学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程

蛋白互作网络的作用：找出差异基因之间的关联，类似于在无标度网络中找出核心基因

string网页工具：制作蛋白互作网络图

cytoscape软件：输入差异基因，找hub基因和子网络

cytohHubba插件：寻找hub基因

Mcode插件：寻找子网络

1.制作string的输入数据

以下代码衔接在芯片代码实操（7）差异分析一文的代码之后

# diffgene.txt
rm(list = ls())
load("step4output.Rdata")
gene_up = deg[deg$change == "up","symbol"]
gene_down = deg[deg$change == "down","symbol"]
gene_diff = c(gene_up,gene_down)

# 制作string的输入数据
write.table(gene_diff,
          file = "diffgene.txt",
          row.names = F,
          col.names = F,
          quote = F)

2.string网站的使用

将上文代码运行后得到的文件diffgene.txt上传至该网页

cytoscape属性表格如图7

# deg.txt
p = deg[deg$change != "stable",
        c("symbol","logFC")]
head(p)
write.table(p,
            file = "deg.txt",
            sep = "\t",
            quote = F,
            row.names = F)

导入网络文件如图8、9

导入属性表格如图10

导入节点信息文件如图11

形状设置如图12

cytoscape装插件如图13

按照logFC设置填充颜色（可选）如图14

cytohubba找hub基因如图15

MCODE找子网络如图16