孟德尔随机化不好发了吗？没有实验发不出去？没有新发现发不出去？没有自己队列发不出去？
漏！！不是孟德尔不好发，是你OUT了！！
今天分享的这篇文章，不做实验也不需要自测数据！作者另辟蹊径，把既往的“热点”翻修一下，从另外一个角度讲故事！那也是创新，没毛病！！11分简直太值了！
小编看了信心满满，这我不是也能做？感觉自己又行了！！
宝藏文章，赶紧分享！
家人们，孟德尔新型分析上“小黄车”！
快来对齐颗粒度了！！
爆火的m6A-qtl疾病故事
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2024 /4/29
最新发表在
Mol Psychiatry（11.1/Q1）
，题目为“
多组学解析N6-甲基腺苷在神经精神疾病中的作用 Integration of multi-omics summary data reveals the role of N6- methyladenosine in neuropsychiatric disorders
”。作者通过综合分析多组学数据结合孟德尔分析，揭示了m6A甲基化在神经精神类疾病中的潜在作用，为未来的研究和治疗提供了新的视角和靶点。
一、研究背景
作者通过整合大规模GWAS和人类m6 A-QTL数据集，对SCZ、BP、MDD、ADHD、ASD、AD、PD等7种神经精神疾病进行
m6 A-全关联研究(m6 A-WAS)
和基于摘要数据的孟德尔随机化(SMR)分析。整合额外的eQTL和蛋白QTL (pQTL)数据集来研究这些分子表型之间复杂的相互作用。
先前的研究表明，利用SMR和TWAS样方法研究各种分子类型(如基因表达和DNA甲基化)之间的相互作用，
将有助于阐明m6 A、基因表达、蛋白质丰度和神经精神疾病之间的关系
。
关注与疾病显著相关的m6 A位点，旨在描述这些分子表型之间的因果关系；分析m6 A对基因表达的影响、基因表达对m6 A修饰的影响、m6 A 后转录对蛋白水平的影响。通过GWAS和m6 A修饰鉴定的疾病相关 SNP之间可能存在的多种调节模式。
探索N6-甲基腺苷(m6A)甲基化在神经精神疾病中的作用，并揭示其通过基因表达/蛋白质调控影响疾病的潜在机制。
二、数据收集和分析
整合多组学数据和全基因组关联研究(GWAS)汇总数据，为分析m6A在神经精神疾病中的作用提供数据基础。
GWAS数据集获取：
收集包括精神分裂症(SCZ)、双相障碍(BP)、注意力缺陷多动障碍(ADHD)、自闭症谱系障碍(ASD)、重度抑郁症(MDD)、阿尔茨海默病(AD)和帕金森病(PD)的GWAS汇总数据。
m6A-QTL数据集获取：
人类大脑、肺和心/肌肉组织
的m6A-QTL数据：
获取m6A甲基化位点、
基因
表达量遗传性状位点(eQTL)和蛋白质表达量遗传性状位点(pQTL)的数据集，用于分析m6A甲基化与基因表达及蛋白质表达之间的关系。
统计分析：
采用FUSION和SMR等统计方法，分析m6A位点与疾病、基因表达和蛋白质表达之间的关联。FUSION用于TWAS-like分析
：
使用FUSION根据Xiong等人的研究中的m6A峰值和匹配的genotype数据计算
SNP
-m6A权重。
三、结果
一、m6A与神经精神疾病的关联分析
首先
识别与七种神经精神疾病相关的m6A位点
，并探索其与疾病的潜在联系。
m6A位点与疾病关联测试
使用组织特异性的m6A权重，通过FUSION管道测试m6A位点和SCZ、BP、MDD、ADHD、ASD、AD、PD等7种
精神疾病之间的关联（
图1 A
）
图1
二、m6A与基因表达的关联分析
为揭示m6A甲基化位点对基因表达的影响，并分析这些基因表达变化与神经精神疾病的关联。
作者分析m6A与基因表达关联，
使用FUSION评估m6A与基因表达之间的关联
，
展示m6A与其对应基因表达的关联统计
（
图2 A-D
）。
图2
补充图1
补充图2
三、m6A相关基因与神经精神疾病的关联分析
进一步研究这些m6A相关基因是否与神经精神疾病有关联；
TWAS分析：
利用FUSION进行TWAS分析，整合GTEx v8的全血eQTL数据和七种疾病的GWAS数据
，
展示m6A、基因表达和疾病的交互网络
（
图3
）。
图3
四、m6A、基因和疾病的相互作用分析
旨在
通过整合m6A与疾病、m6A与基因表达、基因与疾病的关联数据，揭示m6A在疾病中的潜在作用机制。
基于GTEx eQTL权重和m6A数据，
通过FUSION整合eQTL权重和m6A数据
，使用
SMR分析验证基因表达对m6A位点的潜在影响
（图4）
图4
五、m6A基因的功能分析
对m6A调控的基因
，
使用Metascape进行GO功能富集分析，以理解这些基因在神经精神疾病中的生物学功能
（
图5 A
）
图5a
补充图3
补充图4
六、m6A基因的蛋白质互作网络分析
使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络，预测由m6A基因编码的蛋白质之间的相互作用
（
图5 B
）
图5b
七、基因表达对疾病相关m6A的影响分析
