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Lancet | 下一个MSI-H?肿瘤Indels突变负荷与PD-1疗效高度相关!

裕策生物  · 公众号  ·  · 2017-07-17 22:19

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目前许多研究已经表明,高负荷的肿瘤点突变换证能受益于免疫检查点抑制剂治疗,来自弗兰西斯克里克学院、皇家马斯登 NHS基金会、伦敦大学学院肿瘤研究所、伦敦大学学院NHS基金会的研究者发现,在肿瘤突变类型中,一种被称为 "frameshift indel" (移码插入缺失突变)的突变,对预测患者ICIs药物的应答程度尤为重要,可能是预测免疫治疗疗效的另一个精准的biomarker。研究发表在The Lancet Oncology期刊上。


Frameshift indel(移码插入缺失突变)是一类能产生新读码区的突变,它可以导致一长串DNA的改变,引起大量与自体抗原迥异的新抗原多肽。而点突变是DNA密码一个碱基的改变,如此小规模的改变可能会被患者免疫系统所忽略。但当面对数十个突变碱基时,免疫系统则有很可能发现这些错误,并且通过免疫检查点抑制剂的作用,增加有效的免疫应答。




这项大规模研究分析了19种不同种癌症的5000多个肿瘤样本,比较了Indels在不同癌种中的数量和比例分布情况,同时研究了其余免疫检查点抑制剂治疗效果的相关性。


在所有样本中,frameshift Indel突变引起的高亲和力(多肽预测值IC50<50 nM)的肿瘤特异性新抗原(neoantigen)数量是非同义SNV突变的3倍;突变特异性抗原(Mutant-specifc neoantigens)是非同义SNV突变的9倍。平均每个nsSNV突变产生0.64个新抗原,每个frameshift Indels突变产生2个新抗原,是NSSNVs的3倍,这与Giannakis M近期的研究结果相似 (Genomic correlates of immune-cell infltrates in colorectal carcinoma.) 。具体分析结果见下表:




此外,该研究还发现肾癌拥有最多数量的 Indels 突变,是分析的肿瘤中平均值的2倍多,高于肺癌和皮肤癌。因为吸烟和 阳光暴露的缘故,肺癌、皮肤癌往往是拥有突变的最多的肿瘤。 研究者称, 肾癌中异常高的Indels突变负荷,可能是肾癌患者为什么对免疫治疗有很好应答的原因。事实上,研究分析也表明,具有大量Indels突变的黑色素瘤患者比只有少量Indels突变的患者对免疫制剂点的应答更好。



文章的主要研究作者,英国癌症研究院临床科学家、皇家马斯登的肿瘤医学顾问Dr.Samra Turajilic讲到:“我们对于所观察到的结果感到很兴奋,这个结果增加了我们对癌症突变是如何影响患者免疫系统的理解。我们已经知道拥有大量点突变的患更有可能受益于免疫检查点抑制剂,现在我们的结果显示Indels突变同样有助于患者受益于该疗法。我们希望Indels以后会包括在诊断检测中,来帮助我们对患者进行选择。然而,目前仍然存在许多影响治疗反应的因素需要我们去了解。”


参考:

1.Insertion-and-deletion-derivedtumour-specific neoantigens and the immunogenic phenotype: a pan-canceranalysis

2.New analysi s sheds light on mutations in cancer and the immune system

3.Genomic correlates of immune-cell infltrates in colorectal carcinoma.









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