还不知道当下最火热的单细胞测序技术怎么用？来看看
基迪奥
的合作客户们怎么发！
本期为大家盘点部分
第4季度
新鲜出炉的高分单细胞合作项目文章，以供学习参考。研究物种涉及
植物
（辣椒、景天、竹笋）、
动物水产
（拟穴青蟹、猪）以及
小鼠
等。欢迎有测序意向的老师随时与我们联系，基迪奥可针对不同客户的实际需求和样本情况，定制专属的个性化分析方案和发文策略。
英文题目：
Roles of boron in preventing cadmium uptake by
Capsicum annuum
root tips: Novel insights from ultrastructural investigation and single-cell RNA sequencing
发表期刊：
Sci Total Environ
发表时间：
202412
影响因子：
8.2
物种样本：
辣椒根系
公司产品：
10X RNA-seq
DOI：
10.1016/j.scitotenv.2024.177858
合作单位：
湖南工学院
充足的硼元素（B）可以减少镉（Cd）在农作物中的积累，但其潜在机制仍不清楚。本研究采用超微结构分析和单细胞RNA测序技术，研究了辣椒根尖在不同硼添加量下Cd吸收的凯氏带的变化、木质素形成相关基因在内皮层的表达和调控，以深入了解B抑制根部Cd吸收的分子机制。结果表明，与缺硼条件（B0Cd1）相比，在硼充足（B1Cd1）条件下暴露于镉的辣椒根尖的凯氏带宽度明显增加。此外，与B1Cd1相比，在B0Cd1的凯氏带区域观察到了更多的铈沉淀，这表明H
2
O
2
的积累。只有在内皮细胞中，补充硼能显著提高某些木质素形成相关基因的表达。这些基因包括转录因子WRKY（
WRKY7/40/41/53
）和ERF（
ERF2/109
），以及两种与木质素形成相关的基因，即PER（
PER3/9/49/6472
和
LAC3
）和DIR（
DIR16/21/24/25
）。这表明，硼能减少辣椒中镉积累的主要原因是，在镉暴露条件下，硼诱导的根尖内皮木质化有利于防止镉通过凋亡途径流入根茎。
单细胞图谱揭示镉胁迫下超积累植物景天中叶片细胞类型对金属转运蛋白的特异性调控
英文题目：
Single-cell atlases reveal leaf cell-type-specific regulation of metal transporters in the hyperaccumulator
Sedum alfredii
under cadmium stress
发表期刊：
J Hazard Mater
发表时间：
202410
影响因子：
12.2
物种样本
：
景天叶片
公司产品：
10X RNA-seq，三代全长转录组
DOI：
10.1016/j.jhazmat.2024.136185
合作单位：
桂林理工大学
植物的超积累是一个复杂而动态的生物过程。
Sedum alfredii
是研究最多的镉超积累植物，其叶片可积累高达9000 mg kg-1的镉而不会产生毒性。该研究使用PacBio Iso-Seq技术获得首个
S. alfredii
全长转录组。对Cd胁迫下生长的
S. alfredii
叶片进行单细胞RNA测序，从对照组和镉处理组的
S. alfredii
叶片样本中共获得了12,616个高质量的单细胞，确定了7种细胞类型和12个转录不同的细胞簇，从而构建了第一个
S. alfredii
叶片单细胞图谱。在镉胁迫下，CAX5、COPT5、ZIP5、YSL7和MTP1等金属转运体在
S. alfredii
叶片的不同细胞类型中上调。金属转运体独特的基因表达模式表明，
S. alfredii
对镉的耐受性和高积累具有特殊的基因调控网络。总之，该项研究结果首次观察到
S. alfredii
叶片在镉胁迫下的细胞和分子反应，为今后开展超积累植物单细胞转录组测序研究奠定了基础。
Fig2 景天叶片细胞聚类分析及细胞类型标注
空间转录组和单细胞核转录组图谱揭示了快速生长的竹笋器官发生过程中的基因调控
模式
英文题目：
Spatiotemporal transcriptome atlas reveals gene regulatory patterns during the organogenesis of the rapid growing bamboo shoots
发表期刊：
New Phytol
发表时间：
202411
影响因子：
8.3
物种样本：
竹笋
公司产品：
10X RNA-seq
DOI：
10.1111/nph.20059
合作单位：
江西农业大学
竹子具有显著的生长速度和经济意义，为研究快速生长植物器官发生的分子基础提供了一个理想的系统，特别是在单子叶植物中。该研究在10X平台采用空间和单核转录组测序技术，精确剖析竹笋各种组织和早期发育阶段的基因功能。综合分析揭示了笋发育过程中独特的细胞轨迹，发现了参与原形成层分化、居间分生组织形成和维管组织发育的关键基因和通路。关键调控基因，特别是与激素信号转导和脂质代谢有关的基因的空间和时间表达模式，有力地支持了居间分生组织起源于被包围的实质细胞的假说。居间分生组织中特定基因的表达呈现有规律的分散分布模式，为了解驱动竹笋快速生长的复杂分子机制提供了线索。单核和空间转录组分析揭示了基因活性的综合景观，增强了对器官发生分子结构的理解，并为未来依赖于特定细胞类型身份的基因组和遗传研究提供了宝贵的资源。
