国学之下有没有经学的存身之地，在清季基本不成问题。壬寅、癸卯间国学发轫，主要就是为了在即将全面推行的新式学堂教育中保存中国固有学问。随着科举考试的停罢，中国进入了西式学堂教育全面普及推行的时代。这一变化，根本改变了中西学的态势。历来中国对于外来文化，都是吸收内化，可是如今却有心无力。咸同以后，中西学两套知识难以兼得，必须融合。而科举考试几经努力，始终无法兼容西学，迫不得已，只能纳科举于学堂。朝野上下的初衷，应该是将中学保存于学堂之中，但学堂全用西式的分科教学，迟到的中学不得不顺应西学的架构，等于是用西学来裁剪中学。其结果，史学、文学等改头换面，勉强存身，其余则化入各个相应学科，只有经学，始终无法安置得当。张之洞设计并一再坚持的经科大学，也难以为继。这时人们还承认经学的特殊地位，经学不存，中国固有的其他学问则无所依附，于是考虑在西学体系之外保存中学。存古学堂的开设，首先就是要依照中国本来的状态保存固有学问。虽然关于中国学问是否分科以及如何分科的问题聚讼纷纭，始终无法取得一致，经学必须保存，大概有所共识。
保存国粹一派的政治取向与存古截然相反，学术理念也与存古立意不同，就此而论，国学一开始就存在不同取向，即使同是主张保存旧学，也有保存什么以及如何保存的分别。清季的国粹主义，一要还原诸子的地位，打破经学与专制的相辅相成；二要深究南明的历史，反对清朝的统治，所以对待孔子，或批孔，或主张儒与诸子并重，反对独尊。邓实发表在《国粹学报》的几篇关于国学的文章，实为系列整体，《国学今论》承认清代学术是经学一统，所谓“本朝学术，实以经学为最盛，而其余诸学皆由经学而出。学者穷经必先识字，故有训诂之学；识字必先审音，故有音韵之学；今本经文，其字体、音义与古本不合，故有校勘之学；校理经文，近世字书不足据，则必求之汉以上之文字，故有金石之学。又以诸子之书，时足证明经义，于是由经学而兼及子学；以经之传授源流详于史，于是由经学而兼及史学；以释经必明古地理，于是由经学而兼及地理学；以历法出于古经，于是由经学而兼及天文学；以古人习经先学书计，于是由经学而兼及算学。是故经学者，本朝一代学术之宗主，而训诂、声音、金石、校勘、子、史、地理、天文、算学，皆经学之支流余裔也”。各种附庸蔚为大国，仍然以经学为核心主轴。
不过，邓实对于清代学术的状况并不以为然，斥之为“一则伪名道学，以腴媚时君，一则著述虽富，或假手于其食客，是故清学而有此巨蠹之蟊贼，而清学亦衰矣”。他认为：“本朝学术，曰汉学，曰宋学，曰今文学，其范围仍不外儒学与六经而已，未有能出乎孔子六艺之外而更立一学派也。有之，自今日之周秦学派始。”与黄节的意趣相同，他所要保存的国学，并非外族专制之学，而是黄帝尧舜禹汤文武周公孔子之学。为此，他专门写了《古学复兴论》。在他看来，“周秦诸子，为古今学术一大总归，而史又为周秦诸子学术一大总归”。复兴古学，就是要回到周秦的形态。
在《国学通论》里，邓实这样描述周秦与汉以后学术变化的情形：“汉以后神州之学术，在乎儒者之一家而已。儒者之学术，其大者在乎六经而已。周秦之际，百家诸子，并出著书，争以其术自鸣，而聚徒党，树标帜，皆思以其言易天下。故始而并起以创教，继而并攻以争教。在老墨则绌儒，在儒亦绌老墨，而老攻儒墨，老墨攻儒，儒攻老墨，墨儒交攻，并诸子之立沟树垒，互相攻击者，纷然淆乱，譬如耳目口鼻，皆有所明，弗能相通。天下之人，各为其所欲焉，以自为方。悲夫，百家往而不返，必不合，道术将为天下裂。”