1981年8月8日，在原敦煌文物研究所所长常书鸿和时任所长段文杰陪同下，邓小平一行前往莫高窟。邓小平详细听取了敦煌文物研究所的工作汇报，主动提出：“你们有困难没有？”段文杰汇报了莫高窟的研究和保护面临的问题，邓小平立即指示解决。在认真参观洞窟的壁画和彩塑后，他指示说：“敦煌的保护是件事，还是件大事！”
为落实邓小平关于保护好莫高窟的指示精神，国家财政当年拨出300万元专款，解决莫高窟存在的困难。国家文物局和甘肃省政府也组成了联合工作组，到敦煌严格抓好工作落实，敦煌文化研究因此不断深入，研究所也于1984年发展成为研究院，人才辈出，成果不断。
1984年，甘肃省政府决定将敦煌文物研究所扩建为研究院，增加了职能，扩大了编制，增添了员工，增设了部门。
敦煌研究院利用改革开放的大好时机，与国内外相关机构和院校合作，开阔了视野和思路，引进了先进的理念和技术，迅速提高专业人员的能力和水平；采取送出去、引进来等多种方法培养人才，形成了一支文理艺术兼有的多学科专业人才队伍；建造和不断完善基础设施，从根本上改善了员工的生活和工作条件，基本改变了以往的艰苦和闭塞状态。
2017年1月，敦煌研究院管理的石窟资源由莫高窟、榆林窟、西千佛洞三处，再增加三处：麦积山石窟、炳灵寺石窟和北石窟寺。整合后的敦煌研究院成为甘肃石窟保护利用的“航母”，带动重要石窟文物保护管理利用工作提质、上档、升级。
▲ 1956年至1985年，敦煌文物研究所部分科室办公地点。
东京艺术大学是日本艺术家培养的最高学府，文物和艺术品保护与修复的相关学科师资雄厚。1985年，敦煌研究院派出第一位赴东京艺术大学访学的学者李最雄（1991年获得日本东京艺术大学保存科学博士学位，成为我国文物保护方面第一位博士）。时至今日，已有50余位敦煌研究院的学者在东京艺术大学美术学部的保存科学、东洋美术史、保存修复日本画等研究室访学。这些研修人员学成归来后，在各自的研究领域成果卓著，成为敦煌石窟研究和保护事业的骨干人才和领军力量，为推动敦煌文物事业的发展起到了十分重要的作用。
2018年12月14日，敦煌研究院与东京艺术大学签署《敦煌研究院与东京艺术大学学术交流协议》，共同促进学术文化交流。
这是敦煌研究院有计划地选送业务骨干出国深造培养人才的一个缩影。
▲ 敦煌研究院院史陈列馆。1944年，国立敦煌艺术研究所成立后，这里就一直是敦煌艺术研究所及后来敦煌文物研究所的办公和生活场所，曾是常书鸿先生在20世纪40-80年代初的旧居。青年樊锦诗的宿舍也在这里。它是弘扬敦煌文化的重要组成部分和莫高窟精神的教育基地，常年公开对外展出。
1987年12月，法国巴黎。联合国教科文组织总部举行世界遗产委员会第11届会议，莫高窟与长城、北京故宫、秦始皇陵及兵马俑、周口店北京人遗址、泰山等6处中国遗产列入《世界遗产名录》。
世界遗产委员会评价：
莫高窟地处丝绸之路的一个战略要点。它不仅是东西方贸易的中转站，同时也是宗教、文化和知识的交汇处。莫高窟的492个小石窟和洞穴庙宇，以其雕像和壁画闻名于世，展示了延续千年的佛教艺术。
这是一个历史性的时刻。拥有五千年文明史的中华文明优秀成果开始登上世界舞台，这个舞台也对中国文化遗产保护利用产生重要影响。
20世纪80年代，敦煌研究院在发展中面临巨大的资金缺口。为推进敦煌石窟保护研究事业全面发展，争取更多的资金支持，时任敦煌研究院院长段文杰通过与国内外友好人士的文化交往，大力宣传敦煌石窟艺术的保护、研究，积极争取国内外友好人士、社会团体的支持与资助。中国敦煌石窟保护研究基金会就是段文杰先生创办的旨在募集资金、资助敦煌石窟保护、研究及弘扬的公募基金会。在这一过程中，日本友人平山郁夫通过民间捐款的形式募集资金，为“中国敦煌石窟保护研究基金会”成立奠定了基础。
1994年4月经中国人民银行批准，中国敦煌石窟保护研究基金会成立，宗旨是保护、研究、弘扬敦煌文化，促进敦煌文物保护和敦煌研究的不断发展。
2011年，经与时任敦煌研究院院长樊锦诗商议，美国著名艺术史学专家、原耶鲁大学美术馆和西雅图美术馆馆长倪密在美国注册成立敦煌基金会，旨在保护敦煌石窟，促进公众了解敦煌艺术。
与莫高窟隔河相望的敦煌石窟文物保护研究陈列中心，占地面积2万多平方米，建筑面积5千多平方米。中心由日本政府无偿援建，于1992年2月开工，1994年3月落成，是中华人民共和国和日本国友好的象征，为敦煌石窟文物的保护研究工作发挥着重要作用。
中心共有三个部分。第一部分为依原大复制的八个有代表性的洞窟（莫高窟第275、249、285、419、217、220窟及榆林窟第25、3窟）；第二部分为敦煌石窟文物陈列，有写本、幡幢、残塑像、花砖、临摹壁画等；第三部分为机动展厅，展出敦煌学研究的成果等。
