专栏名称: 基迪奥生物

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基迪奥生物Q3项目文章大盘点

基迪奥生物 · 公众号 · · 2024-10-20 10:59

正文

经过春的播种，夏的耕耘，在这丰收的秋季，基迪奥生物合作项目文章发表也迎来了累累硕果！

在第三季度中，基迪奥共助力客户发表文章数 337 篇，IF累积 1875.1 ，平均IF 5.9 ；其中5分以上文章 146 篇，与第二季度相比增长 25.9% ；8分以上高分文章 61 篇，占Q3文章总数的 18.1% ，遍布 Molecular Cancer、iMeta、Cell Host & Microbe、Nucleic Acids Research、ACS nano、Nature Communications、Advanced Science 等众高分期刊。

祝贺所有见刊的老师们，感谢对基迪奥的支持与信任，我们深感荣幸参与并支持这些前沿研究。下面为各位老师分享部分本季度项目文章案例，希望为您的科研工作提供新的思路和启示，也欢迎有项目意向的老师与我们联系，携手展开更多合作。

单细胞转录组持续发力

单细胞作为时下最热门产品线之一，第三季度共计见刊14篇。

医学

单细胞转录组探究HSF5在男性减数分裂中的作用和调控机制

英文题目： Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility

发表期刊： Nucleic Acids Res

发表时间： 20240923

影响因子： 16.6

物种样本： Hsf5基因突变和WT小鼠睾丸

公司产品： 10X RNA-seq，CUT&Tag

DOI： 10.1093/nar/gkae701

合作单位： 浙江大学医学院附属邵逸夫医院

该研究发现了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5，它通过与染色质结合的方式调控雄性减数分裂中的粗线期进程。HSF5的缺乏会导致减数分裂停滞和雄性不育，其特征为在中晚粗线期异常停滞，伴随大量精原细胞凋亡。scRNA-seq证实了在HSF5缺失的个体中，一些关键驱动基因（如Sycp1、Msh4、Meiob等）的表达发生了一致的变化。CUT&Tag分析揭示HSF5主要结合在这些关键基因的启动子区域。此外，研究还表明HSF5与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1有生物学上的相互作用，可作为粗线期进程中的转录因子。研究强调了与染色质相关的HSF5对精原细胞分化的重要性，改进了粗线期进程的蛋白质调控网络。

Fig1 对P24 Hsf5 和 Hsf5 ^+/+-/- 全睾丸进行scRNA-seq分析概况

农学

单细胞转录组揭示了梅花在不同开花发育阶段的花瓣细胞图谱

英文题目： Single-cell RNA sequencing reveals a high-resolution cell atlas of petals in Prunus mume at different flowering development stages

发表期刊： Hortic Res.

发表时间： 20240710

影响因子： 7.6

物种样本： 梅花花瓣

公司产品： 10X RNA-seq

DOI： 10.1093/hr/uhae189

合作单位： 西北农林科技大学

梅花（ Prunus mume ）的香气主来自花瓣，然而，梅花花瓣的细胞类型和发生花挥发性合成的细胞类型鲜有报道。该研究利用scRNA-seq分析了梅花品种“Fenhong Zhusha”在花蕾期（BS）和盛花期（FS）花瓣中的基因表达景观。研究确定了花瓣的6种主要细胞类型，鉴定了各细胞类型的标记基因。测量四个开花阶段花香挥发物的排放量变化，结合bulk RNA-seq筛选出28个DEGs可能在梅花花香合成中发挥作用，尤其是PmBAHD3可能参与苯甲酸乙酯的合成。通过原位杂交，确认了参与花香合成的关键基因主要在表皮细胞、薄壁细胞和维管组织中表达，与 scRNA-seq 数据一致。结果表明这些细胞类型是梅花香气合成的主要场所。该研究构建了首个花瓣单细胞图谱，为理解花香合成的分子机制提供了新视角。

Fig2 梅花花瓣的单细胞转录组细胞簇鉴定

常规组学线稳中有升

第三季度发文热门产品线以转录组、代谢组、16S为首，其中宏基因组和翻译组文章数量较Q2持续增加。

转录组

牡荆素作为新型VDR激动剂，可减轻从慢性肠道炎症向结直肠癌的转变

英文题目： Discovery of vitexin as a novel VDR agonist that mitigates the transition from chronic intestinal inflammation to colorectal cancer