这种情形到汉代根本变化，“自汉武罢黜百家，表章六经，用董仲舒之言，诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。于是而儒教始归于统一，天下归往，大道为公，汉以后遂无诸子。而郡国立学，博士置员，俎豆莘莘，乐舞锵锵，瞽宗翼翼，缝掖振振。自天子王侯，中国言六艺者，莫不折中于夫子，岂不盛哉？”所以邓实说：“神州学术，春秋以前归于鬼神术数，春秋以降归于史，汉以后归于儒，归于儒而无所复归矣。盖自汉以降，神州之教为儒教，则神州之学亦为儒学，绵绵延延，历二千余年而未有变也。”
邓实所向往的国学，是周秦之际的古学，而非秦汉以下的外族专制之学。他喜欢诸子百家的活跃，虽然不免纷乱，道术将为天下裂，却好过一尊之下的专制。他对天下归于一统也表示赞赏，可是认定君臣利用一统的统治术是万恶之源。在他看来，保存国粹，就是要恢复和保存周秦之际百家争鸣的学术，而复兴古学，其实是亚洲的文艺复兴运动。他说：
十五世纪，为欧洲古学复兴之世，而二十世纪，则为亚洲古学复兴之世。夫周秦诸子，则犹之希腊七贤也；土耳其毁灭罗马图籍，犹之嬴秦氏之焚书也；旧宗教之束缚，贵族封建之压制，犹之汉武之罢黜百家也。呜呼！西学入华，宿儒瞠目，而考其实际，多与诸子相符。于是而周秦学派遂兴，吹秦灰之已死，扬祖国之耿光，亚洲古学复兴，非其时邪。考吾国当周秦之际，实为学术极盛之时代，百家诸子，争以其术自鸣。如墨荀之名学，管商之法学，老庄之神学，计然白圭之计学，扁鹊之医学，孙吴之兵学，皆卓然自成一家言，可与西土哲儒并驾齐驱者也。夫周秦诸子之出世，适当希腊学派兴盛之时。绳绳星球，一东一西，后先相映，如铜山崩而洛钟应，斯亦奇矣。
不仅如此，周末诸子之学与希腊诸贤还有不少相似之处，如它嚣、魏牟的纵情性、安恣睢，即希腊伊壁鸠鲁的乐生学派。陈仲、史的忍情性、綦溪利跋，即希腊安得臣之倡什匿克学派。墨翟、宋钘的上功用、大险约而谩差等，即希腊芝诺之倡斯多噶学派。惠施、邓析的好治怪说，玩琦辞，即希腊古初的诡辩学派，也就是后来亚理士多德所谓名学。而“我周末诸子，本其所得，各自为学，波谲而云诡，不可谓非吾国学术史一代之光矣”。中国学术的衰微，就始于汉武罢黜百家。“夫汉武用董仲舒之言，尊儒术而表章六经，则亦已矣。诸子之学，其为神州之所旧有者，听其自存自灭可也，奈何而竟用专制之术，尽绝其道乎？此君子所以不恨于秦火之焚烧，不恨于咸阳之一炬，而独痛恨于天人三策之所陈为无道也。自是以后，诸子之学，遂绝于中国。义疏于隋唐，性理于宋元，帖括于明代，学术之途，愈趋愈狭，学说之传，日远日微。试一按其当时图籍，考之传记，欲求古先哲贤之片影，而亡有一存者，盖古学之亡久矣。”邓实不仅认为独尊儒术，消灭诸子，是中国学术衰落的开始和主因，而且造成中国“无学”乃至国将不国的状态，“学以立国，无学则何以一日国于天地。于是本国无学，则势不能不求诸外国。而外学之来，有其渐矣”。
乾嘉以还，学者稍治诸子之书，“道咸至今，学者之爱读诸子，尊崇诸子，不谋而合，学风所转，各改其旧日歧视之观。其解释诸子之书，亦日多一日，或甄明诂故，或论断得失，或发挥新理”，如孙诒让的《墨子间诂》，俞樾的《诸子平议》，刘师培的《周末学术史》等。诸子学与西学相因缘而并兴，究其原因，“一则诸子之书，其所含之义理，于西人心理、伦理、名学、社会、历史、政法、一切声光化电之学，无所不包，任举其一端，而皆有冥合之处，互观参考，而所得良多。故治西学者，无不兼治诸子之学。