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这么新的MR发文思路,普通人能想到?复旦大学郑英杰团队:多种孟德尔随机化方法大荟萃,3图斩获8分+,2个月接受

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-09-30 19:00

正文

当当当,一日一次的好文分享时刻到啦,馆长和文章已就位,各位科研天命人速集合~

今天还是 孟德尔随机化 (MR)主题!毋庸置疑MR分析的核心是 选题,选题要从临床出发、目的是解决临床问题、要有临床研究意义 。打好选题基础后,还需要有思路设计去填充你的研究,这样才能让课题有血有肉。所以想要发高分,除了选题,也要多关注思路,因为后面 MR卷 也多是在卷思路和工作量, 未来MR分析的发展大趋势大概率是要走联合思路的,可以多种MR分析联合,也可以联合其他组学、联合机器学习、单细胞分析等热门方法、联合湿实验···

这回就看个多种MR分析联合的文章,由 复旦大学公卫学院郑英杰团队 发表: 选题上,确定为脂质代谢物和妊娠期糖尿病之间的因果关系,疾病选择和脂质代谢物这个研究目标的选择具有一定的创新性 ;基础打好了,下面就是思路设计, 该文章应用了双样本MR、反向MR验证和全现象MR (Phe-MR)分析,设计的比较全面,双样本MR+ Phe-MR的联合也很新颖,思路升级,创新性大大提升。 文章发了1区Top8.5分,投稿到接受不到2个月并且无返修直接接受,这个发文速度也印证文章的高质量! 还在观望MR分析的朋友不要再犹豫了,好的选题、高质量的发文思路稍纵即逝!有需要及时召唤你的得力帮手——馆长,专业团队帮你精准推荐思路,个性化分析也不在话下 ~

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题目:孟德尔随机化分析揭示血脂对妊娠期糖尿病的因果关系

杂志:Cardiovascular Diabetology(IF=8.5)

发表日期:2024年9月


研究背景

妊娠糖尿病 (GDM) 以妊娠期间发生的高血糖为特征,是最常见的妊娠并发症,GDM 会增加母亲和后代发生多种短期和长期不良并发症的风险。GDM 的发病与脂质代谢密切相关,观察性研究揭示了母体脂质代谢物与GDM之间的关联。然而,这些关联是否是因果关系仍不确定。

研究思路

该研究从欧洲个体的三个大规模 GWAS 数据汇总获得了脂质代谢物的 GWAS 汇总数据,从FinnGen 联盟中获得GDM 的 GWAS 汇总数据。将脂质代谢物作为暴露,GDM作为结果,应用逆方差加权(IVW)方法进行双样本MR分析以评估脂质代谢物与 GDM 风险之间的因果关系确定潜在的脂质干预靶点,然后进行敏感性分析、验证分析和反向 MR 分析以评估 MR 结果的稳健性。此外,应用了全表型组 MR (Phe-MR) 分析以评估潜在脂质生物标志物干预的意外不良反应,对其临床安全性进行全面评估。

图1:研究思路图

主要结果

1. 脂质代谢物对 GDM 风险的因果影响

根据工具变量选择标准,主要MR分析中最终保留295 种脂质代谢物和 239 个 SNP(图2)。这些脂质代谢物分为八组,其中26 种脂质代谢物属于一级组,因为它们具有 3 个或更多 IV,因此能够进行敏感性分析并提供可靠的因果关联估计。其余脂质代谢物分为第 2 级组,主要结果基于 1 级脂质代谢物,而 2 级脂质代谢物则作为提示性结果呈现。基于IVW 估计的主要MR分析结果显示,由遗传决定的甘油三酯与甘油磷酸酯的高比率(TG_by_PG)可能与 GDM 风险的增加有因果关系,被确定为 GDM 的潜在致病生物标志物。一级脂质代谢物棕榈酰鞘磷脂(PSM(d18:1/16:0)和二级脂质代谢物极小极 低密度脂蛋白 中的甘油三酯(XS_VLDL_TG)与 GDM 存在提示性因果关系(图 3)。

图2:工具变量的选择

图3:孟德尔随机化分析中脂质代谢物与 GDM 风险之间的关联

2. 验证分析和反向MR分析

UKB的GWAS汇总数据验证了TG_by_PG、XS_VLDL_TG 和 GDM 之间的关联(表S8)。在反向 MR 分析中,未发现 GDM 与 TG_by_PG 或 XS_VLDL_TG与GDM之间存在显著关联(表S9),表明没有潜在的反向因果关系。

表S8:验证分析

表S9:反向MR分析

3. Phe-MR分析

利用IVW方法对 1210 种非 GDM 疾病进行了扩展 Phe-MR 分析,以预测潜在脂质生物标志物干预的意外不良反应。结果发现,降低 TG_by_PG 对周围 视网膜变性 和肝内妊娠胆汁淤积症 (ICP) 的风险有不利影响,同时对其他 13 种疾病有益(图4)。由于标志物TG_by_PG由两种脂质(甘油三酯 (TG) 和磷酸甘油酯 (PG))调节,所以分别对 TG 和 PG 进行了 Phe-MR 分析。发现降低 TG 对鼻息肉的风险有不利影响,对其他 11 种疾病有有益影响。提高 PG 对脑囊肿、扁桃体周围脓肿和子宫内膜异位症 (ASRM 1,2 期) 的风险有不利影响,同时显示出对肾小球疾病的有益影响(图4)。

图4:Phe-MR分析

小结

好的选题+创新思路=高分!文章的选题像一个人的天赋,那思路设计就像后天努力,两者合力可以让文章质量更高、发的更快更好!作为最适合临床医生的科研方向,MR分析开头很火,后面也只会更火,所以各位科研天命人,快冲!好的选题和思路可不等人,晚一步就可能被别人抢发了哦~ 想上车MR分析但不知如何分析?找不到创新选题?有需要随时联系馆长!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路~

馆长有话说

馆长会持续为大家带来最新生信思路,也可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析和方案设计以及实验项目实施等服务,对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦!







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