进化树可视化？你一直做错，知道吗？

正文

为什么会错？错在哪里？

时间有限，我们直接进入主题。首先我们大家都会用蛋白序列建树，对不对？现在最常用的也是 IQtree。一般呢，这些软件给出的都是无根树。尽管我们都知道无根树和有根树的区别就是有没有根，但可视化的时候，我们仍然会习惯性地使用有根树的方式来可视化无根树。为了方便，直接给大家看两张同一个基因树的图吧。

首先先上进化树构建软件出来的树，我们用 figtree 可视化，如下

毋庸置疑，我们已经按照有根树的模式来可视化，见最左边（实际上 newick 文本本身格式就是有根的，为了记录进化树信息，我们也没办法，默认用有根树文本记录无根树）。

同一个树，我们用无根树的模式来可视化

有趣的事情发生了。需要明确的是，无根树可视化的时候，真正体现 taxon，也就是上述每个蛋白之间的“距离”。 在没有明确外类群的情况下， 其实我们肉眼都清楚，根就在中间，整个树应该是分成两大个分支，左上和右下。

如果我们肉眼给他定根。再按照有根树的模式来可视化

那么效果就出来了。

这个时候问题来了，为什么肉眼定的就对了，你说对就对？你说不对就不对？

序列可能会骗人，但是结构不会骗人。所以呢：

1. 如果是无根树，那么最好分析的使用就用无根树

2. 如果你想用有根树来可视化，这样容易看和可视化，那么你最好就置根，选一个合适的

有什么好办法？

下一个问题就是，怎么置根才是正确的根，尤其是我们完全不清楚外类群或者几乎找不到外类群。方法有很多，但最常见的是 midpoint 算法。（我个人认为是因为这个算法实现起来非常简单，所以支持的软件也多）

比如，我们可以直接在 figtree 中直接用 midpoint

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