一则我国自汉以来，以儒教定一尊，传之千余年，一旦而一新种族挟一新宗教以入吾国，其始未尝不大怪之，及久而察其所奉之教，行之其国，未尝不治，且其治或大过于吾国，于是而恍然于儒教之外复有他教，六经之外复有诸子，而一尊之说破矣。此孔老墨优劣之比较，孟荀优劣之比较，及其他九流优劣之比较，纷然并起，而近人且有订孔之篇，排孔之论也”。其结论是，“学术至大，岂出一途，古学虽微，实吾国粹。孔子之学，其为吾旧社会所信仰者，固当发挥而光大之；诸子之学，湮殁既千余年，其有新理实用者，亦当勤求而搜讨之。夫自国之人，无不爱其自国之学。孔子之学固国学，而诸子之学亦国学也”。既然同是神州旧学，理应一并重视保存，不能保其一而遗其一。
诚然，邓实并没有完全否定经学，只是要打破经学独尊一统的地位，并认为唯有破除经学独尊，才能恢复中国学术文化的活力。所以国学保存会讲习国学，仍以经学列第一。其复兴古学，目的就是借此重振中国的学术文化，再现周秦百家争鸣的极盛。“故吾人今日对于祖国之责任，惟当研求古学，刷垢磨光，钩玄提要，以发见种种之新事理，而大增吾神州古代文学之声价。是则吾学者之光也。学者乎！梦梦我思之，泰山之麓，河洛之滨，大江以南，五岭以北，如有一二书生，好学信古，抱残守缺，伤小雅之尽废，哀风雨于鸡鸣，以保我祖宗旧有之声明文物，而复我三千年史氏之光荣者乎，则安见欧洲古学复兴于十五世纪，而亚洲古学不复兴于二十世纪也。呜呼，是则所谓古学之复兴者矣。”复古的目的全在创新，信古守成不过表象而已。
民初政治变革，反对经学独尊的思想变得更加激进。孙叔谦致函《甲寅杂志》记者谈国学，宣称：“神州学术，自汉武屏黜百家，独尊孔子，而规模一小。自六经为利禄之鹯，孔子为丹紫之獭，而规模又一小。百家去，则中国惟有儒学，而无国学。利禄盛，则儒学惟有糟粕，而无精英。数千岁政治之不能改良，学术之不能孟晋，道德之不能匡正，国势之不能振拔，谁生厉阶，至今为梗。未尝不太息痛恨独夫专制之祸，烈于洪水猛兽也。”仍然将独尊与专制等同视之。
到胡适提倡整理国故时，政治上的反专制已经并非主旨，学术上的反独尊却一脉相通。胡适批评清代以来三百年的古学研究范围太狭窄，虽然也有整治史书的和研究子书的，但大家的眼光与心力注射的焦点，只在儒家的几部经书。古韵的研究，古词典的研究，古书旧注的研究，子书的研究，都不是为这些材料的本身价值而研究的。一切古学都只是经学的丫头！内中固然也有婢作夫人的，如古韵学自成一种专门学问，如子书的研究渐渐脱离经学的羁绊而独立。但学者的聪明才力被几部经书笼罩了三百年。他们脱不了“儒书一尊”的成见，故用全力治经学，而只用余力去治其他书。可是前清用全力治经学，而经学的书不能流传于社会，倒是那几部用余力做的《墨子间诂》《荀子集解》《庄子集释》一类结账式的书流传最广。
《国粹学报》时期，尽管邓实等人对于经学独尊极为不满，可是经学在社会生活中仍是占有重要位置的实际存在，无法完全否定，国学不能局限于经学，但也不能不包括经学。而胡适整理国故时，作为学科的经学已经完全退出学制体系，因而在胡适的国学系统中，经学只是过去式，现在和将来，都完全不见了经学的踪影。他宣称：“国学的使命是要使大家懂得中国过去的文化史，国学的方法是要用历史的眼光来整理一切过去文化的历史。国学的目的是要做成中国文化史。国学的系统的研究，要以此为归宿。一切国学的研究，无论时代古今，无论问题大小，都要朝着这一个大方向走。只有这个目的可以整统一切材料；只有这个任务可以容纳一切努力；只有这种眼光可以破除一切门户畛域。”胡适及其所代表的北京大学同人理想中的国学研究，至少有一个中国文化史系统，包括民族、语言文字、经济、政治、国际交通、思想学术、宗教、文艺、风俗、制度等十门专史。经过重新条理的中国文化史系统，经学不再独立存在，甚至根本没有立足存身之地。
