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上海交通大学医学院附属第一人民医院周鲁明、黄鑫、何金男、白琳课题组招聘启事

BioArt · 公众号 · 生物 · 2024-12-26 08:33

正文

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BioArt人才

上海交通大学医学院附属第一人民医院

上海交通大学医学院附属第一人民医院周鲁明课题组

一、助理研究员（2名）招聘要求：

1.1 岗位职责：

在课题组长领导下独立开展科学研究，承担实验室的日常管理以及学生的带教工作，独立申请包括国自然青年课题在内的各级各类科研基金并撰写发表学术论文。

1.2 岗位要求：

（1）获得神经生物学、免疫学、分子生物学、细胞生物学、生物信息学、生物医学工程、医学等相关专业博士学位，具有神经损伤修复研究经验者优先；

（2）在国内外获得博士学位不超过三年，品学兼优，身体健康，原则上年龄在35周岁以下的非在职人员，应届生、博士后出站优先；

（3）以第一作者（排名第一）发表中科院分区2区及以上SCI论著不少于一篇。

（4）具有较强的英文听说读写能力，熟练阅读英文文献；

（5）热爱生物医学研究，工作认真严谨，有责任心，具备独立承担课题的能力，良好的沟通、协调能力，独立工作能力以及团队协作精神；

（6）遵守国家有关法律法规及上海市第一人民医院的各项规章制度。

1.3 岗位待遇：

（1）提供有竞争力的薪酬待遇，一事一议；

（2）科研奖励按照《上海市第一人民医院科技奖励管理条例》规定实施；

（3）第一聘期内科研成绩突出者可晋升为青年PI。

二、博士后（2名）招聘要求：

2.1 岗位要求：

（1）获得博士学位不超过3年，品学兼优，身体健康，年龄一般不超过35周岁，具有神经损伤修复研究经验者优先；

（2）近3年以第一作者发表≥1篇本专业领域中科院SCI分区2区及以上的论著，或获得国家自然科学基金项目1项。

2.2 岗位待遇：

（1）享受五险一金；

（2）表现优秀可优先留院工作；

（3）出站留院后可申报交大医学院副研究员职称；

（4）提供有竞争力的薪酬待遇，出站评估优秀给予额外优厚奖励。

2.3 在站期间可申请项目：

在站期间可申请各级各类博士后项目。

三、技术员（1名）招聘要求：

3.1 岗位要求：

（1）生物学/医学相关专业大专/本科以上学历，具有基本的细胞实验、小鼠实验、动物繁育及组织切片等相关工作经验者优先；

（2）负责实验室日常运作、试剂耗材采购、试剂配制、财务报销等工作。

3.2 岗位待遇：

（1）薪资待遇：按照上海交通大学附属第一人民医院常规招聘，享受五险一金等相关福利及有竞争力的薪酬待遇；

（2）表现优秀且有意向者可优先推荐免试读研读博；

（3）提供优质医疗资源和执业健康管理。

四、导师介绍：

周鲁明

上海交通大学医学院附属第一人民医院，临床研究院，疑难疾病精准研究中心，课题组组长，研究员

国家自然科学基金优秀青年科学基金项目（海外）获得者

上海市领军人才项目（海外）获得者

英国Guarantors of Brain博士后青年基金获得者

英国伦敦帝国理工学院，助理研究员

德国图宾根大学Hertie研究所，博士

4.1 研究方向：

（1）解析感觉神经元内源性及外源性神经再生调控机制，探索中枢神经系统损伤下感觉神经中枢再生及感觉运动环路重塑的新方法；

（2）研究衰老抑制神经再生的细胞分子机制，寻找逆转衰老神经元再生能力及神经可塑性退化的干预新靶点。

4.2 原创性成果：

（1）揭示了周围及中枢神经损伤下衰老抑制神经损伤后修复的细胞互作机制（Science，2022；Neuron， 2025， In press）；

（2）发现了神经损伤信号传导和再生程序激活的重要代谢调控因子（Nature Metabolism，2020）；

（3）系统描绘神经再生程序基因图谱，发现调控再生程序的重要组蛋白表观遗传修饰因子（EMBO Journal，2019）；

（4）阐述严重慢性脊髓损伤模型下介导轴突出芽及突出可塑性的表观遗传调控机制（PLOS Biology，2022）。

4.3 科研支持：