发表期刊： Mol Cancer

发表时间： 20240913

影响因子： 27.7

物种样本： 小鼠

公司产品： RNA-seq

DOI： 10.1186/s12943-024-02108-6

合作单位： 广州中医药大学

研究发现维生素D受体（VDR）的缺失会加速从慢性结肠炎向结直肠癌的进展。牡荆素（vitexin）能特异性靶向VDR蛋白，促进其转入细胞核发挥转录活性。在巨噬细胞和癌细胞的共培养模型中，牡荆素促进巨噬细胞向M1表型的极化，这一过程依赖于VDR。ChIP-seq揭示牡荆素通过VDR调节吩嗪类生物合成结构域蛋白（PBLD）的转录激活。通过ChIP实验和双荧光素酶报告基因分析确定了PBLD的功能调控区域，证实VDR/PBLD通路对牡荆素介导的巨噬细胞极化调节至关重要。在髓系VDR基因敲除的小鼠模型中，牡荆素的保护效应在中期结直肠癌中被消除。总之，牡荆素通过VDR/PBLD通路调节巨噬细胞极化，减轻慢性结肠炎向结直肠癌的转变。

Fig3 在肿瘤微环境中，牡荆素促进VDR进入细胞核

16S

高酸度通过影响非生物与生物途径，显著影响含有复合有机基质的人工湿地的酸性矿井排水处理性能

英文题目 ：High acidity notably influences acid mine drainage treatment performance in constructed wetlands packed with composite organic substrates by affecting both abiotic and biotic routes

发表期刊 ： Chemical Engineering Journal

发表时间 ： 20240915

影响因子： 13.3

物种样本： 湿地微生态系统

公司产品： Meta 16s

DOI： 10.1016/j.cej.2024.153836

合作单位： 云南大学

研究评估了不同pH值对人工湿地处理酸性矿山排水（AMD）的影响。结果显示，pH值对湿地的修复性能有显著影响，其中pH 2.0效果最差，pH 5.0最佳。高酸度抑制了重金属的吸附和功能微生物的生长，影响了植物生长和金属沉积。低pH条件下，硫酸盐还原菌（SRB）几乎不存在，而在其他系统中，SRB和有机降解细菌是AMD生物修复的关键类群。研究指出，人工湿地是AMD处理的有前景的系统，但需将AMD的pH预中和至≥3，以提高修复效果。

Fig4 图形摘要：高酸度影响性能和机制

多组学联合拿捏高分

以“转录组+”、“单细胞+”等多组学联合的研究设计思路，仍是文章提分的不二法宝。

转录组+翻译组

巨噬细胞ILF3通过诱导雄性小鼠炎症失衡促进腹主动脉瘤形成

英文题目： Macrophage ILF3 promotes abdominal aortic aneurysm by inducing inflammatory imbalance in male mice

发表期刊： Nature Communications

发表时间： 20240823

影响因子： 14.7

物种样本： 小鼠腹主动脉瘤

公司产品： RNA-seq，Ribo-seq

DOI： 10.1038/s41467-024-51030-4

合作单位： 山东大学齐鲁医院

在腹主动脉瘤的发展中，促炎与抗炎反应失衡起着关键作用。ILF3作为先天免疫反应的调节因子，与心血管疾病相关。研究发现，巨噬细胞中ILF3的缺乏能减缓腹主动脉瘤的进展，而ILF3的增加则加剧病变。巨噬细胞ILF3通过加速p105 mRNA的衰减来增强NF-κB活性，导致巨噬细胞炎症加剧。同时，ILF3抑制了Keap1-Nrf2信号通路的抗炎作用，通过促进ILF3/eIF4A1复合物介导的Keap1翻译效率增强。此外，Bardoxolone Methyl治疗在ILF3表达升高时能减轻腹主动脉瘤病变的严重程度。这些发现强调了巨噬细胞ILF3在腹主动脉瘤发展中的重要性，并表明其可能是治疗腹主动脉瘤的潜在靶点。

Fig5 巨噬细胞ILF3影响p105 mRNA稳定性和Keap1翻译效率

转录组+代谢组

肠道菌群介导小鼠慢性弓形虫感染诱导的焦虑样行为

英文题目 ： Gut microbiota mediates anxiety-like behaviors induced by chronic infection of Toxoplasma gondii in mice

