希望自己能够早日发文章,用到这个数据库,到时候我再写一篇自己的实际操作。。