生态;演化;环境。经典;前沿;思想。 |
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内容导读
1、R语言生物群落(生态)数据统计分析与绘图实践技术应用培训班
2、2024最新R语言结构方程模型(SEM)在生态学领域中的实践应用培训班
3、“AI 大模型+”多技术融合:赋能自然科学暨 ChatGPT 在地学、GIS、气象、农业、生态与环境领域中的高级应用培训班
4、 双碳目标下DNDC模型建模方法及在土壤碳储量、温室气体排放、农田减排、土地变化、气候变化中的实践技术应用培训班
5、AI赋能R-Meta分析核心技术:从热点挖掘到高级模型、助力高效科研与论文发表"培训班
6、【高分论文密码】AI赋能大尺度空间模拟与不确定性分析及数字制图高级研修班
7、流域碳中和实践技术高级培训班
详细信息、微信咨询:杨老师 15383229128 微信同号
R语言生物群落(生态)数据统计分析与绘图实践技术应用培训班
R 语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂,涉及众多统计分析方法。本课程以生物群落数据分析中的最常用的统计方法回归和混合效应模型、
多元统计分析技术
及结构方程等数量分析方法为主线,通过多个来自经典研究中的实例,详细讲述各方法的R语言实现途径(详见教学内容)。
课程的主要特点为聚焦生态学研究领域,从R语言基础操作和作图、数据准备整理,到各种数量分析方法的应用情景分析,实现从数据整理到分析结果展示的完整科学研究数据分析过程,将《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》及《统计结果作图》进行了组合(7合1)。
本课程不仅适合R语言和生物群落(生态)数据统计分析的初学者,同样适合有高阶应用需求的研究生和科研人员。课程将通过大量实例讲解,使大家能应对科研工作中复杂数据局面,选择合适模型,提高数据分析能力。课程分为6个单元 ,共计14个专题,计划授课5天,具体如下
:
教学特色
发票证书
授课内容
专题一:R和Rstudio简介及入门和作图基础
专题二:R语言数据清洗-tidyverse包应用
1)tidyvese简介:tidyr、dplyr、readr、%>%等
2)文件操作:不同格式文件读取、多文件同时读取等
3)数据筛选:行筛选、列筛选、条件筛选(字符操作)等
4)数据生成:数据合并、数据拆分、新数据生成(字符操作)等
5)长宽数据转换、空值(NA)等填充及删除、分组、排序及汇总等
专题三:群落数据准备及探索分析
1)生物群落数据准备:物种组成、环境变量、物种功能属性、系统发育树等
2)生物群落数据检查:缺失值和离群值(outliers)等-避免模型错进错出(GIGO)
3)物种多样性计算:物种多样性(TD)、功能多样性(FD)和系统发育多样性(PD)
4)物种相似/相异矩阵关联测度介绍
第二单元 多元统计分析
专题四:群落数据非约束排序-PCA、CA、PCoA、NMDS
1)生物群落数据非约束排序分析简介
2)案例1鱼类生境数据排序:PCA
3)案例2鸟类物种组成数据的排序:CA、PCoA和NMDS比较
专题五:群落数据约束排序-RDA、dbRDA、CCA、4th Corner
1)生物群落数据约束排序简介:非对称约束排序VS对称约束排序
2)案例1景观、斑块及生境因子蛾类群落分布的解释:RDA、dbRDA或CCA选择+变差分解
3)案例2物种有无(0,1)数据约束排序:dbRDA
4)案例3物种组成、物种属性及环境因子的相关分析-第四角分析(4th Corner)
专题六:群落数据分组分析: 等级/非等级聚类(HC/NHC)、PERMANOVA等
1)生物群落数据的聚类及差异分析概述
2)案例1鸟类生境数据的等级和非等级聚类:KMEANS和HCLUST
3)案例2乌龟适宜生境差异检验(2组比较)及解释:PERMANOVA、MRPP、ANOSIM及Dispersion test
4)案例3环境梯度下微生物组成差异分析(多组比较)及解释:MRPP及Dispersion Test
5)案例4 药物对肠道微生物群落影响:PCoA+PERMANOVA
第三单元 机器学习
专题七:群落数据随机森林(Random Forest)模型-分类VS回归
1)随机森林(Random Forest)模型简介
2)随机森林模型分析基本流程-分类VS回归
3)案例1 随机森林分类及重要变量选择:RFM-classification
4)案例2 随机森林回归模型及变量重要性评估:RFM-regression
5)案例3 物种多维形态属性与生态属性的关联关系:PCA+PCoA+LDA+RFM综合案例
第四单元 回归及混合效应模型
专题八:一般线性模型(lm)
1)基本形式、基本假设、估计方法、参数检验、模型检验
2)案例1不同鱼类游速的回归、方差及协方差分析
3)案例2决定海洋植食性鱼类多样性的决定因子-模型验证
4)案例3淡水鱼丰度的环境因子的筛选-逐步回归(model selection)
专题九:广义线性模型(glm)
