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在美国做有机合成是怎样一种经历?

医药大世界  · 公众号  · 药品  · 2017-06-24 18:21

正文

本文来自论坛网友自述,小编摘此文只为给大家提供一种视角,看看在中国、在美国有机合成人员是怎样的一种人生体验。相比自己现在的工作状态是怎样的一种影响呢?是否有一些值得借鉴的东西?从实验记录、如何定量反应、探讨对照实验的设计、优化工艺的顺序这四个个方面开始说起。。。


我在美国做有机化学实验 ( ) :从实验记录谈起

我在国内高校研究生院做了三年合成实验,在美国高校研究生院做了五年合成实验,而在药厂又做了三年合成实验。在此把我的经历作个比较,供大家参考。

我那时在国内高校做实验,实验记录本是从仓库领的,和街上买的普通笔记本并无不同。对如何记录实验也并无统一详尽规定,我的记忆中导师只说了一句话,实验要如实记录,其他的细节就留给我掌握了。但初进美国研究生院时,情景可大不一样,记得专有一英文课,详细讲述做科研的道德规范和作抄袭的种种情况,等到进了科研组,导师郑重其事地亲手交给每个新生一本厚厚手册,一本他自己当年的实验记录本,和一篇组里前辈论文的支持数据材料,并指着这数据说, "...respect these is moreimportant than (respect) me...", 等到进了公司,关于如何记录实验就有更专门的规定,而且每年有小测试,确保每个做实验的人明了各个细节。我现将我导师写的关于实验记录本的部分规定翻译出来,供大家欣赏借鉴。


1 为何要有 notebook?
-
原始科学数据 - 无二的真相
2
。记录实验的原则
-
实验记录的目的是为其他的科研人员,不是做实验的本人。
-
他人应能凭之重复实验,观测到同样现象,得到同样结果。
3
。记录本的组织
-
封皮有人名,序列号,研究方向
-
有目录 / 索引
-
依次记录,不可移去任一页
-
每个实验新起一页,不可空页,跳行记录
-
划去每页空白
-
页底签名
-
记录时直接在本上用黑墨水写,不可涂改,用单化线划去笔误并附脚注
4
。记录内容和排版
-
有标题和日期
-
配平的反应方程式;试剂的用量 ( 质量或体积,如体积标出密度 ) ,摩尔数,当量数,来源, CAS 号,纯度,物性参数如熔沸点,旋光度等
-
注意有效数字
-
特殊条件标出如玻璃干燥细节,无氧无水或无光操作等
-
所依文献或已做实验
-
记录所有相关操作细节 ( 时间,温度,加料方式等 )
-
记录所有现象 ( 色,溶,沉淀,气 )
-
复印 TLC GC HPLC
-
记录实验后处理工序 ( 萃取,洗涤所用容积;干燥剂;蒸馏时间,压力,温度 )
-
注意检查质衡
-
详尽记录纯化步骤 ( 重结晶,溶剂,体积,温度,是否活性炭处理,收率;蒸馏,所用玻璃仪器,真空度,蒸馏头温度,内温,浴温,每个馏分质量;走柱子,溶剂,硅胶量,每级分量和 RF )
-
纯化样计算收率
-
纯化样用所在 notebook 页数标号;其相应数据如谱图等以此标号注明归档。
-
结语,实验结果,解释,可能改进建议
-
附图谱 NMR, IR, MASS, 结构式,谱上注化合物名,人名
-
附色谱 GC HPLC ,柱型,长度,温度,压力,流量
-
对手性化合物,消旋样分离色谱,旋光物分离色谱;测旋光
-
签名公正


