中日《图们江中韩界务条款》签订后，根据该条款及中方《节略》中的承诺，1909年11月，日方关闭“统监府派出所”和撤回宪兵队，同时在龙井设置日本驻“间岛”总领事馆及警察署，在局子街、头道沟设置领事分馆及警察署。1910年2月，在百草沟设置了“间岛”总领事馆出张所。1910年4月，在珲春设置了“间岛”总领事馆出张所（12月改为领事分馆及警察署）。
之后，日本在延边地区的侵略方针是，通过领事馆警察向杂居区域不断渗透和扩张，最终攫取对杂居区域全部朝鲜垦民的管辖权。为此，日方采取了各种策略和手段。对此，中方予以坚决抵制和反对。由此，中日间又发生了一系列外交交涉。
首先，中日交涉主要围绕领事馆警察人数问题而发生。日方在撤回统监府派出所时，暗中留下100名警察，其中在总领事馆安排52名，而在三个领事分馆各安排16名。1909年12月3日，清外务部从吉林巡抚得知日本留有甚多警察人员后，即向日本驻华公使伊集院致函抗议称：留驻警察人数与在协商条约时日方“声明”的警察人数（一二名）“大相径庭”，要求日方遵守自己声明的“原意”。对此，伊集院辩解称：在“间岛”总领事馆留有比较多的警察官，是为了维持过渡时期秩序而采取的“预备措施”，希望中方“不必误会”。之后，日方意识到保留更多警察官“招致清国的猜疑”而不利于己，遂以“进行减员”为“上策”。从此，“间岛”总领事馆撤回一半以上的警察人员。至1917年，延边地区日本领事馆共有警察31名 ，每个领事馆平均约有6名警察。这个数字仍然多于日方承诺的范围，但此后中方不再提出抗议，因而不了了之。
其次，这些领事馆警察不仅在商埠地内擅自处理有关朝鲜人内部及朝鲜人与汉人之间的司法案件，而且企图自由进入商埠地以外杂居区域朝鲜人部落进行各种非法活动。这里的问题在于，领事馆警察的活动半径因《图们江中韩界务条款》的相关规定仅限于商埠地内，而不能自由进入杂居区域。日本人明知此条款限制，遂别有用心地特别借用1896年签订的中日《通商行船条约》的相关条款，作为其领事馆警察自由进入杂居区域的法律依据。在此条约第六条规定，“惟在通商各口岸，有出外游玩地不过华百里、期不过五日者，无庸请照”。当时，延边的大部分杂居区域离商埠地都不到100华里。那么，根据该规定，日警可以不携带护照，自由出入所有杂居区域。因此，日本领事馆根本不经过中方同意，随时派遣其警察擅自进入杂居区域，从事各种非法活动。这就引起各地朝鲜垦民及地方官员的反感。随之，在杂居区域时有发生日本人（包括领事馆警察）与朝鲜垦民之间的纠纷和冲突。其中的代表性事件就是“二道沟事件”。
1913年9月7日，日本驻头道沟领事分馆把4名警察分为两个小组，进入头道沟、二道沟、三道沟、四道沟等地从事情报活动。在这个过程中，有2名警察在二道沟村受到当地村民（朝鲜垦民）的围殴，他们随身携带的手枪及手册被夺走，还被村民捆绑审问，并且被迫写下“谢罪书”。翌日，村民们又把2名巡查押送到头道沟中方商埠局。商埠局巡警对他们进行审问后引渡给日本驻头道沟分馆。
得到中方头道沟商埠局的通报之后，日方趁此机会，企图对全体二道沟村村民实行严厉制裁，并以此要挟中方准其一些权益。在日方看来，二道沟村就是“排日鲜人的巢穴”，朝鲜垦民经常以加入中国国籍为由，排斥领事馆警察的调查。因此，日本趁此机会，采取严厉打击手段，企图让延边地区所有朝鲜垦民服从日本领事馆警察的调查活动。为此，9月14日“间岛”代理总领事令头道沟分馆主任直接找中方东南路观察使陶彬，提出五项新要求。其中最重要的是第二项“由中方向加害者的部落及其他部落发布告示，要求他们服从领事馆的民情调查”。其用意很清楚，即企图让中方把杂居区域朝鲜人管辖权的一部分让给日方。陶彬认为，这个要求触及对杂居地朝鲜垦民的行政权问题，即违背《图们江中韩界务条款》第四款规定。所以，他表示：中方“难以发布有关（让朝鲜垦民）服从领事馆调查之告示，只希望发布有关保护游历者的告示”。9月18日，局子街日本领事分馆主任岩永同陶彬进行交涉，结果是双方最后达成协议：关于向朝鲜垦民部落发布的告示内容，把朝鲜垦民“配合领事馆的民情调查”改为“郑重对待游客，提供方便”等。可见，在告示的内容上日方承认了中方的主张，回避了直接有损中国主权的内容。