（1）硬件配备：上海交通大学附属第一人民医院临床研究院疑难疾病精准研究中心拥有7000平米的实验大楼，并拥有包括流式平台、测序平台、显微成像平台、代谢与蛋白组学平台、分子病理平台和药效评估平台在内的六大平台，并且配备有丰富相关科研经验的团队。中心配备的50万以上的大型设备31台，各类设备总值7000余万元。其中，流式平台能满足流式分析与分选，目前已配置流式分析仪（BD Fortessa）、流式分析仪（BD C6）、流式分选仪（BD Aria III），以及贝克曼流式分选仪（Moflo XDP）；测序平台能满足全流程的测序服务，已配置细胞分析仪（Bioptic Qsep1）、生物信息工作站（浪潮）、测序仪（Illumina Miseq）、核酸提取仪（Qiagen QIAcube）及建库仪（10X Genomics）；显微成像平台能满足多光子、共聚焦等高精尖成像检测，已配置激光共聚焦（Leica SP8）、倒置荧光（Leica DMi8）、正置荧光（Leica DM5500B）、体式显微镜（Leica M125）、双光子显微成像（Leica STELLARIS）及单细胞钙成像（Leica Thunder）；代谢与蛋白质组平台能满足各类基因和蛋白表达及细胞代谢状况的检测，已配置四级杆高分辨液质联用系统（Thermo Q Exactive）、实时无标记细胞功能分析仪（ACEA XCELLigence RTCA）、高效细胞分析系统（Biocep）、细胞能量代谢分析仪（Seahorse XFe96）及单分子基因表达谱分析仪（Nano stringnCounterSystem）；分子病理平台能满足一系列组织细胞形态学研究，已配置染色机（Leica Autostainer XL）、冷台（HistoCore Acradia C）、冷冻切片机（Leica CM3050 S）、切片机（HistoCore BIOCUT）及台式组织脱水机（Leica TP1020）。中心还配有临床生物样本库，可以进行各类临床样本的制备和保存，为基础与临床研究提供样本基础；

（2）技术平台：周鲁明研究员自2013年长期致力于DRG神经元模型为基础的神经损伤后再生与修复的研究，对该模型在再生研究中的应用价值以及相关的有临床意义的研究空白有着较深的理解；具有细胞分子生物学与医学神经生物学的双重研究背景，在科研工作中可以熟练运用分子生物学、细胞生物学、免疫学、生物信息学、组织解剖学以及行为学等研究方法，可以率领团队短期内建立完善的神经损伤修复国际一流水平研究技术平台，为全面系统地探索轴突损伤后再生和功能修复机制，进一步利用干预手段治疗神经损伤的临床研究提供重要的技术支持。

4.4 近5年代表性文章：

（1）Zhou, L., Kong, G., Palmisano, I., Cencioni, M.T., Danzi, M., De Virgiliis, F., Chadwick, J.S., Crawford, G., Yu, Z., and De Winter, F. (2022). Reversible CD8 T cell–neuron cross-talk causes aging-dependent neuronal regenerative decline. Science 376, eabd5926.

（2）De Virgiliis, F., Mueller, F., Palmisano, I., Chadwick, J.S., Luengo-Gutierrez, L., Giarrizzo, A., Yan, Y., Danzi, M.C., Picon-Muñoz, C., Zhou, L., Kong, G., Serger, E., Hutson, TH., Maldonado-Lasuncion, I., Song, Y., Scheiermann, C., Brancaccio, M., Di Giovanni, S. (2023). The circadian clock time tunes axonal regeneration. Cell Metabolism 35, 2153-2164. e2154.

（3）Müller, F. *, De Virgiliis, F. *, Kong, G. *, Zhou, L. *, Serger, E., Chadwick, J., Sanchez-Vassopoulos, A., Singh, A.K., Eswaramoorthy, M., and Kundu, T.K. (2022). CBP/p300 activation promotes axon growth, sprouting, and synaptic plasticity in chronic experimental spinal cord injury with severe disability. PLoS biology 20, e3001310. (*co-first author)

（4）Serger, E., Luengo-Gutierrez, L., Chadwick, J.S., Kong, G., Zhou, L., Crawford, G., Danzi, M.C., Myridakis, A., Brandis, A., and Bello, A.T. (2022). The gut metabolite indole-3 propionate promotes nerve regeneration and repair. Nature 607, 585-592.

