GourdBase：一个基因组数据信息为中心的瓠瓜多组学数据库 [Scientific Reports]

今年2月份，浙江省农科院蔬菜所在Scientific Reports科学报告杂志上，发表公布他们构建的瓠瓜多组学数据库，该数据库网站平台是由VGsoft Team携手开发完成。

数据库主要以基因组数据为中心，整合了相关的表型、标记、QTL、遗传图谱、品种等数据信息。

对此，VG软件团队特推出针对性的物种数据库构建服务，希望能够帮助科研工作者加速盘活手头的数据，更好地展示、管理数据，产出更多科研成果

言归正传，GourdBase是瓠瓜多样的外观形态学信息和基因组数据的整合平台。GourdBase由六个主要模块构成，用于存储和内联多组学数据。包含：

• 基因组信息模块（整合了表达量信息）

• 表型信息模块

• 标记/QTL信息模块

• 遗传图谱信息模块

• 品种信息模块

• 文献信息模块

这些模块提供了访问各种类型的数据接口，包括：

• 注释的参考基因组序列

• 基因模型信息

• 不同组织中的转录组表达量信息

• 物理和比较基因组图谱

• 不同类型的分子标记

• 果实形状和鲜味的表型数据和与之相关的数量性状位点（QTL）

GourdBase主页，包含六大主要数据模块的链接，数据统计信息，和更新日志。

GourdBase内部数据模块之间的关系展示。

GourdBase基因组模块详情一览，包含

• 浏览

• 基于基因名的搜索

• 基于区间的搜索

• 序列提取

• 多序列提取

• 基因集blast比对

• 基因组blast比对

• 基因组浏览器
  

B和C是一个基于区间搜索功能的例子展示。

GourdBase基因组浏览器功能展示，采用JBrowser，整合了基因组序列和基因注释信息。

GourdBase表型信息一览，包含地理、类型、瓜形、图片等信息。

GourdBase SSR标记信息一览，包含前后引物序列、产物长度、位置等信息。

GourdBase是直观的、用户友好的、内联的数据平台，能够帮助研究人员和育种家更好地浏览、搜索和获取感兴趣的信息，加速研究。

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