Fig3 基于单核和空间转录组学的竹笋早期发育阶段器官发生重建
单
细胞核转录组揭示了拟穴青蟹卵巢内卵子的发生机制
英文题目：
A Single-Cell Atlas of Crab Ovary Provides New Insights Into Oogenesis in Crustaceans
发表期刊：
Advanced Science
发表时间：
202411
影响因子
：
14.3
物种样本：
拟穴青蟹卵巢
公司产品：
10X RNA-seq
DOI：
10.1002/advs.202409688
合作单位：
集美大学水产学院
卵子发生对有性繁殖至关重要。该研究通过单核RNA测序（snRNA-seq）绘制了拟穴青蟹（
Scylla paramamosain
）卵巢图谱，鉴定了5种细胞类型，包括生殖细胞、体细胞和三种卵泡细胞类型，这反过来为它们提供了丰富的候选标记。此外，蟹卵巢不同细胞中配体-受体的图谱显示了细胞通讯在卵子发生过程中的作用。研究筛选了从卵原细胞到卵母细胞过程中的数十个转录因子，以及体细胞和卵泡细胞中与卵子发生相关的关键分子/途径，这在进化中是保守的，其潜在的调控机制在不同的系统中会发生一些变化。进一步验证了7个标记的时空表达模式，RNAi证实了piwi和VgR在卵子发生中的重要作用。这些数据有助于阐明无脊椎动物配子发生的潜在机制和生殖策略的进化。
Fig4 拟穴青蟹卵巢的snRNA-seq分析概述
猪骨骼肌单细胞核转录组图谱揭示了调节肌内脂肪形成的机制
英文题目：
A Single-Cell Atlas of Porcine Skeletal Muscle Reveals Mechanisms That Regulate Intramuscular Adipogenesis
发表期刊：
The International Journal of Molecular Sciences
发表时间：
202412
影响因子：
4.9
物种样本：
猪背最长肌
公司产品：
10X RNA-seq
DOI：
10.3390/ijms252312935
合作单位：
湖北省农科院
猪骨骼肌的发育与肉类生产效率和质量密切相关，猪肌内脂肪的积累受肌肉内脂肪细胞增生和肥大的影响。然而，对应于肌肉发育的两个阶段的细胞谱仍未确定。该研究使用单核RNA测序（snRNA-seq），在第1天和第180天鉴定了硒都黑猪的78,302个细胞核和9个细胞群，其中包括纤维/成脂祖细胞（FAP）、肌核、脂肪细胞和其他细胞类型。细胞聚集模式在两个发育阶段之间有所不同。值得注意的是，第180天组的脂肪细胞百分比高于第1天组（0.51% vs. 0.15%）。逆时分析表明，FAPs可分别分化为脂肪细胞和肌核细胞。THRSP基因被鉴定为猪肌内脂肪细胞的生物标志物，其下调导致猪前脂肪细胞中脂滴形成的显著减少。该项研究为肌内脂肪形成的细胞特征提供了新的见解，这可能有助于开发增强肌内脂肪沉积和提高猪肉质量的新策略。
Fig5 snRNA-seq鉴定了西渡黑猪D1和D180组LDM中不同的细胞群
单细胞转录组和普通转录组研究精子发生及雄性生育能力方面的生物学功能
英文题目：
Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice
发表期刊：
Theranostics
发表时间：
202409
影响因子：
12.4
物种样本：
小鼠精巢
公司产品：
scRNA-seq，RNA-seq
DOI：
10.7150/thno.98620
合作单位
：
山东大学
精子发生是哺乳动物中高度组织化的细胞分化过程。DIS3L2主要在细胞质中表达，是一种 RNA外泌体非依赖性核糖核酸酶。目前DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的作用在很大程度上仍未知。该研究建立了减数分裂前生殖细胞条件性敲除小鼠模型，通过bulk RNA-seq和 scRNA-seq分析研究了DIS3L2在精子发生和雄性生育能力中的生物学功能。
Stra8-Cre
小鼠减数分裂前生殖细胞中
Dis3l2
的条件性消融会损害精原分化并阻碍精母细胞减数分裂进程与细胞凋亡相结合。bulk RNA-seq显示，
Dis3l2
缺陷显著破坏
Dis3l2
条件性敲除睾丸中与细胞周期、精原分化和减数分裂相关的基因的转录表达模式。scRNA-seq表明，减数分裂前生殖细胞中DIS3L2的缺失导致RNA代谢中断、细胞周期基因表达下调和精原分化基因的异常表达，阻碍精原分化。总之，这些发现强调了DIS3L2核糖核酸酶介导的RNA降解在精原细胞分化和精母细胞减数分裂进程过程中保护正确转录组的关键作用，从而确保正常的精子发生和雄性生育能力。
Fig6
Dis3l2
cKO精原细胞的scRNA-seq分析
利用单细胞转录组在敲除
Pdzk1
的情况下捕获小鼠胚胎干细胞的全能性