（5）Kong, G.*, Zhou, L.*, Serger, E., Palmisano, I., De Virgiliis, F., Hutson, T.H., Mclachlan, E., Freiwald, A., La Montanara, P., and Shkura, K., Puttagunta R., Di Giovanni S. (2020). AMPK controls the axonal regenerative ability of dorsal root ganglia sensory neurons after spinal cord injury. Nature Metabolism 2, 918-933. (*co-first author)

（6）De Virgiliis, F., Hutson, T.H., Palmisano, I., Amachree, S., Miao, J., Zhou, L., Todorova, R., Thompson, R., Danzi, M.C., and Lemmon, V.P. (2020). Enriched conditioning expands the regenerative ability of sensory neurons after spinal cord injury via neuronal intrinsic redox signaling. Nature communications 11, 1-16.

（7）Hervera, A.*, Zhou, L.*, Palmisano, I., McLachlan, E., Kong, G., Hutson, T.H., Danzi, M.C., Lemmon, V.P., Bixby, J.L., Matamoros‐Angles, A., Forsberg K., De Virgiliis F., Matheos D.P., Kwapis J., Wood M.A., Puttagunta R., Del Rio Ja., Di Giovanni S. (2019). PP4‐dependent HDAC3 dephosphorylation discriminates between axonal regeneration and regenerative failure. The EMBO journal 38. (*co-first author)

（8）De Virgiliis, F., Hutson, T.H., Palmisano, I., Amachree, S., Miao, J., Zhou, L., Todorova, R., Thompson, R., Danzi, M.C., and Lemmon, V.P., Bixby J.L., Wittig I., Shah A.M., Di Giovanni S. (2020). Enriched conditioning expands the regenerative ability of sensory neurons after spinal cord injury via neuronal intrinsic redox signaling. Nature Communications 11, 1-16.

（9）Palmisano, I., Danzi, M.C., Hutson, T.H., Zhou, L., McLachlan, E., Serger, E., Shkura, K., Srivastava, P.K., Hervera, A., and O’Neill, N., Liu T., Dhrif H., Wang Z., Kubat M., Wuchty S., Merkenschlager M., Levi L., Elliott E., Bixby J.L., Lemmon V.P., Di Giovanni S. (2019). Epigenomic signatures underpin the axonal regenerative ability of dorsal root ganglia sensory neurons. Nature neuroscience 22, 1913-1924.

（10）Hutson, T.H., Kathe, C., Palmisano, I., Bartholdi, K., Hervera, A., De Virgiliis, F., McLachlan, E., Zhou, L., Kong, G., and Barraud, Q., Danzi M.C., Medrano-Fernandez A., Lopez-Atalaya J.P., Boutillier A.L., Sinha S.H., Singh A.K., Chaturbedy P., Moon L.D.F., Kundu T.K., Bixby J.L., Lemmon V.P., Barco A., Courtine G., Di Giovanni S. (2019). Cbp-dependent histone acetylation mediates axon regeneration induced by environmental enrichment in rodent spinal cord injury models. Science translational medicine 11, eaaw2064.

上海市第一人民医院临床研究院黄鑫课题组

诚聘助理研究员、博士后及技术员（长期有效、随时面试）

一、助理研究员招聘：

岗位要求：

（1）获得分子生物学、细胞生物学、生物信息学、生物医学工程、发育生物学、医学如血液病、肿瘤学等相关专业博士学位，熟练掌握相关实验技能；

（2）以第一作者（排名第一）发表IF 5-10以上的SCI论著不少于1篇。

（3）具备在课题组长指导下独立开展科学研究和基金申请的能力，能积极协助PI开展课题研究并指导带教研究生实验。

岗位待遇：

（1）临床研究院所在地是宜居的松江区，同时提供有竞争力的薪酬待遇，并享受科研奖励、五险一金、餐补等福利待遇。支持申请国家自然科学基金以及各类地方级科研基金项目。

（2）实验室‘干湿’结合的背景，支持湿实验人员组内学习生信技能，支持生信人员学习生物学功能。

申请方式

有意者请提供个人简历（包括个人教育和工作经历、科研经历及取得的学术成果）等相关信息，将应聘材料发送至邮箱，对符合要求者将尽快安排面试。

二、联合招聘博后：

岗位要求：

（1）获得分子生物学、细胞生物学、生物信息学、生物医学工程、发育生物学、医学如血液病、肿瘤学等相关专业博士学位，熟练掌握相关实验技能；

（2）以第一作者发表中科院分区1区SCI论著不少于一篇。

岗位待遇：

（1）临床研究院所在地是宜居的松江区，同时提供有竞争力的薪酬待遇，并享受科研奖励、五险一金、餐补等福利待遇。支持申请国家自然科学基金以及各类地方级科研基金项目；

（2）表现优秀可优先留院或合作单位工作，可申报副研究员职称；合作课题组为朱哲鑫课题组，系统地研究染色质重塑子在干细胞和肿瘤中的作用。研究成果以第一作者和通讯作者身份发表在Cell Stem Cell（F1000）和Nature（Nature Reviews Molecular Cell Biology以research highlight的形式进行了高度评价）等期刊。课题组获得了国家级人才项目、国家科技重大专项等项目支持。