随后在9月末，吉林东南路观察使陶彬向延边各地发布《吉林东南路观察使公署布告》。其中有“以后凡是外国官民在离商埠地100里以内去游历之时，各地村民不管携带护照与否，尽量以礼接待，如有外国人做事不当，村民们尽量讲理或告以附近巡警采取妥当的处理，绝对不要擅自处理或引发事端。” 该布告虽然表面上既反映日方要求的中日《通商行船条约》第六条规定，又有中方规制朝鲜垦民行动的内容，但实际上继续表明中方为维护《图们江中韩界务条款》，要求各地朝鲜垦民同地方官员密切配合，有效监视和抵制日警在杂居地擅自行动的维权努力。
最后，中日间主要围绕《图们江中韩界务条款》部分规定的法律效力问题又发生激烈纷争。从上述交涉中可以看出，日本领事馆警察向延边杂居区域的渗透活动已因《图们江中韩界务条款》的第四款规定而受到了限制。所以，日方对该条款非常不满，企图突破或废除该条款相关规定。恰在此时，1915年5月日本逼迫袁世凯政府签订了《关于南满洲及东部内蒙古之条约》（简称《南满东蒙条约》 ）。根据该条约，日本人在整个“南满”可以自由居住、往来、经营工商业，还拥有领事裁判权（第五条）。此后，依照该条约，日本领事馆警察在“南满”各地进行了各种渗透活动。同样，日方为了使其领事馆警察权渗透到“间岛”杂居区域，企图以《南满东蒙条约》对日本人的领事裁判权作为依据，单方面宣布《间岛协约》的第三款、第四款“无效”。由此，中日间发生围绕《图们江中韩界务条款》相关规定发生了“有效论”与“无效论”的激烈纷争。
日方宣布《间岛协约》的第三款、第四款“无效”的所谓“根据”主要有两方面。一，1910年“日韩合并”后，延边地区的朝鲜人不管其加入中国国籍与否，都被日方视为“日本臣民”。既然把朝鲜人视为日本人，日方就可以把《南满东蒙条约》的有关日本人领事裁判权的规定适用于所有在“间岛”杂居区域朝鲜人。二，日方认为“间岛是南满洲的一部分”。其理由来自1907年《第一次日俄协定及密约》。其实，这与中方的“南满洲”概念并不一致。中方认为：“南满洲只是奉天全省”。
那么，《图们江中韩界务条款》第三款、第四款是真的“无效”吗？答案是否定的，其实仍然有效，日方的“无效论”是强词夺理。因为该条约符合《南满东蒙条约》第八条的规定（关于东三省中、日现行各条约，除本条约另有规定外，一概仍照旧实行）。对此，1915年5月日本外务省在其内部坦言：“如果公平地讲，《间岛协约》作为有关特殊地方的特殊协定，其第三款及第四款也应该按照新条约第八条，和从前一样仍然可以实行”。但是，1915年8月13日日本内阁会议别有用心地决定，根据《南满东蒙条约》的有关规定，“《间岛协约》的第三条、第四条的全部和第五条的大部分无效”。结果，从1915年8月25日起，驻延边地区的日本各领事馆不经中方的同意，直接受理有关杂居区域朝鲜人的诉讼案件。
中方发现日方的这些举动之后，立即向日方表示抗议。9月3日，驻龙井商埠分局局长访问日本驻“间岛”总领事，就日本警察在杂居区域内公然履行“裁判手续”一事提出抗议。9月4日，延吉道尹陶彬也亲临局子街分馆通告：《图们江中韩界务条款》“仍旧全部有效”。9月10日，中国外交部致函日本代理公使小幡酉吉，强烈谴责“间岛”日本领事馆受理商埠地外越垦韩民之诉讼案，重申了中国政府对于新旧条约关系问题的原则立场。
9月25日，中国外交部以《节略》向日方表示抗议，称根据《南满东蒙条约》第八条的规定，《图们江中韩界务条款》不受《南满东蒙条约》的任何影响，图们江北杂居区域内的越垦韩民依然要服从中国法权，要求日方停止受理杂居区域越垦韩民的诉讼。对此，日本驻华代理公使小幡酉吉称：根据该条约第八条的规定，《间岛协约》的一部分受其影响，“当然要失去其效力”。因而，日本领事受理杂居区域朝鲜人诉讼案件也是“理所当然”的。
