為使江海防禦盡快轉入以海禁為主的軌道,減輕造船增兵與海禁主張者之間的矛盾,順治十三年(1656)四月,都察院左副都御史魏裔介指出“天下民生所以不安者”的形勢,是由陸上的孫可望與海上的鄭成功造成。後者未被剿滅則是因為清軍“水師少而未練”,這是對造船增兵主導下江海防禦的認識和總結,為清廷改變此種不利態勢找到了現實依據。改變的理念,基於敵我作戰方式優劣的比較,“揚帆出剿,則我勞賊渙;分發固守,則以逸待勞”。因而清軍要盡量避免海上作戰的劣勢,發揮陸上作戰的優勢,從起初設想的海洋作戰退到沿海固守,“坐而困之”遂成為海禁的出發點,藉此進一步實現海上蕩平鄭軍的目標。這決定使鄭軍處於困境之前,清廷要實行以海禁為主、造船增兵為輔的政策。
具體操作上,蘇州、松州入海口與浙江、福建鄭軍入犯的海岸協同防守,其他薄弱之處募兵固守;造船增兵者所主張的海洋作戰必須退防沿海,造完的戰艦留著備用,尚待完工的趕快造完,用處不大、還未興工的立即停止,節省的錢糧用作固守沿海的募兵之費;修築沿海城堡由地方官負責,士兵常規訓練、火藥則由將領籌畫。清廷憑此將海禁建設的費用轉嫁到地方。有效的海禁不僅要在沿海部署防止出海的力量,還要在海洋部署防止入海的戰艦。在後者不具備的情況下,惟有提高海禁力度。
順治十三年(1656)六月,清廷頒佈海禁敕諭。這是首次以敕諭形式頒佈的海禁禁令,並將鄭成功未被剿滅的原因歸結為沿海“資以糧物”。海禁範圍明確規定為廣東、福建、浙江、江南、山東等地,對象擴大到私自出海的官員、商人、居民,物品擴大到一切糧食貨物。處罰力度也得以加強,凡與鄭成功貿易者,無論官民,一律處斬,文武官員盤查不力者革職從重治罪,地方保甲不舉報者處死。這是“毋許片帆入海”規定的強化。針對鄭艦,則嚴防“不許片帆入口”,港口設置土壩、木柵等障礙物,前者擴大了季開生“以散為剿”的海禁內容,後者則增添了“以守為戰”之“守”的內容。
固守重點從長江入海口向福建傾斜。六月,開始以固守為目的的兵力調動,初議駐守福建的兵力為馬兵二千二百五十名,步兵五千九百名,議定的結果卻不足三千名,包括駐守福建的五百九十名,京口兵八百名,杭州兵六百多名,京城兵一百名,湖南兵九百名。福建兵額未達到預期,說明海禁偏離了出發點。造船增兵也因海禁受到削弱。這時多是修補舊船。浙江修一百三十八隻,福建修一百餘隻,兩廣擬新造十隻,本應於順治十三年(1656)三月完成。結果,不得不向後推遲。浙江修補的船隻卻不堅固。因而海禁主導下的水師,自然難以有所發展。順治十五年(1658),京口等地已不敢再議增兵,水師有名無實。山東水師,祗有偵探的舊船而已。沿海衝要的守衛,增兵未有錢糧,調兵無兵可調。其他沿海各省,應相差無幾。
因而海禁主導下的江海防禦,水師不易形成戰鬥力。時人評價:“至於戰勝攻取,當道已備嘗之矣,職不敢復贅。”清廷對這種問題的癥結保持著清晰的認知。順治十六年(1659),以雲南、貴州两省還未收復為由,否定浙江巡撫陳應泰提出的江南、浙江、福建、廣東四省圍剿的計劃。這基於海禁的反思。海禁造成清軍有限的兵力分散於沿海各地,面對鄭軍集中優勢兵力的進攻,遂陷入處處當防、處處無防的窘局。海禁不僅難以達到坐困鄭成功的初衷,反而因寸板不許下海的禁令,使沿海百姓困苦、國家凋敝,進而提出四省分別湊足五六百艘戰艦圍剿的計劃。這些戰艦還不足夠,就調撥四五百艘高麗大船。這會消耗很多錢糧。對日益空虛的國庫而言,無疑雪上加霜。與取得勝利後,裁減沿海戍卒所省兵餉、百姓生計恢復上繳賦稅相比,這些錢糧實在微不足道。