与胡适的认识类似的看法，在近代国学发轫之际便已经出现。1903年有人倡议在东京开办国学图书馆，设想的图书分类为：“一、道德哲理之部。《十三经》、周秦诸子、宋明理学之书属焉。佛典亦附属购置，以备东洋哲学之研究也。二、历史之部。正史之外，多搜别史杂史谱传，以资参考。《九通》等皆属此部。三、地志之部。一统志之外，广搜各省通志，各府州县志，乃至纪行等类之书。不论精粗美恶，以备为主。四、丛书之部。百数十种大丛书宜尽购。五、文学之部。诗古文辞曲类有文学趣味者，择购之。”
上述分类主要是针对图书，可是适用范围未必限于图书，倡言者进而主张：“图书馆若成，则凡有志于是者，可以开一国学研究会。以世界之新知识，合并于祖国之旧知识，十年之后，我国学之光焰，必有辉于大地者。”如何将世界与祖国的新旧知识合并，倡言者显然意在趋新，希望经学将来成为东洋哲学的一部分。他们之所以倡导国学，是由于留学生“欲学成而有所尽瘁于祖国也，或输入其理想焉，或整顿其实事焉，而要皆非深通国学不能为力”。不懂国学，缺少爱国心是一方面，无法有效地吸收内化外界新知识是更为重要的方面。
对于胡适否定经学及其独尊地位的说法，宋育仁予以严词斥责。胡适推崇古代结账式的书，如李鼎祚的《周易集解》，陆德明的《经典释文》，唐、宋的《十三经注疏》，朱熹的《四书》《诗集传》《易本义》等，宋育仁认为，“此等书于经学只是外行，如初学治经用功时，自抄作揣摩本子尚可，然已落下乘，拿来作著作看，作经学看，则终身门外矣”。胡适断言“三五部古书，无论怎样绞来挤去，只有那点精华和糟粕”。宋育仁针锋相对地辩白道：“要须知经独不然，知此则知廿四史翻来覆去只有这点。”不通群经，则诸史不能提纲挈领。
经学应不应该继续存在的问题，并不因为胡适的消解和宋育仁的维护就烟消云散，主张国学者对此可谓聚讼纷纭。顾实的《国学丛刊》发刊辞意在“括举纲领，籍便来者”，分为小学、经学、史学、诸子、佛典、诗文等六大类。“此六类也，统名曰国学。纲举目张，万端待理，初学循此，终身有序。盖始基既立，而后广求知识于世界，其积极之造诣不可量，而消极之获益可得而言者。”经学仍是其中一大类。
在中西古今的夹击之下，国学究竟应当如何分类，令许多讲国学者大为头痛，其中的一大问题，就是如何安置经学。顾实的分类法，在不少讲国学者看来并不恰当。有人就批评章太炎演讲国学，分为经学、哲学、文学三类，“此亦因仍旧贯，自为违忤。经为旧名，言其形，哲为新名，定其实，以之并称，毋乃失当。章氏通人，而尚若此，其他宜无论已。”虽然意见各异，还是有不少讲国学者认同四部为图书分类而非学术分科，反对用中国的四部对应西学的分科。胡朴安就将国学定为七类，即哲理、礼教、史地、语言文字、文章、艺术、博物。闻宥虽然没有看到胡朴安的具体目录，却认为“大致允洽。其稍待补苴者，即艺术一名，当从四库成例，专属之书画篆刻音乐等类，而嫌其与旧名相混，则易称之曰美术类。其他医书、占卜、阴阳、五行之流，既已破烂断缺，则另为之立数技一门以总之。”如此，则分为语言文字、哲理、史地、文章、美术、博物、礼教、数技等八类。