对此，中国外交部再次以《节略》表示抗议，称《图们江中韩界务条款》与《南满东蒙条约》“没有抵触之处”，并举出三个理由。其一，《图们江中韩界务条款》是以“东三省五案”作为交换条件而签订的，所以与《南满东蒙条约》无关。其二，延边杂居区域内的朝鲜垦民，尽管“日韩合并”以后被宣布为“日本国臣民”，但是他们同其他地区日本人不同。他们在延边地区既享有特殊权利，又负有特殊义务。在“南满”地区的日本国臣民只能得到“土地商租权”，而在延边杂居区域内的朝鲜垦民却拥有土地所有权。所以，这里的朝鲜垦民服从中国的法权。其三，根据《南满东蒙条约》第五条第一项的规定，“南满”地区日本国臣民须将照例所领之护照向中国地方官注册，亦即在《南满东蒙条约》所涉及的地方，日本国臣民须带护照。可是，根据《图们江中韩界务条款》的规定，在间岛的朝鲜韩民无需带护照。两者不能混为一谈。
对此，小幡酉吉逐条加以否认。其一，关于在《间岛协约》中规定的对朝鲜人的管辖权问题，即使是在当时中方以“东三省五案”等问题上的让步而获得的，但事实上在《南满东蒙条约》和《间岛协约》都有有关领事裁判权的规定。所以，《间岛协约》作为《南满东蒙条约》第八条中所谓的现行各条约之一，应该受到《南满东蒙条约》的影响。其二，中方称间岛杂居区域朝鲜人与其他地区日本国臣民不同，拥有特别权利和义务。而日方却认为既然《南满东蒙条约》的第二条、第三条及第五条的规定适用于“南满洲”全境及日本臣民全部，那么，该条约必须适用于间岛杂居区域内作为日本臣民的朝鲜人。至于土地所有权，“南满”朝鲜人的“土地商租权”和延边朝鲜人的土地所有权是一样的。可以说，这也是《南满东蒙条约》对《间岛协约》的新规定。根据《南满东蒙条约》第八条的规定，《间岛协约》中的这些规定当然要失效。其三，关于《南满东蒙条约》第五条第一项有关护照的规定，日方认为，这只不过是办理和保存护照的手续和形式问题而已。
由此可见，中日纷争的焦点在于《图们江中韩界务条款》第四款是否属于受《南满东蒙条约》影响的东三省中日之间的现行条约之一。虽然双方都各执己见，无法说服对方，但显然日方是决意激化矛盾的一方。
在此情况下，中方向日方提出临时性的妥协方案。11月15日，中方外交部次长曹汝霖向日方提出：对实施《南满东蒙条约》以后进入“间岛”的朝鲜人使用《南满东蒙条约》，而对之前居住于“间岛”的朝鲜垦民则设法研究出某种“适当的办法”。对此，小幡酉吉并没有答应。同时，延吉道尹陶彬也向“间岛”代理总领事提出一个新的解决方案：（1）日本政府必须承认1914年以前取得中国国籍的“间岛”朝鲜垦民的归化之事实；（2）在实施《南满东蒙条约》之际，已居住于“间岛”的朝鲜垦民将来向中方要求归化之时，日本政府必须予以承认。对此，“间岛”总领事以把“间岛”朝鲜人置于日本法权之下是“日本政策上的需要”为由，加以拒绝。
之后，日方觉得没有必要继续同中方进行交涉，就决定派遣领事馆警察擅自干涉杂居区域朝鲜人的内部事务。对此，中方也采取了相应的抵制措施。日方感到只靠商埠地内领事馆警察署不足以支持日本法权向商埠地外杂居区域扩张的需要。于是，日本外务省制定在商埠地外杂居区域设置18个警察机构的计划 ，并从10月下旬到11月上旬从朝鲜总督府秘密调动120名警察到“间岛”总领事馆及各分馆。尽管如此，因当时的各种条件限制，也只设置天宝山分署、八道沟派出所、南阳坪派出所三个警察机构。由于这些警察人员的调派和机构的设置都在暗中进行，故未引起中方的注意。
总之，这一阶段交涉先后围绕三个问题而接连发生。最初是由于日方违背承诺而在商埠地新设的领事馆安排超量的警察人员而发生交涉。该交涉主要由清政府外务部与日本驻华公使之间进行。结果是，日方裁减了一些警察人员。之后，由于领事馆警察借《中日通商行船条约》的相关条款而突破《图们江中韩界务条款》的规定，擅自在杂居区域进行各种情报活动而发生交涉。该交涉主要由驻“间岛”总领事与延吉道尹之间进行。结果是，使日方不能突破《图们江中韩界务条款》的规定。最后，由于日方单方面宣布《图们江中韩界务条款》相关规定“无效”而发生交涉。该交涉由中国外交部与日本驻华公使馆之间、延吉道尹与“间岛”总领事之间以《节略》、访问等形式进行。结果是，中日双方都因无法说服对方而僵持不下，但是由于中方坚决维护《图们江中韩界务条款》的规定，日本领事馆警察实际上仍无法擅自进入杂居区域进行活动。