這時鄭軍已準備北上,順治十六年(1659)五月便開進長江,終以失敗而結束,但明確說明參照明制下的長江兩岸汛地防守失敗,海禁下的沿海固守、造船增兵下的海洋作戰接近尾聲。面對鄭軍的敗績與漕糧之地的失而復得,清廷失去了對清軍水師戰鬥力的清醒認知,反而認為是擊敗鄭軍的難得機會。八月,福建總督李率泰奉旨征剿。清廷調動了多方兵力,戰艦非常有限,江南、浙江兩省事關漕糧安全,不能輕易調動。參戰船隻剩下福建、廣東兩省。福建二百一十五艘,加上廣東蘇利、吳六奇兩部的二百四十多艘,共四百多艘,這時鄭軍還有二千多艘。如此準備不足和戰艦數量巨大的差異下,順治十七年(1660)五月清軍倉猝發動了中左所之役。六月初清军已不敢應戰。
正當清廷進退維谷之際,六月浙江監察御史季振宜及時上陳應對之策。首先從清廷所關心的東南財富遭到破壞的角度出發,指出這裏已失去繼續戰爭的經濟基礎。清軍無論是建造戰艦的能力,還是駕馭戰艦的舵手,抑或是作戰的水師,都無法頡頏鄭軍。季氏藉此提出“先守禦而後征剿”的海禁,即在江南、浙江、福建三省建立督、撫、提、鎮負責的防禦體系,明確表明要及時終止造船增兵下的中左所之役,迅速回到以海禁為主的固守軌道。這遭到沿海武官的強烈反對。七月,浙江提督田雄將中左所之役失敗歸結為戰艦不足。他認為如果要戰勝鄭軍,還要建造二千至三千艘戰艦,這不包括哨探與運輸的船隻、招募數萬乃至數十萬軍隊的錢糧。至於能否戰勝,不可預知。結果,田雄不得不承認造船增兵實屬“荒謬無當”的“迂遠”之計。
面對造船增兵、海禁代表者的博弈,清廷一方面採納季振宜的建議,增加江南、浙江、福建三省海防力量,另一方面積極密謀征剿計劃。七月十五日、二十日,兩次下令增兵福建。順治十六年,操江巡撫便被提議移回安慶。此與十二年(1655)從安慶移至京口時“待海氛靜謐,再回安慶”的初衷相違背,從而意味著參照明制下的江海防禦結束。八月初四日,開始討論是否放棄舟山,原因是鄭艦可以任意出入,清軍祗能望洋興嘆。初七日決定放棄舟山,並令即將駐守此地的安南將軍明安達禮率領滿兵回京,所造船隻交給沿海督、撫、提、鎮管理。清廷終於以實際行動停止了造船增兵政策。九月,江寧巡撫朱國佐提出“以守寓戰”的海禁方案,在長江口、海邊多設烽堠、炮臺,斷絕接濟鄭成功之路,隨後乘機攻討。這與季開生“以守為戰”海禁並無本質的區別。因此常規的海禁,已不能滿足江海防禦需要。
參照明制、造船增兵、海禁依次主導下的江海防禦政策的失敗,說明清廷始終無法解決鄭艦機動作戰帶來的問題。既然如此,無法讓鄭軍發揮海上作戰優勢,就成為不錯的選擇。未有足夠戰艦頡頏的情況下,惟有繼續提高禁止沿海百姓出海的力度,將其發展到極致,以避免接觸鄭軍。順治十七年(1660)九月,清廷以海氛未靖為由,遷福建同安、海澄的居民於內地安插,原來設置在海岸的防禦帶隨之向後擴展。順治十八年(1661)八月,又以江南、浙江、福建、廣東四省濱海之地逼近鄭成功、居民不得安寧生活為由,遂將四省之民遷往內地。十二月,頒佈嚴禁通海敕諭,對違禁者做出了更嚴厲懲罰,以徹底斷絕任何人以任何理由出海。目的就是提高海禁的效果,鞏固遷海的成果。這意味著順治朝江海防禦探索的結束,而康熙朝的海疆治理纔剛剛拉開帷幕。