iNature

【1】中国科学技术大学薛天，初宝进及马萨诸塞大学医学院Han Gang共同通讯在 Cell 在线发表题为“ Mammalian Near-Infrared Image Vision through Injectable and Self-Powered Retinal Nanoantennae ”的研究论文，该研 究开发了可注射眼球注射光感受器的上转换纳米粒子（pbUCNPs）。 这些纳米颗粒锚定在视网膜光感受器上作为微型NIR光传感器，以产生具有可忽略的副作用的NIR光图像视觉。 这种新方法将为各种新兴的生物集成纳米器件设计和应用提供无与伦比的机会。这一概念验证研究应指导未来的研究，以扩展人类和非人类视觉，而无需任何外部设备或遗传操作。赋予具有近红外视觉能力的哺乳动物也可以为重要的民用和军用应用铺平道路；

【2】 哈佛医学院吴皓，James J. Chou及浙江大学陈枢青共同通讯在 Cell 发表题为“ Higher-Order Clustering of the Transmembrane Anchor of DR5 Drives Signaling ”的研究论文，该论文 报告了一个意外的发现，对于死亡受体5（DR5），肿瘤坏死因子受体超家族中的受体，受体中单独的跨膜螺旋（TMH）直接组装高阶结构以驱动信号传导，并且这种结构未被束缚的胞外域抑制。 该研究提供了新的机会和独特的观点来调节这些受体的信号转导，这些数据可用于疾病治疗，包括癌症免疫疗法；

【3】 中国科学院灵长类神经生物学重点实验室杨辉研究组,上海生科院李亦学及斯坦福大学 Lars M. Steinmetz 等人在 Science 发表题为“ Cytosine base editor generates substantial off-target single-nucleotide variants in mouse embryos ” 的研究论文，该研究建立了一种被命名为GOTI（Genome-wide Off-target analysis by Two-cell embryo Injection）的新型脱靶检测技术，并使用该技术发现: 近年来兴起的单碱基编辑技术有可能导致大量无法预测的脱靶，因而存在严重的安全风险。此研究显著提高了基因编辑技术脱靶检测的敏感性，并且可以在不借助于任何脱靶位点预测技术的情况下发现之前的脱靶检测手段无法发现的完全随机的脱靶位点， 为基因编辑工具的安全性评估带来了突破性的新工具，有望成为新的行业检测标准；

【4】 中科院遗传所高彩霞团队在 Science 发表题为“ Cytosine, but not adenine, base editors induce genome-wide off-target mutations in rice ”的研究论文，该论文对水稻（一种重要的作物物种）中BE3，HF1-BE3和ABE的全基因组脱靶突变进行了全面调查。该研究发现BE3和HF1-BE3而非ABE诱导大量全基因组脱靶突变， 主要是C→T型单核苷酸变体（SNV），并且在富含基因区域。 值得注意的是，在没有sgRNA的情况下用BE3或HF1-BE3处理水稻也导致全基因组SNV的增加。 因此，需要优化BE3或HF1-BE3的碱基编辑单元以获得高保真度。

【5】 北京生命组学研究所贺福初，复旦大学附属中山医院樊嘉，国家蛋白质科学中心钱小红 共同通讯在 Nature 在线发表题为“ Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma ”的研究论文，该研究 使用蛋白质组学和磷酸蛋白质组学分析，发现110个与乙型肝炎病毒感染相关的临床早期肝细胞癌的成对肿瘤和非肿瘤组织。定量蛋白质组学数据突出了早期肝细胞癌的异质性：研究人员使用它来将该队列分层为亚型S-I，S-II和S-III，每种亚型具有不同的临床结果 。 本研究中提出的早期肝细胞癌的蛋白质组学分层，提供了对该癌症的肿瘤生物学的深入了解，并提出了针对它的个性化治疗的机会 ；

【6】 第三军医大学（陆军医科大学）卞修武，刘新东及清华大学董晨 等人共同通讯 在 Nature 在线 发表题为“ Genome-wide analysis identifies NR4A1 as a key mediator of T cell dysfunction ”的研究论文，该论文使用小鼠体外T细胞耐受诱导系统，研究人员发现耐受性T细胞中的全基因组表观遗传和基因表达特征，并表明它们不同于效应和调节性T细胞。值得注意的是，转录因子NR4A1在耐受性T细胞中以高水平稳定表达。 NR4A1的过表达抑制效应T细胞分化，而NR4A1的缺失克服了T细胞耐受性并夸大了效应功能，以及增强对肿瘤和慢性病毒的免疫力。 该研究将NR4A1鉴定为诱导T细胞功能障碍的关键一般调节因子，并且是肿瘤免疫疗法的潜在靶标 ；