1)广义线性混合效应模型基本原理、建模步骤及流程
2)案例1有无(0,1)数据的逻辑斯蒂模型-二项分布
3)案例2海豹年龄与攻击行为的关系-0,1数据转化为比率数据分析
4)案例3 物种多度分布环境解释-计数数据泊松、负二项、零膨胀、零截断模型
专题十:线性混合效应模型(lmm)
1)混合效应的基本原理及分析基本流程、步骤及实现
2)案例1分层数据物种多样性决定因素-模型构建流程、模型预测及诊断
3)案例2:多因素实验(分层数据)的多重比较
专题十一:广义线性混合效应模型(glmm)
1)广义线性混合效应模型基本原理、建模步骤及流程
2)案例1蝌蚪“变态”与否(0,1)的多因素分析-逻辑斯蒂混合效应模型
3)案例2虫食种子多度影响因素的多变量分析-泊松混合效应模型
4)广义线性混合效应模型分析计数数据及模型选择:泊松、伪泊松、负二项、零膨胀泊松、零膨胀负二项、零截断泊松及零截断负二项模型
专题十二:空间、时间及系统发育相关回归-数据自相关(autocorrelation)分析
1)数据自相关问题简介:时间、空间和系统发育相关介绍
2)案例1森林植物多样性分布格局的空间自相关修正
3)案例2不同年份鸟类多度的时间自相关修正
4)案例3系统发育相关在虾类多度分布分析中作用
第五单元 结构方程模型
专题十三:结构方程模型(SEM):lavaan和piecewiseSEM-多变量直接和间接效应及因果关系
1)结构方程模型简介:定义、历史、应用、估计方法、模型可识别规则及样本量要求等
2)案例1群落物种丰富度恢复的直接及间接效应(direct and indirect effects):SEM分析基本流程-lavaan vs piecwiseSEM
3)案例2环境异质性和资源可获得性对不同演替阶段林下维管植物多样性的影响:模型调整、比较、评估及结果展示
4)案例3人类活动、环境条件、物种属性对动物领域大小相对贡献(relative roles):混合模型、嵌套结构、分组分析及分类变量SEM实现
第六单元 统计结果作图
专题十四:群落数据及统计分析结果作图(ggplot)、排版及发表质量图输出
1)群落数据及统计分析结果作图数据准备:结果提取与作图数据整理
2)聚类分析及分组差异检验图:聚类结果图、热图(heatmap)、分组差异检验结果图
3)PCA、CA、PCoA及NMDS等非约束排序图:排序图和双序图(biplot)
4)RDA、db-RDA及CCA等约束排序图:三序图(triplot)和韦恩图(venn)
5)回归和混合效应模型分析结果图:散点图、箱线图、柱状图及提琴图等
6)结构方程模型结果图表达方式
报名方式
请微信咨询:15383229128 微信同号
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课程安排
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学习内容
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专题一
开启 自然科学研究新范式
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1、基于ChatGPT-4o开启科研新范式
1) 自然科学研究的主要流程
2) AI大模型的助力科研新范式
3) AI大模型的 提问框架(提示词、指令)和专业级GPT store应用
案例1.1:开启大模型科研新范式
案例1.2:大模型助力自然科学的经典案例分析
案例1.3:经典高效的提问模板,提升模型效率
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专题 二
基于 ChatGPT 大模型的论文 写作
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2、科学论文写作全面提升
案例 2 .1 : 大模型论文润色中英文提问模板
案例 2 .2 : 使用大模型进行论文润色
案例 2 .3 : 使用大模型对英文文献进行搜索
案例 2 .4 : 使用大模型对英文文献进行问答和辅助阅读
案例 2 .5 : 使用大模型提取英文文献关键信息
案例 2 .6 : 使用大模型对论文进行摘要重写
案例 2 .7 : 使用大模型取一个好的论文标题
案例 2 .8 : 使用大模型写论文框架和调整论文结构
案例 2 .9 : 使用大模型对论文进行翻译
案例 2 .10 : 使用大模型对论文进行评论,辅助撰写审稿意见
案例 2 .11 : 使用大模型对论文进行降重
案例 2 .12 : 使用大模型查找研究热点
案例 2 .13 : 使用大模型对你的论文凝练成新闻和微信文案
案例 2 .1 4 : 使用大模型对拓展论文讨论
案例 2 .1 5 : 使用大模型辅助专著、教材、课件的撰写
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专题 三
基于
ChatGPT
大模型的数据清洗