三、课题组简介

黄鑫 http://icr.shgh.cn/rctd_show.aspx?id=32

上海交通大学医学院、上海市第一人民医院临床研究院PI

入选教育部青年人才项目（海外）、上海市领军人才（海外）

美国St. Jude Children’s Research Hospital，Garwood Fellowship博士后

中国科学院上海生命科学研究院，博士

研究方向：发育和发育异常疾病如白血病、儿童实体瘤等

黄鑫博士的研究围绕发育和发育异常导致的疾病如白血病、儿童实体瘤等，进行机制研究和新靶向策略的开发。通过基于发育和多组学的系统生物学方法，利用生物物理，细胞与分子生物学等‘干湿’结合的手段，发现并从机制上验证多种肿瘤的新靶点和克服药物抗性的联合用药策略，推动了多个国内外临床转化试验。黄鑫博士以第一或通讯作者在Cancer Cell、JBC和STAR Protocols，以共同一作在Developmental Cell、Nature Communications等期刊上发表论文，被ScienceDaily, BioArt等国内外多家主流新闻媒体报道。

目前课题组研究聚焦在：1）通过干湿’结合的手段，利用肿瘤临床队列发现靶向发育阶段、克隆异质性、肿瘤微环境等的药物靶点，进行功能及机制研究，为诊断和治疗的临床转化提供新的策略。2）在多能性干细胞的细胞命运决定、转化研究等前沿领域开展研究。

代表性成果：

1.Huang, X. *, Li Y*, Zhang J*, Yan L, Zhao H, Ding L, Bhatara S, Yang X, Yoshimura S, Yang W, Karol SE, Inaba H, Mullighan C, Litzow M, Zhu X, Zhang Y, Stock W, Jain N, Jabbour E, Kornblau SM, Konopleva M, Pui CH, Paietta E, Evans W, Yu J, Yang JJ. Single-cell systems pharmacology identifies development-driven drug response and combination therapy in B cell acute lymphoblastic leukemia. Cancer Cell 42(4):552-567.e6 (2024).

https://doi.org/10.1016/j.ccell.2024.03.003

2.Huang, X. *#, Hou X*, Li Y, Yang JJ, Yu J#. Protocol for predicting single-cell network-based gene activity landscape during human B cell development. STAR Protocols (accepted).

3.Patel, A. G. *, Chen, X. *, Huang, X. *, Clay, M. R., Komorova, N., Krasin, M. J., Pappo, A., Tillman, H., Orr, B. A., McEvoy, J., Gordon, B., Blankenship, K., Reilly, C., Zhou, X., Norrie, J. L., Karlstrom, A., Yu, J., Wodarz, D., Stewart, E. & Dyer, M. A. The myogenesis program drives clonal selection and drug resistance in rhabdomyosarcoma. Dev Cell 57, 1226-1240 e1228 (2022). https://doi.org:10.1016/j.devcel.2022.04.003

4.Yang, S. W. *, Huang, X. *, Lin, W., Min, J., Miller, D. J., Mayasundari, A., Rodrigues, P., Griffith, E. C., Gee, C. T., Li, L., Li, W., Lee, R. E., Rankovic, Z., Chen, T. & Potts, P. R. Structural basis for substrate recognition and chemical inhibition of oncogenic MAGE ubiquitin ligases. Nat Commun 11, 4931 (2020). https://doi.org:10.1038/s41467-020-18708-x

5.Huang, X., Zheng, Y., Zhang, F., Wei, Z., Wang, Y., Carrell, R. W., Read, R. J., Chen, G. Q. & Zhou, A. Molecular Mechanism of Z alpha1-Antitrypsin Deficiency. J Biol Chem 291, 15674-15686 (2016). https://doi.org:10.1074/jbc.M116.727826

6.Anand G. Patel et al. A spatial cell atlas of neuroblastoma reveals developmental, epigenetic and spatial axis of tumor heterogeneity bioRxiv, (2024) https://doi.org/10.1101/2024.01.07.574538