闻宥的分类，很大程度还是考虑图书的归属而非学术的分科。不过无论如何，经学都失去独尊甚至独立的地位，成为西式哲理的一部分。有意思的是，宋育仁同样反对将经学立为单独一科，只是理据截然相反。他举办的国学讲习社在讲习专门学科时，批评“北京大学，立经学专科，外国学校，有历史分科，讲求国学者，因此遂以经史子集四部之名，分配为教科。孔经为欧美所无，而彼中大学五科，有道科，以其教经为主课。日本大学立哲学，以孔经立为哲学教科。夫四部乃分部书类之名，非支配学科之目。外域教经，专修宗教，所谓历史，专载事迹，犹且教经不标为专门之科，历史亦只为预科之助。日本支配孔经为哲学大科研究书，知其一端，推列可悟”。而中国的经史，“组合专门各学而成，今立学会为研究专门，自应以专门学业标名，而指定某经史及子家某家书为研究所占之专课”。所分专门为伦理学、哲学、政治学、法律、财政学、教育学、训诂学、文史学，另外单列女学，主要是使用的教科书不同。由于经史是组合专门各学而成，分门别类的专科自然不设经学一门，传统的经书分列于伦理学（《诗经》《礼记》《孝经》《孟子》《论语》及经注经说）、哲学（以四书为主课，兼有诸子）、政治学（《尚书》《周礼》《礼记·曲礼下》《王制》为主课）、法律、教育学、文史学等专门。
宋育仁的分类，视经史为综合，而非专门，所谓文史学，也只是将就而言。一般讲国学者，不少还是按照经史子集分类，如王易的《国学概论·导言》，就将经学列为第一。孙德谦的《国学研究法》，首认门类，将中国学术分为经学（含小学音韵学）、史学（含地理、掌故、谱牒、簿录、金石诸学）、子学（含儒道名墨十家之学及兵医术数诸家之学、魏晋玄学，宋明理学，以及艺术释老诸学）、文学（即选学与散文诗词曲等学），共三十余类。
相比之下，蔡尚思对于经学的否定最为彻底。他的《中国学术大纲·序》，专章痛批“古来分中国学术为经史子集四库之悖谬”，直言“还有更悖谬的，便是所说的甲部经学了。据我个人的意见，是要把这甲部经学根本取消，而将其分别归纳于文字学、史学、哲学、文学各类之中”。他概述先秦至宋代从六经到十三经的演变进程，进而一一指摘“经学”的悖谬之处。首先，孟子、荀子原来同为战国时的二大儒，后来却以《孟子》为经，而以《荀子》为子。孔子原与老、墨同为先秦三大思想家，如今孔子之书为经，老、墨之书却为子。况且不但后儒以孔子之书为经，道徒、墨徒亦分别称老子墨子之书为经（如《道德经》《墨经》）。后儒以老、墨为子，或许道、墨之徒也以“子”目儒。或“经”或“子”，“经”己“子”人，进退无据，自相矛盾。所以要把经中的《周易》《论语》《孝经》《礼记》《孟子》，并入哲学（即子学）中。其次，《尚书》与《史记》本无分别，今以《尚书》为经，以《史记》为史；《春秋》与《资治通鉴》相似，而今以《春秋》为经，以《通鉴》为史。以史为经，与以子为经同一悖谬。此外，《左传》《国语》都是左丘明所作，虽有内外之分，仍都是传。如今《左传》进而为经，《国语》退而为史。所以《尚书》《春秋》《左传》等经传，并列于史学之首。复次，《毛诗》与《楚辞》、汉赋、唐诗、宋词同样，后人却以《毛诗》为经，而以《楚辞》、汉赋、唐诗、宋词为集，所以《毛诗》列入文学之首。最后，《尔雅》与《说文》本无分别，今以《尔雅》为经学，而以《说文》等书为小学。所以《尔雅》应并入文字学。其结论是：“由上述看来，那以讹传讹，一误再误的经、史、子、集四库，实在应该改做文字学、史学或史地学、哲学、文学或文艺学的新四部，根本就不容有经学一个名词的存在。”