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3、数据清洗与特征工程
1) R语言和Python基础(能看懂即可)
2) 数据清洗方法(重复值、缺失值处理、异常值检验、标准化、归一化、数据长宽转换,数据分组聚合)
案例 3 .1:使用大模型指令随机生成数据
案例 3 .2:使用大模型指令读取各种类型的数据
案例3.3:使用大模型指令进行原始数据进行清洗、切片、筛选、整合
案例3.4:使用大模型指令对农业气象数据进行预处理
案例3.5:使用大模型指令对生态数据进行预处理
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专题 四
基于 ChatGPT 大模型的统计分析
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4、统计分析与模型诊断
1) 统计假设检验
2) 统计学三大常用检验及其应用场景
3) 方差分析、相关分析、回归分析
案例4.1:使用大模型对生态环境数据进行正态性检验、方差齐性检验
案例4.2:使用大模型进行t检验、F检验和卡方检验
案例4.3:使用大模型对生态环境数据进行方差分析、相关分析及回归分析
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专题 五
基于 ChatGPT 的 经典统计模型
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5、 经典统计模型(混合效应模型、结构方程模型、Meta分析)构建
案例5. 1 :基于AI辅助构建的混合线性模型在生态学中应用
案例5. 2 :基于AI辅助的全球尺度Meta分析、诊断及绘图
案例5. 3 :基于AI辅助的生态环境数据结构方程模型构建 |
专题 六
基于 ChatGPT 的 优化算法
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6、模型参数及目标优化算法
案例6. 1 :最小二乘法对光合作用模型参数优化
案例6. 2 :遗传算法、差分进化算法对光合作用模型参数优化
案例6. 3 :贝叶斯定理和贝叶斯优化算法对机理模型参数优化
案例6.4:蒙特拉罗马尔科夫链MCMC对动力学模型进行参数优化
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专题 七
基于 ChatGPT 大模型的机器学习
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7、机器/深度学习在科研中的应用
1) 机器/深度学习
2) 线性代数基础、特征值和特征向量
3) 机器学习监督学习(回归、分类)、非监督学习(降维、聚类)
4) 特征工程、数据分割、目标函数、参数优化、交叉验证、超参数寻优
5) 主成分分析、LDA、NMS、T-SNE、UMAP、Kmeans、 Agglomerative 、DBSCAN
6) 支持向量机、决策树、随机森林、XGBoost、AdaBoost、LightGBM、高斯过程
7) 深度学习算法(神经网络、激活函数、交叉熵、优化器)
8) AI大模型的底层逻辑和算法结构(GPT1-GPT4)
9) 卷积神经网络、长短期记忆网络(LSTM)
案例7.1:使用大模型指令构建回归模型(多元线性回归、随机森林、XGBoost、LightGBM等)
案例7.2:使用大模型指令构建分类模型(支持向量机、XGBoost等)
案例7.3:使用大模型指令构建降维模型
案例7.4:使用大模型指令构建聚类模型
案例7.5:使用大模型指令构建卷积神经网络进行图像识别
案例7.6:使用大模型指令构建LSTM模型进行气象环境时序预测
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专题 八
ChatGPT 的二次开发
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8、基于AI大模型的二次开发
案例8.1:基于API构建自己的本地大模型
案例8.2:基于构建的本地大模型实现ChatGPT功能、模型评价和图像生成
案例8. 3 :ChatGPT Store构建方法
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专题 九
基于 ChatGPT 大模型的科研绘图
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9、基于AI大模型的科研绘图
1) 使用大模型进行数据可视化
案例9.1:大模型科研绘图指定全集
案例9.2:使用大模型指令绘制柱状图(误差线)、散点图、相关网络图、热图、小提琴图、箱型图、雷达图、玫瑰图、气泡图、森林图、三元图、三维图等各类科研图
案例9.3:使用大模型指令对图形进行修改
案例9.4:使用大模型对任务一类科研绘图的制作流程
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专题 十
