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基因组文章从Nature到末流SCI,为何?泛基因组成为最终选择?

植物科学最前沿  · 公众号  ·  · 2024-04-18 16:08

正文

随着测序成本的大幅降低,近年来新物种参考基因组呈井喷式发布,不过这些参考基因组通常只基于一个代表个体构建得到,然而单个个体是无法代表整个物种的全部遗传变异信息的。
同时,由于基因组文章井喷式的发表,其发文档次也从Nature级别一步步下滑到了末流SCI。
基因组研究的出路在哪里?答案就是“ 泛基因组 ”, 泛基因组 将成为高质量参考基因组的 新标准!
泛基因组是指存在于某一物种中的全部基因序列。 基因组分为核心基因(Core Genes)和非核心基因(Dispensable/Variable Genes),核心基因是指所有动植物品系或者菌株共有的基因; 非核心基因是指在两个及以上的动植物品系或者菌株中所特有基因。 通常而言,核心基因组控制着生命体基本代谢的功能而不会轻易发生改变。

抓紧扫描下方二维码,报名组学大讲堂春季 《泛基因组分析实操》 培训 直播 吧! 2024年5月16日开播,等你来学!

泛基因组优势

泛基因组可以获得更多的物种遗传变异信息,以助于了解物种特性:

核心基因组的大小是多少?

泛基因组的大小是多少?

在这些物种里共有多少基因/基因家族?

随着每个新个体的加入,将有多少基因/基因家族被加入泛基因组?

同时,泛基因组研究可对核心基因组和可变基因组进行比较。泛基因组分析能鉴定出参考序列中不存在的基因,对这些新基因进行功能分析也是其研究的焦点。

更全面准确的变异信息:泛基因组研究可以得到物种全面且准确的变异信息 (SNP、Indel、CNV、PAV)。与重测序变异检测相比,泛基因组研究基于基因组序列进行变异分析能够大幅度提高变异检测的准确性,以及大结构变异的检出性。

泛基因构建方法
目前构建泛基因组的方式有三种:迭代组装(Iterative assembly)、多个体组装( De novo assembly)、图形基因组(graph-based assembly)。
  1. 迭代组装指将多个样本的下机数据比对到一个参考基因组后,将未比对上的reads组装成新的contigs。通过将这些新的contigs添加到原始的参考序列中,就可以构建一个泛基因组;
  2. 多个体 De novo 即对多个样本同时进行组装注释,从全基因组层面识别PAV,也是目前运用最广的方法;
  3. 图形泛基因组即在 De novo 的基础上,绘制图形化的泛基因组,可更直观更准确的描述泛基因组,逐渐成为目前运用最广的方法;

泛基因组分析实操 》直播 培训开始报名!
组学大讲堂作为专业的生物信息培训机构,培训学员已超过 80000人 ,累计举办各种线上直播、线下培训班数十期,有着丰富的培训经验。
在这个春暖花开的5月,我们组学大讲堂为大家带来了全网最完善的 《泛基因组分析实操》直播 培训班,花两三千块钱学习,能省数十万经费,何乐而不为?
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01

课程内容及优势

组学大讲堂将于2024年5月16日-5月18日举办“泛基因组分析实操” 直播 培训 ,本课程具有以下优势:

内容丰富 ,本培训包含的分析内容囊括绝大多数基因组文章的分析条目;

② 课程 分析代码已经封装好 ,整理好自己的数据,复制粘贴即可分析自己的数据,大大降低了学习难度,边学边练,现场指导;

③ 采用 先进的docker虚拟机 去教学(国内首创),无需担心安装生信软件、配置分析环境等难题,不同操作系统下分析步骤基本一致,真正的能学会,能用起来;

云服务器上教学 ,不用苦恼电脑配置不足,家庭版电脑系统不兼容问题,发送指令由服务器分析,自己电脑仍可正常办公;

⑤ 建立了专门的 生物信息知识问答社区 ,已经累计解决了上万个生信学习相关问题,结合学员QQ群持续为您学习提供技术支持!

本期课表如下:

更多问题可以加微信 omicsclass001 联系王老师进行咨询!

02

常见问题解答

1. 集中3天培训是否可以学完这么多内容?
答: 经过 多年课程优化,尽量合并操作环节,分析代码已经封装好,整理好数据,复制粘贴即可分析自己的数据,既降低了分析难度也缩短了培训时间。
2. 培训后提供回放吗?
答: 3天直播培训结束,不是学习的结束。课后可以获得录播视频, 年内不限次观看 ,问答社区提供 永久 答疑 服务。分析所用 软件、代码、课件、笔记 均会提供,另外赠送组学大讲堂 云服务器 3个月的使用权限,学员课后仍可方便的进行练习。
3. 培训的时候是在云服务器上,如果换了设备,分析步骤还一样吗?
答: 组学大讲堂培训采用先进的 docker虚拟机 ,无论在什么设备上,凡是使用我们提供的镜像,均可保持一致的操作环境, 真正的能学会,能用起来。
4. 能否提供发票?
答: 由北京组学生物科技有限公司提供正规发票。

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举办时间及费用

1. 举办时间: 2024年5月16日-5月18日(三天),每天授课7-8小时
2. 授课方式: 线上直播
3. 培训费用:
原价:3580元/人, 4月3 0日(含)之前可享早鸟价:3180元/人
4. 优惠信息:
团报优惠: 2人及以上额外优惠200元/人
赠送价值700元 组学大讲堂云服务器3个月使用权。

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报名方式

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