我在美国做有机化学实验 ( ) :谈谈如何定量反应

在优化实验时,建立可靠的定量方法至关重要。我把我的体会和大家交流一下,希望能起个抛砖引玉的作用。

称量分离纯化的产物大概是最精确的定量办法了。在读博时,我做的大部分反应是通过这个原始的方法加以优化的。那时对优化的要求不高,往往产率达到 70% 以上可发论文即交差了,所以同一底物 3 4 个反应便可搞定,即便以此原始定量方法,苦干五年,也拿了博士学位。再者,导师经费有限,分析设备资源跟不上,而研究生的体力和时间似乎总是可以挤一点,再挤一点 , 再挤一点。。。
到了药厂后,每人一台 HPLC ,有人专门配溶剂,照应设备,其他如 GC IR RAMAN NMR UV-VIS MASS 都随时可用,而对优化的要求是尽最大努力,时限是要最快,所以一定要巧干加苦干才行。我想国内现在 LC GC 应用该十分普遍了,就把我这三年工作中学到的如何用 LC GC 经验先作交流。
一般来说,我接到优化反应的任务时,第一件工作是写下完整的配平了的反应方程,分析所有可能的副反应,写出所有可能中间体及副产物的结构,这第一步我称之为脑子预热;第二件工作是或买或找备齐这些主产物,中间体,可能的副产物,并建立 LC GC 分析方法,因为这要东奔西跑找药品,要动手配溶液,我称之为热身;热脑热身后,最有趣的工作就可开始了,一般说来我的第一轮实验会尽量把这么几个问题的答案拿到: 1 。产物在反应条件下的稳定性; 2 。每个反应物在反应条件下的稳定性; 3 。在极端当量比下的产率。这几个答案是进行下一轮优化的基础,而只要建立了合适的定量和取样方法,这第一轮的工作常常是一天便可完成。
关于作标准曲线,我的经验是用质量浓度 (WT%) 比用体积浓度 (WT/V) 精确。我一般会用万分之一天平称 3~5 300~500 毫克的样品来配标准溶液 (3~5 毫克 / ) ,然后从此一一稀释 2 5 10 20 50 100 200 500 倍。。。,在两个波长下 ( 一般 220 254nm) 找到吸收 - 浓度线性范围。有两个波长下 ( 一个低吸收,一个高吸收 ) 的标准曲线可更方便监测反应的初期和没期。因为,反应初期反应物浓度高,产物浓度低,而反应后期反应物浓度低,产物浓度高,只用一个波长监测,一次走样,并不能保证两者吸收峰面积同在线性范围内,而用两波长同时监测,十有八九,总可拿到精确浓度的。
在取反应混合物样时,我一般是先从加料表估算一下各组分浓度,然后取至少 20 毫克反应混合物在万分之一天平上称重,加稀释溶剂配出注射样,一般说来,取样可随反应规模而定。在研发新路线时,往往要用有限的原料把路线往前推进,这时是要小量多次反应摸索条件,我常作的规模是 50 毫克投料,依上述取样分析,能得到可靠的反应物转化率,产物收率,副产物收率随时间变化曲线,而在优化放大阶段,往往原料供应不成问题,但要求每个新试的条件必可重复,我的原则是至少做 50 克的反应 ( 反应混合物在 500 克左右 ) ,而取样在 500 毫克反应混合物,这样一方面能得到可靠的动力学数据,最后还能分到各个产物和实时数据对照比较。



我在美国做有机化学实验 ( ) :探讨对照实验的设计

特定步骤工艺优化的目标有两类,一是提高收率,一是提高操作效率;而对照实验的设计对实现这两类目标都必不可缺。在此,我将自己做研究生时的经验和在药厂做 Process R&D 的经验做个比较,供大家参考。

特定步骤工艺条件有两类,一是有关体系组成,如反应物当量,溶剂,浓度等,这类参量决定了体系物性,在放大时易于重现;二是有关操作参量,如温度,混合效率等,这类参量在放大时可出入很大。在第一类的参量优化时对照实验的设计可能起到至关重要的作用。因任何反应的收率优化是一个抑制副反应的竞争过程,对主副反应动力学的掌握是实现这一目标的关键。我读研时研究催化的不对称合成,每设计一手性催化剂,总想知道其内在手性选择性,这样必需掌握消旋性背景副反应动力学,所以每次扣除了手性催化剂的对照实验不可或缺。做 Process 后,关于副反应资深人士告诫的第一要旨是:有可能发生的就会发生。

