夏老师在PubMed上冲浪的时候，还是看到了一些有意思的研究的。比如这么一篇中国医学科学院北京协和医学院发表在17.6分的Science子刊Sci Immunol上的文章，这篇文章有点意思，他们研究的是ssDNA（单链DNA）对于先天免疫的诱导。为啥要研究ssDNA呢？大家如果熟悉常见的先天免疫相关的信号通路的话，应该记得比如Toll样受体信号通路、cGAS-STING信号通路等等（cGAS-STING信号通路、Toll样受体信号通路斗是常见的免疫相关信号通路，不清楚这些信号通路的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列去复习下哦，都讲过），这些信号通路中dsDNA（双链DNA）都是可以激活下游免疫反应的。这里他们要研究的就是ssDNA：
首先他们用HU（羟基脲）诱导体内形成ssDNA，结果发现HU处理后，也就是ssDNA增多，会导致先天免疫相关的信号通路激活。那么具体是什么样的ssDNA导致了这样的激活呢？他们进行了一个全基因组ssDNA的ODN（单链寡脱氧核苷酸）筛选，分选了24nt的ODN，查看这些ssDNA对于先天免疫的激活（这里他们主要看的就是类似于p38、JNK，IκB信号通路的激活情况，这些都是常见于MAPK信号通路和NFκB信号通路中的，这些信号通路是和验证因子转录直接相关的，不熟悉的话可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列）：
通过这一系列高通量的筛选，他们找到了几个可以激活先天免疫的ODN，但是具体激活先天免疫的ODN，是否有序列特异性呢？他们首先对其中一条ODN60进行了分析，通过分段突变他们发现（其实这个过程类似于柯霍氏法则的验证，通过缺失或者突变，来验证ODN上序列对于先天免疫激活的重要性，不清楚柯霍氏法则的话，可以看看《科研的推理和逻辑——从实验台到咖啡桌》、《轻松的文献导读》和《列文虎克读文献》），ODN60上的CGT/A这个序列，对于激活先天免疫尤为重要。然后他们对其他的有效ODN进行序列分析，并验证，确定了CGT/A序列后接着poly G，是细胞内ssDNA激活先天免疫的关键序列：
那么细胞内是什么蛋白相应了ssDNA对于先天免疫的激活呢？为了明确这一点，他们又进行了一轮CRISPR的筛库（也就是通过sgRNA库，随机敲除基因，然后分析表型，通过二代测序来分析关键基因，这个在《列文虎克读文献》里也给大家讲过了）。通过使用之前筛选出来的ODN60处理细胞，然后进行CRISPR筛库，他们找了一个可能与ssDNA有关的蛋白——SLFN11。通过对SLFN11的功能验证，也就是使用之前筛选的ODN对敲除了SLFN11的细胞进行炎症激活分析，他们确定了SLFN11就是响应ssDNA的关键蛋白：
那么SLFN11和ssDNA的结合情况是什么样的呢？他们继续进行验证，由于ssDNA中关键的序列是CGT/A，于是他们对ODN进行了位点的突变。以此验证突变后的ODN是否还能与SLFN11结合，结果发现ODN突变后与SLFN11的结合消失，同时原有的激活先天免疫的功能也丧失了（这里他们特意使用了ssDNA的突变以及SLFN11的结构域缺失，来对ssDNA和SLFN11之间的关系，以及下游的激活进行分析，这就很好地避免了肯定后件的逻辑谬误，使得这篇文章更为严谨，不清楚肯定后件的话，可以看看《科研的推理和逻辑——从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列）：
通过对SLFN11的结构域缺失分析，他们发现SLFN11的N末端结构域和ssDNA结合起到了关键作用，而SLFN11的N末端具有RNase活性。于是他们想要确定SLFN11的RNase是否参与了ssDNA对于先天免疫的激活，接着他们对SLFN11的RNase活性结构域进行了CRISPR突变，而突变后的SLFN11无法启动下游CGT ssDNA 激活的先天免疫反应。也就是说SLFN11的RNase活性，对于CGT ssDNA激活启动下游先天免疫反应起到了关键性作用：
由于经过工程改造的携带CRISPR或基因序列的AAV载体，也会时常激活先天免疫，于是他们就想看看AAV激活的先天免疫，是否也是通过SLFN11响应造成的。通过验证他们发现SLFN11的RNase结构域突变后，AAV就无法再激活先天免疫的下游相关蛋白的表达了。也就是说AAV激活的相关先天免疫，也需要SLFN11的RNase酶活性参与：
最后他们想要进行一波体内验证，但是SLFN11在小鼠体内，主要是同源蛋白SLFN9。于是他们就进行了SLFN9的缺失验证，在新生野生型小鼠中注射CGT ODN后，会导致肝脏中STAT1、JNK和NF-κB通路的信号转导和激活因子的激活（这分别涉及了JAK-STAT信号通路、MAPK信号通路和NFκB信号通路，不熟悉的话可以去翻翻《信号通路是什么鬼？》系列），而SLFN9的缺失阻遏了CGT ODN对于先天免疫的激活：
这篇文章还是很有意思的，从验证ssDNA对于先天免疫的激活，到确定ssDNA激活先天免疫的关键序列，再到分析确定ssDNA响应的蛋白，然后再到AAV相对的先天免疫激活机制研究，最后通过体内实验进行了进一步验证。整篇文章的思路都很清晰，逻辑也相对严谨，完成度也非常高，是一篇不错的文章。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣可以看看原文，祝你们心明眼亮。
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