发表期刊： Gut Microbes

发表时间 ： 20240825

影响因子： 12.2

物种样本： 小鼠杏仁核和粪便组织

公司产品： RNA-seq，代谢组

DOI： 10.1080/19490976.2024.2391535

合作单位： 徐州医科大学

刚地弓形虫慢性感染可引起宿主的焦虑和肠道菌群失调，但肠道菌群在寄生虫引起的焦虑中的潜在作用尚不清楚。研究发现，刚地弓形虫慢性感染在小鼠中引发了焦虑样行为，并破坏了肠道菌群的组成。在杏仁核，该感染激活了小胶质细胞并引发了神经炎症。在结肠，感染导致了肠道失调，包括增加的结肠炎症、细菌内毒素转移到血液的增强，以及肠道屏障的损害。血清中，感染增加了LPS水平并降低了5-HT水平。清除肠道菌群的抗生素减轻了感染引起的焦虑行为。移植感染小鼠的粪便菌群至经抗生素处理的小鼠，引起了焦虑和杏仁核中的转录组变化。此外，感染小鼠粪便中产琥珀酸细菌的丰度和琥珀酸产量降低，而DBM给药改善了感染引起的焦虑和肠道屏障损伤。

Fig6 弓形虫慢性感染诱导小鼠肠道菌群失调和结肠炎症

16S+代谢组+蛋白组

膳食纤维通过酸化拟杆菌和随后的氨解毒减轻酒精性肝损伤

英文题目： Dietary fiber alleviates alcoholic liver injury via Bacteroides acidifaciens and subsequent ammonia detoxification

发表期刊： Cell Host & Microbe

发表时间： 20240814

影响因子： 20.6

物种样本 ：小鼠粪便、肝脏、血清

公司产品： Meta 16s，代谢组，DIA

DOI： 10.1016/j.chom.2024.06.008

合作单位 ：安徽医科大学第一附属医院

研究发现，富含可溶性膳食纤维的饮食能够增加小鼠肠道中产酸拟杆菌（ Bacteroides acidifaciens ）的丰度并减轻酒精诱导的小鼠肝损伤。产酸拟杆菌通过产生胆盐水解酶激活肠道法尼醇X受体（FXR）及其下游靶点成纤维细胞生长因子-15（FGF15），进而促进肝细胞中鸟氨酸氨基转移酶（OAT）的表达。OAT有助于肝脏中鸟氨酸代谢为谷氨酸，为氨解毒提供足够的谷氨酸，减少肝损伤。这些发现揭示了通过饮食纤维补充和产酸拟杆菌调节肠道菌群，可能成为治疗酒精相关性肝病（ALD）的新策略。

Fig7 产酸拟杆菌促进ALD小鼠肝脏中OAT水平增加

单细胞+转录组

肝细胞来源的组织细胞外囊泡保护肝脏再生并支持再生治疗

英文题目： Hepatocyte-derived tissue extracellular vesicles safeguard liver regeneration and support regenerative therapy

发表期刊： Journal of Nanobiotechnology

发表时间： 20240830

影响因子： 10.6

物种样本 ：小鼠肝脏

公司产品： 10X RNA-seq，RNA-seq

DOI： 10.1186/s12951-024-02790-0

合作单位： 中国人民解放军空军军医大学第三附属医院

组织来源的细胞外囊泡（EVs）在维持器官稳态中扮演关键角色，但它们的具体功能和治疗潜力尚未充分研究。通过scRNA-seq和bulk RNA-seq，结合组织超微结构检查，研究发现肝脏组织EVs（LT-EVs）在部分肝切除术后的肝脏再生过程中积极参与，其中肝细胞是再生肝脏中EVs的主要来源。纳米尺度和蛋白质组学分析进一步揭示，肝细胞特异性的组织EVs（Hep-EVs）在术后加强释放，并携带促进细胞增殖的信息。重要的是，Hep-EVs通过促进细胞周期蛋白依赖激酶1（Cdk1）活性来刺激肝细胞增殖，从而推动肝脏再生。此外，补充来自再生肝脏的Hep-EVs显示出潜在的治疗应用价值，能够改善肝脏再生不足的状况。这项研究为理解生理和内源性组织EVs在器官再生和治疗中的作用提供了新的视角。

Fig8 肝细胞是肝脏再生过程中LT-EVs的主要来源

基迪奥生物Q3项目文章大盘点

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