我逐步养成习惯,拿到任一反应,第一件事是写出所有可能副反应,
常见的有三类:
1
。产物的降解 ( 产物稳定性 )
2
。反应物的降解 ( 反应物稳定性 )
3
。由反应物去其他产物。

简单对照实验应很容易得出有关 1 2 类的动力学。而对第三类大多要个案分析设计。

下面以我做过的手性 LEWIS 碱催化的醛和异氰加成反应为例说明 (JOC2005. 9667-9676)

在手性 LEWIS 碱催化反应体系里,真正的手性催化剂是由一个弱 LEWIS 酸和一个强手性的 LEWIS ( 一般用 <10mol%) 反应后产生的电正性配合物,这个配合物再活化亲电底物接受亲核试剂进攻。在醛和异氰加成反应体系中,这四个组分依次是醛 ( 亲电底物 ) ,异氰 ( 亲核试剂 ) SiCl4( LEWIS ), 手性的 LEWIS 碱;对这么个复杂体系,假设我是第一次接触这个反应,我的第一轮试验可能会有:
1
。两组分间的可能反应。四取二的可能组合。
A
。醛和 SiCl4( LEWIS )
B
。醛和异氰。
C
。醛和手性的 LEWIS 碱。
D
。异氰和 SiCl4( LEWIS )
E
。异氰和手性的 LEWIS 碱。
F
SiCl4( LEWIS ) 和手性的 LEWIS 碱。
2
。三组分间的可能反应。四取三的可能组合。
G
。醛和异氰在有 SiCl4( LEWIS ) 的情况。
H
。醛和异氰在有手性的 LEWIS 碱的情况。
I
。醛和 SiCl4( LEWIS ) 在有手性的 LEWIS 碱的情况。
J
。异氰和 SiCl4( LEWIS ) 在有手性的 LEWIS 碱的情况。
3
。四组分同时存在时的反应。四取四的可能组合。
K
。醛和异氰在有 SiCl4( LEWIS ) ,有手性的 LEWIS 碱的情况。
在我们研究的实际体系中, A B D F G I J K 反应都有发生。

通过对这些反应的研究,我们可以得到反应体系的全景图,包括
1
。在体系中反应物的存在状态,稳定性 ( 由对 A D F I J 的研究得出 ) ,更多细节还可由对比 A D I J 得到;
2
。体系中的消旋加成副反应,这可由 G 的研究得到;
3
。体系中的手性选择性加成反应,这可由对比 K G 得到。

这第一轮的试验是从反应物这头开始,只要有了试剂便可开工,做排列组合,研究不同温度容剂情况下这些反应的具体表现。

这一阶段实验研究对象是从反应物开始的反应,在此阶段,我的宗旨是要掌握尽可能多的细节,为后续研究定方案打个扎实基础。有了这个基础,进一步优化的方向就明确了。从经济学角度来说,因为所需的试剂并不需要花时间制备,多用这些试剂获取最多信息很有效率。

具体在这个反应体系中,最终的核心问题是要避免 G K 的竞争,而通过对机理的研究我们得到很简单的解决办法,只要改变异氰加入方式,保证异氰在体系浓度很低,即可基本消除 G K 的竞争,而得到高手性选择性。

在优化反应的第二阶段,从产物出发的副反应是重点,因为反应一旦开始了,体系中除了一开始加的所有原料,同时还有产物 , 对现例而言,实际反应体系是个五元体系。简而言之,我们在此关心的是:
醛和异氰在有 SiCl4( LEWIS ) ,有手性的 LEWIS 碱存在下产生的加成物的在相应的条件下的化学稳定性,立体构型稳定性。

关于化学稳定性,可能的副反应可列出:
L
。从手性加成物发生的单分子降解反应。
M
。手性加成物和醛的副反应。
N







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