我研究的基因甲基化影响表达么？

一个基因的表达调控除了转录因子对其调控之外还有其表观遗传学上的调控。其中在表观遗传学调控中DNA甲基化是最常见的调控方式之一。

一般DNA甲基化的研究是基于这个基因的启动子区是否存在甲基化岛，进而才会观察甲基化是否会影响表达的。

如果看一个基因是否还有甲基化岛呢，这个我们在之前的UCSC的使用中已经介绍过了，其中有一个选项是观察基因是否存在甲基化岛的。

那如果我们观察到这个基因的启动子区存在甲基化岛了，那这个基因的甲基化是不是影响表达呢？如果不影响表达那研究就没有特殊的意义，所以如果有一个数据库可以提前预测一下是不是心里有底呢？那有这个样子的数据库吗？答案当然还是有的。这个数据库就是

MethHC(http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)。下面让我们了解一下这个数据库吧。

我们进入网页后选择“Gene Search”由于这个数据库是基于TCGA的所以TCGA数据库中含有的癌症我们都可以选择。

选择我们要观察的甲基化区域，这里我们选择“promter”

在选择观察的基因方面，MethHC给我们提供了两种方式，一种就是输入我们想要观察的基因，如果多个基因可以用";"隔开

另外一种可以根据通路选择某一通路上的全部基因进行观察。

这里我们选择“stad: Stomach Adenocarcinoma”；“promter”；输入“RUNX3”基因。点击“search”.

结果显示的是启动子区甲基化和非甲基化表达的变化。我们可以看到RUNX3在癌中明显的高甲基化