蔡尚思认定经学不能独立存在的理据，似乎言之凿凿，但仔细体察，也有些不言而喻的假设前提。他批评徐敬修编的《国学常识》分部很可笑，如小学原兼象形、训诂即字义、音韵即字声三部，徐书于《小学常识》外，另有《音韵常识》，象形、训诂却又不分立；另如指文学包含散骈古文、诗、词、赋、曲、小说等类，徐书于《文学常识》外，另有《诗学常识》《词学常识》《说部常识》。“按诗词一类，实为纯文艺的文学，文学的文学，至于古文，反比较不足以为代表。而竟颠倒，真是悖谬。”况且诗词小说要分，赋曲也当分，的确不无道理。可是他说古文不足为文学的代表，至少在古代的部分不无可议。至于指先秦诸子与六朝佛学、宋明理学，都在哲学范围之内，徐书分为《子学常识》《理学常识》二部，“似乎子、理二学的性质，竟有截然不同者。理学既当另编，《佛学》岂得独缺？”尤其是“不明经学实包有小学、文学、史学、哲学四部，而竟还有一部什么《经学常识》”，“观其分类，殊不一致，分不尽分，合不尽合，既没有系统，怎能使阅者明了”？这样的观念，难免将固有与外来后出相牵混之嫌。没有系统，固然不能使读者明了，可是附会外来后出的系统，非但难以理解前人，对于经学国学的解读也会似是而非。清季民国学人诸如此类义正词严的自信，凸显中西学已是乾坤颠倒，而学人阑入阑出二者之间，浑然不觉彼此不相凿枘。
不仅如此，蔡尚思还将批评的矛头指向各大学的国学研究机构。据他说，从前江瀚（叔海）、陈焕章（重远）常常对他表示，“认北大的国学研究所独没有‘经学’一个地位为大不对”。而在他看来，“其实北大的国学研究所的不另与经学一个地位，那是再对没有的”。“而最令人莫名其妙的，尤当首推大夏大学孙德谦同事，亦教国学大纲。他因看见我在《大夏周报》发表过《国学系一个名称之商榷》一文，便对我说：旁的我都表示十二分的钦佩；惟有以哲学包括经学一点（？），实在未敢赞成！要知道中国无哲学，哲学惟西洋有之，而中国之经学，亦为他方之所无。中国经学最为高尚！论到中国之学术，舍此便无足多了。”据同学们说，孙先生的《国学大纲》还是分做经、史、子、集四部。按照蔡尚思的观念，孙德谦的批评和主张自然是莫名其妙，可是关于中国有无哲学一事的说法，与留欧以后傅斯年的看法不谋而合，近年来引起的争议更多，不能轻易斥之为毫无道理。中经西哲，不必强行牵混的意见，更值得一味以西为尊为准者认真反省。
诸如此类的深意在蔡尚思看来都不是问题，他于《中国学术大纲·序》中，专列一章与国中诸研究院商榷其所分国学种类，主要针对的是北平各校如北大、清华、燕京以及孔教大学的国学机构。北大研究所改为京师大学校国学研究馆时，明白分国学一门为哲学、文学、史学、语言文字学、考古学、艺术六组。蔡以为考古学可并入史学，艺术可与文学合一名为文艺学或文学。清华研究院国学一科，也有中国语言、历史、文学、哲学、音乐及东方语言等之分。蔡以为音乐可与文学归并，东方语言可与中国语言合一。孔大研究科则仍旧保守四库之遗意，分经学、史学、哲学、子、文学、集等部类。
蔡尚思的批评，目的是推出他的主张，即应改定中国学术为字、文、史、哲的新四部。概言之，“（一）字法学即文字学与文法学，（二）文艺学即文学与美术，（三）史地学即史学与地理，（四）哲理学即哲学与科学。以文字学、文学、史学、哲学为主系，而以文法学、美术、地理、科学附之”。其基本设想，一是按照新分类条理中国固有学术，如将经分别并入字文史哲四部之中；二是划分大类，统摄一般，不要区分过细。如哲学一类，有人要分中国思想为宗教学、政治学、伦理学、哲学等等；蔡“却要使之皆入于哲学之范围内，如曰宗教哲学、政治哲学、人生哲学、纯正哲学等等”。以先秦诸子而论，道家大部分在纯正哲学，儒家大部分在人生哲学，墨家大部分在宗教哲学，法家大部分在政治哲学。
