南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，1949年解放后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，毕业时获得博士学位。2015年起同时招收八年制和“5+3”本硕连读一体化培养的学生。
现设基础医学、临床医学、口腔医学等专业。有基础医学和临床医学一级学科博士点、博士后流动站，口腔医学一级学科硕士点，护理学专业学位硕士点；其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%，是南京大学16个进入全球前1%的学科之一。现任院长为长江学者特聘教授、南京大学党委常委、副校长张峻峰。
南京大学医学院的目标是“培养杰出的领导型临床学家和医学科学家”。学院秉承百年名校南京大学的办学理念，以雄厚的理学为基础，浓郁的人文氛围为基石，坚持科学精神与人文精神相融合、知识传授与科学研究相融合、全面发展与个性培养相融合。以四家附属医院：附属鼓楼医院（南京鼓楼医院）、附属金陵医院（解放军东部战区总医院）、附属口腔医院（南京市口腔医院）和附属仙林鼓楼医院（南京市泰康仙林鼓楼医院），三家教学医院：南京市儿童医院、南京脑科医院、南京市第二医院为临床基地，强调临床技能和临床思维的培养。
位于南京大学鼓楼校区东南楼，整体划分为八个区域：手术室与ICU区、妇产与新生儿区、生命支持区、基本技能训练区、课堂教学区、OSCE专区、模拟仿真实验区和口腔专区。
位于南京大学仙林校区，其中具体包括：系统解剖学实验、局部解剖学实验、组织学和胚胎学实验、病理学实验、以疾病为主线的医学遗传学实验、病原体鉴定与免疫细胞分析技术、医学机能学实验7门实验课程的实验室、教室等。
医学院团学联是由原医学院团委直属部门、学生会、新媒体中心合并而成的基层学生组织，下设六个部门，在医学院团委指导下，实现同学们自我管理、自我服务、自我发展。我们以创新服务为宗旨，努力实现树立医学院学生工作的一面旗帜。作为医学院学生工作的中坚力量，我们在巧妙传达正确的思想精神的同时，创立许多富于趣味、影响深远的品牌活动，负责“南大医”微信公众号的运营。我们致力于构建学生与院系及学校之间的桥梁，维护学生权益，真实反馈学生意见，真正实现大学生独立思想、自由发声的愿望与需求。
负责财务与物资管理，人事档案公文管理，协助团学联会议开展，南大医微信公众平台及院系表白墙的运营。
协助团委加强全院共青团思想建设、组织建设及共青团干部培养和管理，组织基层团务工作，同时负责院系思想引领活动，如“知名教授进团支部”讲座，青年之声座谈会等。
举办各种文体活动的核心部门，如迎新晚会和各类联谊活动等，运动会、定向越野、体育节等大型体育活动的策划和组织，各院队赛事报道，扩大学生活动影响力，树立学生工作品牌。
对外通过与企业、商家等单位的合作联系，为院系活动提供各种资源；对内联系兄弟院校组织各类学术、工作交流以及文体联谊，共同促进学生工作的开展。
负责医周文化站工作，制作院系活动海报及视频、拍摄活动照片、及时总结宣传，凭借宣传的艺术为学生工作增光添彩。
与主要工作包含志愿活动的组织管理、社会实践的组织管理、职业规划、朋辈导学、学习资料分享等事宜。
医学院团委直属部门和学生会开展了丰富多彩的学生活动，以服务医学生成长、弘扬院系医学特色为工作出发点，在年度工作中发扬院系“小而精”的特点，整合相关资源，举办了一系列富有院系特色的活动。
2018级开学迎新
确认过眼神，是要一起奋斗八年的人
“繁忙准备的间隙，我们聊起你们，揣着紧张与期待，我们等待着和前些时日新生群里鲜活跃动的一个个网友，与花名册里一个个清澈动听的姓名主人相见恨晚。”
“我们在奔波的日程里找平凡的乐趣，笑声从心底生发出来，传递至下一程路。”
“欢迎你呀，NJUMEDers”
“第二次呼吸”医学院迎新晚会
致台前幕后的每一点星光
“遥远的深海，住着一群巨大的鲸，在成年的那一天他们会重归海面，
去吐露沉积的浊气，在海浪中完成他们人生的第二次呼吸。”
迎新晚会是每年的“大项目”之一，萌新们尝试着登上舞台，尝试着完成一个个棘手的任务，我们见证着脚本的灵光乍现，许多有趣的灵魂巧妙碰撞，成为激情转发的营销老手……
“鼓楼搭车客指南”
医学院·工程管理学院送别晚会
仙林最后的夜晚
大二5+3和大三八年制的同学们会在学期结束搬至鼓楼校区，也正式开始了他们的临床学习。
从仙林到鼓楼，也是一场乘坐着列车逃离与前行的过程，我们握着车票，试图饱览盛景，试图在另一个星球发光，每一个“搭车客”都在搜索目标信号。
在我们的小宇宙中，一切的终极答案也不是“42”，而是即将远行的你，即将告别的你。
手工制作类：
“忙趁东风放纸鸢”
“青团寄情，团团带你尝清明！”
思想引领类：五四青年节主题活动
“回顾往昔峥嵘，聚焦当代青春”；
童年回忆活动——“你是年少的欢喜”；
家书活动——“一点鸿雁过，千里思乡情”