7.Li, Z., Chang, T. C., Junco, J. J., Devidas, M., Li, Y., Yang, W., Huang, X., Hedges, D. J., Cheng, Z., Shago, M., Carroll, A. J., Heerema, N. A., Gastier-Foster, J. M., Wood, B. L., Borowitz, M. J., Sanclemente, L., Raetz, E. A., Hunger, S. P., Feingold, E., Rosser, T. C., Sherman, S. L., Loh, M. L., Mullighan, C. G., Yu, J., Wu, G., Lupo, P. J., Rabin, K. R. & Yang, J. J. Genomic landscape of Down syndrome-associated acute lymphoblastic leukemia. Blood (2023). https://doi.org:10.1182/blood.2023019765

8.Ding, L., Shi, H., Qian, C., Burdyshaw, C., Veloso, J. P., Khatamian, A., Pan, Q., Dhungana, Y., Xie, Z., Risch, I., Yang, X., Huang, X., Yan, L., Rusch, M., Brewer, M., Yan, K. K., Chi, H. & Yu, J. scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data. bioRxiv, 2023.2001. 2026.523391 (2023). https://doi.org:10.1101/2023.01.26.523391

9.Zhao, X., Wang, P., Diedrich, J. D., Smart, B., Reyes, N., Yoshimura, S., Zhang, J., Yang, W., Barnett, K., Xu, B., Li, Z., Huang, X., Yu, J., Crews, K., Yeoh, A. E. J., Konopleva, M., Wei, C. L., Pui, C. H., Savic, D. & Yang, J. J. Epigenetic activation of the FLT3 gene by ZNF384 fusion confers a therapeutic susceptibility in acute lymphoblastic leukemia. Nat Commun 13, 5401 (2022). https://doi.org:10.1038/s41467-022-33143-w

10.Li, J., Dai, C., Xie, W., Zhang, H., Huang, X., Chronis, C., Ye, Y. & Zhang, W. A One-step strategy to target essential factors with auxin-inducible degron system in mouse embryonic stem cells. Front Cell Dev Biol 10, 964119 (2022). https://doi.org:10.3389/fcell.2022.964119

11.Gocho, Y., Liu, J., Hu, J., Yang, W., Dharia, N. V., Zhang, J., Shi, H., Du, G., John, A., Lin, T. N., Hunt, J., Huang, X., Ju, B., Rowland, L., Shi, L., Maxwell, D., Smart, B., Crews, K. R., Yang, W., Hagiwara, K., Zhang, Y., Roberts, K., Wang, H., Jabbour, E., Stock, W., Eisfelder, B., Paietta, E., Newman, S., Roti, G., Litzow, M., Easton, J., Zhang, J., Peng, J., Chi, H., Pounds, S., Relling, M. V., Inaba, H., Zhu, X., Kornblau, S., Pui, C. H., Konopleva, M., Teachey, D., Mullighan, C. G., Stegmaier, K., Evans, W. E., Yu, J. & Yang, J. J. Network-based systems pharmacology reveals heterogeneity in LCK and BCL2 signaling and therapeutic sensitivity of T-cell acute lymphoblastic leukemia. Nat Cancer 2, 284-299 (2021). https://doi.org:10.1038/s43018-020-00167-4

12.Zhu, Z., Li, C., Zeng, Y., Ding, J., Qu, Z., Gu, J., Ge, L., Tang, F., Huang, X., Zhou, C., Wang, P., Zheng, D. & Jin, Y. PHB Associates with the HIRA Complex to Control an Epigenetic-Metabolic Circuit in Human ESCs. Cell Stem Cell 20, 274-289 e277 (2017). https://doi.org:10.1016/j.stem.2016.11.002

13.Wei, H., Cai, H., Wu, J., Wei, Z., Zhang, F., Huang, X., Ma, L., Feng, L., Zhang, R. & Wang, Y. Heparin binds lamprey angiotensinogen and promotes thrombin inhibition through a template mechanism. J Biol Chem 291, 24900-24911 (2016).