【7】 康涅狄格大学&温州医科大学&华中农业大学阮一骏 团队 在 Nature 在线 发表 “ Multiplex chromatin interactions with single-moleculeprecision ” ，描述了一种多重染色质相互作用分析的策略，称之为 ChIA-Drop； 证明了 ChIA-Drop 在捕捉复杂的染色质相互作用的单分子精确性，这是不可能基于群体水平两两接触的方法测定。 在 果蝇中 发现，染色质的拓扑结构主要由具有高度异质性的多重染色质相互作用组成； ChIA-Drop 还揭示了以启动子为中心的多价相互作用，从而提供了对转录的拓扑观察；

【8】 中国科学院物理研究所方辰，翁红明 共同通讯发 在 Nature 在线 表题为“ Catalogue of topological electronic materials ”的研究论文，该论文介绍了一种有效，高效和全自动的算法，可以诊断大部分非磁性材料中的非平凡带拓扑。该研究的算法是基于最近开发的占用带的对称表示和拓扑不变量之间的穷举映射。 研究人员在水晶数据库中扫描了总共39,519种材料，发现其中多达8056种材料在拓扑上非常重要。 所有结果均可在具有交互式用户界面的数据库中搜索；

【9】 南京大学万贤纲 在 Nature 在线 发表题为” Comprehensive search for topological materials using symmetry indicators “的研究论文，该论文 将对称指示器的方法应用于所有230个可能空间群中的所有合适的非磁性化合物。数据库搜索显示了数以千计的候选拓扑材料，其中研究人员突出了241个拓扑绝缘体和142个拓扑结晶绝缘体，这些绝缘体具有明显的全带隙或相当大的直接间隙以及小的琐碎费米口袋。此外，研究人员列出了692个具有位于费米水平附近的带交叉点的拓扑半金属。 这些候选材料开辟了在下一代电子设备中使用拓扑材料的可能性 ；

【10】 普林斯顿大学/中科院物理研究所王志俊及普林斯顿大学 B. Andrei Bernevig 共同通讯 在 Nature 在线 发表题为” A complete catalogue of high-quality topological materials “的研究论文，该研究 开发代码来计算26,938个化学计量材料的所有对称性的所有特征，并找到3,307个拓扑绝缘体，4,078个拓扑半金属且没有脆弱相。 对于这7,385种材料，研究人员提供电子能带结构，包括一些电子特性（带隙和电子数），对称性指标和其他拓扑信息。 研究结果表明， 自然界中超过27％的材料是拓扑学的 。 该研究提供了一个开源代码，用于检查任何材料的拓扑结构，并允许其他研究人员重现该研究的结果 ；

【11】 华盛顿大学Xu Xiaodong/香港大学Wang Yao共同通讯 在 Nature 在线 发表题为“ Signatures of moiré-trapped valley excitons in MoSe2/WSe2 heterobilayers ”的研究论文，该研究 报告了 在二硒化钼（MoSe2）/二硒化钨（WSe2）异质层中捕获莫尔势的层间谷激子的实验证据。 这些结果表明观察到的效应的起源是层间激子被捕获在光滑的莫尔势中，具有继承的谷对比物理学。 这项工作提供了通过改变扭转角来控制二维莫尔光学的机会。

总之，ChIA-Drop是一种在单分子水平上捕捉多重染色质相互作用的简单、可靠和有效的方法，与以往的双种群水平方法(如Hi-C和ChIA-Drop)不同，该方法只需5×103细胞或6×104用于ChIP实验。并且，研究人员描述了转录多重相互作用。与以前的群体水平分析相反，这种分析暗示了广泛的启动子-启动子相互作用。RNAPII ChIA-Drop数据显示，80%的转录活性染色质复合物只涉及一个启动子与非启动子远端元素的相互作用，其余20%的染色质复合物涉及多个启动子。因此，研究人员提出了一个以启动子为中心的模型，用于RNAPⅡ介导的转录。