基于 ChatGPT 的 时空大数据分析
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1 0、基于ChatGPT的时空大数据分析应用
1) R语言和Python空间数据处理主要方法
2) 基于AI大模型 训练降尺度模型
3) 基于AI大模型处理矢量、栅格数据
4) 基于AI大模型处理多时相 netCDF4数据
案例 10 .1:使用大模型对矢量、栅格等时空大数据进行处理
案例 10 .2:使用大模型处理NASA气象多时相NC数据
案例10.3:使用大模型绘制全球植被类型分布图
案例 10 .4:使用大模型栅格数据并绘制全球植被生物量图
案例 10 .5:使用大模型处理遥感数据并进行时间序列分析
案例 10.6 :使用不同插值方法对气象数据进行空间插值
案例10.7:使用大模型使用机器学习聚类分析及气候空间分区
案例10.8:使用大模型构建机器学习模型进行大尺度空间预测
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专题 十一
基于 ChatGPT 大模型的项目基金助手
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1 1、基于AI大模型的项目基金助手
1) 基金申请讲解
2) 基因评审重点
案例 1 1.1 : 使用大模型进行项目选题和命题
案例 1 1.2 : 使用大模型进行项目书写作和语言润色
案例 1 1.3 : 使用大模型进行项目书概念图绘制
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专题十 二
基于大模型的 AI 绘图
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12、基于大模型的AI绘图
1)GPT DALL.E、Midjourney等AI大模型生成图片讲解
2)AI画图指令套路和参数设定
案例13.1:使用大模型进行图像识别
案例13.2:使用大模型生成图像指令合集
案例13.3:使用大模型指令生成概念图
案例13.4:使用大模型指令生成地球氮循环概念图
案例13.5:使用大模型指令生成土壤概念图
案例13.6:使用大模型指令生成病毒、植物、动物细胞结构图
案例13.7:使用大模型指令生成图片素材,从此不再缺图片素材
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注: 以上各章节内容均有代码及数据分析实操。
夯实基础:专题1:R/Rstudio简介及入门【课前学习、提供学习资料】
1)R及Rstudio介绍:背景、软件及程序包安装、基本设置等
2) R语言基本操作,包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等
3) R语言数据文件读取、整理(清洗)、结果存储等(含tidverse)
4) R语言基础绘图(含ggplot):基本绘图、排版、发表质量绘图输出存储
专题一:AI+Meta分析的选题与检索、寻找科学问题
注:以上各章节内容均有代码及数据分析实操。
专题一、 AI+R语言空间数据及数据挖掘关键技术【讲解与实践】
1、
AI大模型使用及
R语言空间数据讲解及应用特点
1) AI大模型算法结构和底层逻辑
2) AI大模型超实用的通用提示词和高级提问框架
3) R语言基础与数据科学
4) R空间矢量数据
5) R栅格数据
2、R语言空间数据挖掘关键技术讲解
专题二、AI+R语言空间数据高级处理技术【讲解与案例实践】
1、
AI大模型助力
R语言空间矢量数据处理
(
sp、sf
)
1) 点、线、面数据
2) 空间矢量数据的坐标系定义、转换
3) 空间矢量数据的裁剪、相交与合并
4) 空间矢量数据的数值计算
2、R语言栅格数据处理 ( raster、terra )
1) 栅格数据的生成与数据管理
2) 栅格数据的坐标系转换
3) 栅格数据的裁剪、相交与拼接
4) 栅格数据的数值计算
3、R语言栅格数据与矢量数据的相互转换
专题三、AI+R语言多维时空数据处理技术、数据清洗整合和时间序列分析【讲解+案例实践】
1、 AI大模型助力 R语言多维时空数据 的批量 处理
1) NetCDF、GeoTIFF 、HDF、IMG、DWG、DEM 等多维时空数据 的读取、处理与导出
2) 多维空间数据的 管理 和 批量处理
2、R语言 时空 数据清洗和整合
1) 时空大 数据缺失值、重复值、异常值 处理
2) 时空大 数据插补方法
3) 近似采样方法,双线性插值法、最大近邻法等
3、大尺度高分辨率栅格数据的时间序列分析
1) 栅格尺度 时间序列分析
2) 栅格尺度多时空回归方程构建
3) 栅格尺度 趋势分析和突变检验
4) 栅格尺度时间 自相似性 和 长期依赖性分析
案例一:全球气象栅格数据的提取、裁剪、重采样和输出
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