别人的棕榈酰化是怎么做的？棕榈酰化的研究做得好的不算很多，今天讲的这篇大连医科大学的博士，发表在14.3分的Adv Sci (Weinh)上的文章就挺有意思，他们讲了一个棕榈酸诱导的棕榈酰转移酶和Hippo信号通路之间的正反馈通路，有意思的是他们研究的这个整体的机制，其实还算是比较严谨的，通过层层的推理才得到了最后的结果（
这就很值得肯定，因为对一篇文章或者一个课题而言，严谨的推理和细致的验证才是文章能够成立的关键，不清楚科研推理和逻辑的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼？》系列
）。我们就一起来看看他们都做了点什么吧：
他们首先分析了PA（棕榈酸）对于肿瘤的影响，他们发现PA饲喂的肿瘤小鼠模型中，肿瘤的迁移侵袭能力明显得到了增强。而通过转录组分析后，他们发现，在饲喂PA的小鼠模型中，Hippo信号通路明显被激活了，特别是Hippo信号通路下游的靶基因AMOTL2和CYR61这两种与肿瘤迁移侵袭相关的蛋白表达，明显增强。同时在体外培养肿瘤细胞过程中，加入PA后，会促进YAP的入核（
YAP大家应该都熟悉了，这是Hippo信号通路中关键的分子，LATS1通过磷酸化YAP导致YAP的降解，从而抑制Hippo信号通路，而未磷酸化的YAP则会入核结合TEAD，促进下游靶基因转录，不清楚Hippo信号通路的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列
）。他们通过敲减YAP来分析PA对于肿瘤增殖的影响，确定了Hippo信号通路在PA诱导后的关键作用。
那么棕榈酸增加，导致下游表型变化的关键应该是棕榈酰化，于是他们就考虑到了棕榈酰转移酶，他们通过筛选，发现了棕榈酰转移酶ZDHHC15是调控YAP入核的关键（
他们通过使用ZDHHC15的失活突变体，来验证了这一假设，其实这一点就已经算是不错的验证方法了，由于棕榈酰转移酶ZDHHC15的功能突变，影响了棕榈酰化，导致了YAP的入核能力减弱，这就避免了肯定后件的逻辑谬误，不清楚肯定后件逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列
）。另一方面他们又发现YAP可以启动ZDHHC15的转录，这里他们也用了两种YAP的突变体，一个是YAP-5SA（这个是避免被磷酸化的激活突变），另一个是YAP-S94A（这个是抑制结合TEAD，抑制转录的抑制突变），以此验证YAP对于ZDHHC15的转录激活功能，从而确定了ZDHHC15通过棕榈酰化激活YAP，而YAP又可以激活ZDHHC15的转录，形成了一个正反馈通路。
ZDHHC15既然和YAP形成了一个正反馈的通路，那么它对于肿瘤形成是否有一定的功能呢？于是他们通过ZDHHC15的敲减，以及回复表达ZDHHC15功能突变体，查看对于肿瘤的影响，来分析其间的关联性（
这里其实就是柯霍氏法则的验证，通过移除某个关键因素，来分析对于下游的表型影响，这里的ZDHHC15是以棕榈酰转移酶功能来进行验证的，它既是Hippo信号通路的上游，又是下游，不清楚柯霍氏法则的话，可以去看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》
）。结果显示ZDHHC15的表达的确与肿瘤的恶性表型相关。那么棕榈酸在其中又扮演了什么角色呢？他们通过敲减了ZDHHC15后，补充棕榈酸进行分析，结果发现，棕榈酸的加入，相当于是劫持了ZDHHC15-YAP环，促进了肿瘤的增殖：
那么棕榈酸刺激的棕榈酰化底物是什么呢？这个棕榈酸的底物，其实也就是ZDHHC15的底物。他们假设，这个棕榈酸的底物，必须符合这样的性质，也就是首先能与ZDHHC15结合，其次是位于Hippo信号通路上游（
这样的推理过程，其实就是假设的迭代，在抑制ZDHHC15可以通过棕榈酰转移酶的活性，激活Hippo信号通路，那么最基本的方法，就是找到一个两者的连接点，假设和假设的迭代，是一篇文章推进过程中必不可少的部分，不清楚假设和假设迭代的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列
）。于是他们找到了KIBRA，这个蛋白位于LATS1的上游，可以抑制LATS1的磷酸化，也就是间接激活了YAP的入核。他们发现ZDHHC15可以对KIBRA的两个半胱氨酸位点进行棕榈酰化修饰，而KIBRA的棕榈酰化修饰，使得其蛋白稳定性明显增强，而未棕榈酰化的KIBRA则会显示出入核的现象：
他们通过对KIBRA的两个半胱氨酸位点突变，清除了其棕榈酰化，结果显示去除棕榈酰化的KIBRA入核增加（
这里通过对KIBRA的突变，而不是单纯地敲除KIBRA，这部分的验证就做得很好，因为这样的验证，有效地缩小了验证命题中的概念外延，不再是KIBRA的蛋白表达变化，而是KIBRA的棕榈酰化诱导的蛋白表达变化，增加了内涵之后，两个命题就完全不一样了，不清楚命题的外延和内涵的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》
）。同时，TEAD荧光素酶报告基因标记实验显示，去除棕榈酰化的KIBRA会抑制TEAD的转录活性。而同时使用棕榈酸抑制剂以及Hippo抑制剂，可以有效抑制肿瘤的增殖和发展：
最后就形成了这样的示意图（
这个是夏老师用PPT随便画的，具体的画法在《夏老师带你读文献》里介绍过，不熟悉的话，可以去看看
），细胞吸收了PA后，ZDHHC15会促进KIBRA的棕榈酰化，这使得KIBRA的稳定性增强，同时抑制了KIBRA的入核。KIBRA在细胞质中，抑制了LATS1的磷酸化，也就间接地促进了YAP的入核，激活了YAP与TEAD的下游基因的转录。这一方面通过激活ZDHHC15转录，导致了ZDHHC15-YAP正反馈通路的产生，另一方面通过激活靶基因AMOTL2和CYR61转录，促进了肿瘤的迁移和侵袭：
这篇文章在棕榈酰化的研究中，算得上是比较优秀的，在验证过程和逻辑推理上，都是比较严谨的。特别是在对于KIBRA的棕榈酰化位点的验证，以及后期对于KIBRA棕榈酰化位点突变清除后，验证肿瘤表型变化，都是比较严谨的。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话，可以看看原文，祝你们心明眼亮。
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