正文
2014 年 12 月 9 日的文章通过两个临床案例展示，使用 T2T-CHM13 参考基因组可以显著提高关键 SV 的得分。
尽管有技术进步，但缺少精确的参考基因组限制了潜能的发挥，GRCh38 参考基因组存在未解决序列和GAP间隙。
案例 1：通过 OGM 光学图谱 对血液病患儿进行结构变异分析，找到 F8 基因内含子 22 反转（Int22Inv）。在第一个病例中，一名男性儿童因VIII因子缺乏而被诊断为严重血友病。基于PCR的内含子22反转检测为假阴性，导致对该患者进行了全外显子组测序（WES），但WES未能在F8基因中识别出任何已知的致病性/可能致病性变异。为了进一步调查该患者血友病A的原因，进行了OGM以识别任何致病性结构变异。
案例 2：通过 Trio OGM 分析确认 4 岁儿童的染色体易位事件。在第二个病例中，一名4岁男性儿童表现出全面发育迟缓、面部畸形和自闭症谱系障碍特征。核型分析表明，在7号染色体长臂7q11.2和21号染色体长臂21q11.2之间存在明显的平衡易位。该儿童的父母有三次自然流产史。通过Trio OGM确定了易位的断点，并确定该位点是否存在任何基因破坏或缺失或重复事件，以及是否存在任何其他致病性SV。
结果
在第一个病例中，使用GRCh38参考基因组的OGM通过从头基因组组装识别出6181个结构变异。其中，与对照数据库相比，有45个SV是该患者特有的，包括插入和缺失。初步变异和可视化分析未揭示位于X染色体上的F8基因的任何结构变异。然而，对F8基因区域的图谱进行手动检查发现存在0.56Mb的反转，即内含子22反转（Int22Inv）。F8反转的置信度评分为0.47，因此被过滤掉，因为它低于置信度阈值0.7，即 F8 基因区的反转 SV 在 GRCh38 中得分低。
使用 T2T-CHM13 参考基因组提高了 Int22Inv 变体的可信度评分（0.82）。
第二个病例也是重新对齐到T2T-CHM13参考基因组，由于断点两侧的对齐改善，易位的置信度得分大幅增加。
讨论
T2T-CHM13 相比 GRCh38 在检测复杂区域表现更佳，支持在临床中采用 T2T-CHM13。
参考文献:
https://doi.org/10.1038/s41431-024-01763-z
