泛基因组是指存在于某一物种中的全部基因序列。
泛
基因组分为核心基因(Core Genes)和非核心基因(Dispensable/Variable Genes),核心基因是指所有动植物品系或者菌株共有的基因;
非核心基因是指在两个及以上的动植物品系或者菌株中所特有基因。
通常而言,核心基因组控制着生命体基本代谢的功能而不会轻易发生改变。
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泛基因组可以获得更多的物种遗传变异信息,以助于了解物种特性:
核心基因组的大小是多少?
泛基因组的大小是多少?
在这些物种里共有多少基因/基因家族?
随着每个新个体的加入,将有多少基因/基因家族被加入泛基因组?
同时,泛基因组研究可对核心基因组和可变基因组进行比较。泛基因组分析能鉴定出参考序列中不存在的基因,对这些新基因进行功能分析也是其研究的焦点。
更全面准确的变异信息:泛基因组研究可以得到物种全面且准确的变异信息 (SNP、Indel、CNV、PAV)。与重测序变异检测相比,泛基因组研究基于基因组序列进行变异分析能够大幅度提高变异检测的准确性,以及大结构变异的检出性。
目前构建泛基因组的方式有三种:迭代组装(Iterative assembly)、多个体组装(
De novo
assembly)、图形基因组(graph-based assembly)。
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迭代组装指将多个样本的下机数据比对到一个参考基因组后,将未比对上的reads组装成新的contigs。通过将这些新的contigs添加到原始的参考序列中,就可以构建一个泛基因组;
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多个体
De novo
即对多个样本同时进行组装注释,从全基因组层面识别PAV,也是目前运用最广的方法;
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图形泛基因组即在
De novo
的基础上,绘制图形化的泛基因组,可更直观更准确的描述泛基因组,逐渐成为目前运用最广的方法;
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,本培训包含的分析内容囊括绝大多数基因组文章的分析条目;
② 课程
分析代码已经封装好
,整理好自己的数据,复制粘贴即可分析自己的数据,大大降低了学习难度,边学边练,现场指导;
③ 采用
先进的docker虚拟机
去教学(国内首创),无需担心安装生信软件、配置分析环境等难题,不同操作系统下分析步骤基本一致,真正的能学会,能用起来;
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云服务器上教学
,不用苦恼电脑配置不足,家庭版电脑系统不兼容问题,发送指令由服务器分析,自己电脑仍可正常办公;
⑤ 建立了专门的
生物信息知识问答社区
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本期课表如下:
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多年课程优化,尽量合并操作环节,分析代码已经封装好,整理好数据,复制粘贴即可分析自己的数据,既降低了分析难度也缩短了培训时间。
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3天直播培训结束,不是学习的结束。课后可以获得录播视频,
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3. 培训的时候是在云服务器上,如果换了设备,分析步骤还一样吗?
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组学大讲堂培训采用先进的
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2024年5月16日-5月18日(三天),每天授课7-8小时
原价:3580元/人,
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