专栏名称: 生信宝典

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生信入门一对一，数据操作带你飞

生信宝典 · 公众号 · 生物 · 2024-10-29 21:00

正文

易生信目前有5门课程包括转录组、扩增子、宏基因组、临床基因组和单菌基因组，还有一个一对一专属培训，这些课程是生信宝典背书的。

前段时间有个朋友问了我一个问题，“如何从一个大的 FASTA 文件中提取给定的一系列基因的 ID”，她用 ChatGPT搜索了问题，拿到了代码，发给我看了下，ChatGPT写的确实好，刚开始学的人估计都写不了这么好，但她不会运行。Python 装好了，代码不会调用；当然如果调用，后面也还会遇到一些问题需要调试（调试又需要一些基本知识，见如果 ChatGPT 给出的的代码不太完善，如何请他一步步改好？）。这么看，对于大多数任务，很多代码你都可以在网上拿到的，也会有很多解释 (代码看不懂？ChatGPT 帮你解释，详细到爆！)，你再也不用担心开始时不会写代码了，但缺的是一些基本知识，如何运行、如何改一下适合自己的需求、运行会遇到什么错怎么调试。

如果你身边有会生信的热心人，那很好办，直接求助是最好的方式。如果没有这么凑巧呢？我们的一对一入门指导会是一个很好的方式。

为什么要做个性化定制一对一辅导

这个课程我们是在 2019 年就开始有的，当时的定位是为实验室培养入了门的生信人员。现在实验室都面临这样一个困境，招来的工作人员或博后，有的即便是在之前学习过程中发过很好的涉及生信分析的文章，但实际的生信分析水平、代码写作能力却很堪忧。

就像最开始提到的问题，“怎么会遇到这样的问题”或“这样的问题怎么也不知道怎么解决”？单纯靠讲和听，是不会解决的，得靠练-讲-练，不断循环强化，才可以。这时就需要一个人能及时的给你指导，引领你走过这段“回头看时最简单，开始时确最难”的路。

实验室的 PI 或 co-PI没有那么多时间从零基础登录服务器、如何运行代码、文件找不到的错误怎么解决讲起，所以就把这个培训的任务给了我们。我们也帮助很多朋友的实验室培养了一些人，他们从零基础学会了基本操作、基本概念、基本语法、解决报错的基本思路后，已经算是入了门，再去实验室里接受具体的项目训练；这样PI 再分配任务时，自己在处理任务时，就不会那么茫然，而是能直接上手去推进，可能还是会磕磕绊绊，但能自己解决问题、持续推进。

一对一教学特色

有一个老师全程给你服务，从最基本讲起，怎么装软件，怎么敲下第一个命令，到遇到的每一个报错的解答，你最好的私人助理（但是不替你做项目）。
每次课程安排课后练习，给你时间去吸收、运行、试错；
下次课程讲解答疑，强化解决问题的思路。
在课程内容学习完成后还需要去复现一篇文章。
一个好处是看能否举一反三，将学到的内容用到新的场景里，以及为什么这么用；
另一个好处是在新的背景下，还能再遇到之前没有遇到的问题，把能碰到的错，都碰到一次，解决一次。

一对一教学范围

生信代码基础课（Linux/R/Python）
转录组
扩增子
宏基因组
公共数据挖掘
多组学联合分析

一对一教学类型

生信一对一教学主要分为两个类型：

第一个类型是针对0基础，主要面向完全没有接触过任何生信，但是希望能快速学会生信，达到发文章的水平的生信需求者。这个类型建议大家根据自己的研究领域选择上述所说的某一课程或者多个课程，如：研究领域与微生物相关可以学习扩增子或者宏基因组；研究个体转录组或者为了学习生信组学思路可以学习转录组；如果完全没有接触过代码以及时间充足的话，可以在学习组学之前学习生信代码基础课。该教学类型下，每个课程都有一个14天以上的详细教学课表+每阶段完成的考试核收+1周的复现文章分析的练习（具体教学时间视每人的学习进度而定），可以在课程结束后能清楚该组学分析逻辑、并熟练掌握所学内容、代码，以及可以快速分析该组学的数据以及掌握常见问题方法的发生原因和解决方法，同时还会提供一年内一对一答疑课程相关问题。如果是参加过之前的课程，想要更深入的了解，而自己基础又比较弱的，也可以参与进来。

第二个类型是定制模式，由于0基础模式主要是单组学的成套分析，在定制模式下，会更适合已经有了多套数据，需要联合分析或者公共数据挖掘需求，另外有了具体的分析方向等的生信需求者，会在分析需求的基础上个性化定制14天以上的详细教学课表+每阶段完成的考试核收+1周的复现文章分析的练习）（具体教学时间视每人的学习进度而定）可以在课程结束后能清楚所学分析的分析逻辑、并熟练掌握所学内容、代码，以及可以快速分析该类型的数据以及掌握常见问题方法的发生原因和解决方法，同时还会提供一年内一对一实时答疑课程相关问题。

一对一课程授课方式

采用线上腾讯会议直播和录播视频相结合教学模式。录播内容根据自己时间进行学习，每周固定安排4个小时以上的直播教学和答疑（直播提供回放），具体上课时间取决于学员时间（实际时不一定是 1 对一，也会出现 1 对多的情况，大家协调一个共同方便的时间）。另外除了课程内容的掌握，教学的另一个重点是教学解决问题的方法。

以转录组为例，课程内容如下。