14.Liu, C. X., Yin, Q. Q., Zhou, H. C., Wu, Y. L., Pu, J. X., Xia, L., Liu, W., Huang, X., Jiang, T., Wu, M. X., He, L. C., Zhao, Y. X., Wang, X. L., Xiao, W. L., Chen, H. Z., Zhao, Q., Zhou, A. W., Wang, L. S., Sun, H. D. & Chen, G. Q. Adenanthin targets peroxiredoxin I and II to induce differentiation of leukemic cells. Nat Chem Biol 8, 486-493 (2012). https://doi.org:10.1038/nchembio.935

15.Shi, Y., Hu, G., Su, J., Li, W., Chen, Q., Shou, P., Xu, C., Chen, X., Huang, Y., Zhu, Z., Huang, X., Han, X., Xie, N. & Ren, G. Mesenchymal stem cells: a new strategy for immunosuppression and tissue repair. Cell Res 20, 510-518 (2010). https://doi.org:10.1038/cr.2010.44

上海市第一人民医院临床研究院何金男课题组

诚聘助理研究员、博士后及技术员（长期有效、随时面试）

一、助理研究员（1名）招聘要求：

1.1 岗位职责：

1.2 岗位要求：

（1）获得分子生物学、细胞生物学、生物信息学、生物医学工程、医学等相关专业博士学位，具有相分离研究经验者优先；

（2）在国内外获得博士学位不超过三年，品学兼优，身体健康，原则上年龄在35周岁以下的非在职人员，应届生、博士后出站优先；

（3）以第一作者（排名第一）发表中科院分区1区及以上SCI论著不少于一篇。

（4）具有较强的英文听说读写能力，熟练阅读英文文献；

（5）热爱生物医学研究，工作认真严谨，有责任心，具备独立承担课题的能力，良好的沟通、协调能力，独立工作能力以及团队协作精神；

（6）遵守国家有关法律法规及上海市第一人民医院的各项规章制度。

1.3 岗位待遇：

（1）提供有竞争力的薪酬待遇，一事一议；

（2）科研奖励按照《上海市第一人民医院科技奖励管理条例》规定实施；

（3）第一聘期内科研成绩突出者可晋升为青年PI。

二、博士后（2名）招聘要求：

2.1 岗位要求：

（1）获得博士学位不超过3年，品学兼优，身体健康，年龄一般不超过35周岁，具有分子生物学，相分离研究经验者优先；

（2）近3年以第一作者发表≥1篇本专业领域中科院SCI分区2区及以上的论著。

2.2 岗位待遇：

（1）享受五险一金；

（2）表现优秀可优先留院工作；

（3）出站留院后可申报交大医学院副研究员职称；

（4）提供有竞争力的薪酬待遇，出站评估优秀给予额外优厚奖励。

2.3 在站期间可申请项目：

在站期间可申请各级各类博士后项目。

三、技术员（1名）招聘要求：

3.1 岗位要求：

（1）生物学/医学相关专业本科以上学历，具有基本的分子生物学实验，细胞实验、小鼠实验、动物繁育等相关工作经验者优先；

（2）负责实验室日常运作、试剂耗材采购、试剂配制、财务报销等工作。

3.2 岗位待遇：

（1）薪资待遇：按照上海交通大学附属第一人民医院常规招聘，享受五险一金等相关福利及有竞争力的薪酬待遇；

（2）表现优秀且有意向者可优先推荐免试读研读博；

四、导师介绍：

简介:

何金男 PhD

上海交通大学医学院，博士生导师

上海交通大学医学院附属第一人民医院课题组长

清华大学博士

研究方向：

相分离在转录调控、表观遗传等领域的生物学意义，相分离与疾病

原创性科研成果：

3.1 通过新开发的，可以在全基因组范围内精确定位和识别转录凝聚体的测序技术ACC-seq，在小鼠胚胎干细胞系（mESC）中鉴定出一类具有相分离能力的，具有双向转录调控作用的新型转录因子，名为dual-action TFs。并详细阐述dual-action TFs 是如何实现双向转录调控和维持基因表达稳定的机制（Cell，2024）。

近5年代表性文章：
Jinnan He#, Xiangru Huo#, Gaofeng Pei#, Zeran Jia#, Yiming Yan, Jiawei Yu, Haozhi Qu, Yunxin Xie, Junsong Yuan, Yuan Zheng, Yanyan Hu, Minglei Shi, Kaiqiang You, Tingting Li, Tianhua Ma, Michael Q. Zhang, Sheng Ding, Pilong Li*, Yinqing Li *. (2024). Dual-role transcription factors stabilize intermediate expression levels. Cell. 187, 1–21.

承担的课题：

团队2024年8月组建。

序号

项目名称

立项编号

经费

(万)

项目时间

项目来源

担任

角色

具有相分离能力的转录因子与表观遗传因子在细胞应激以及表观调控中的作用

N/A

300

2025.1-2027.12

第一人民医院启动经费

主持

具有相分离能力的转录因子在癌症发生中的作用

24YF2734600

2024.12-2027.11

上海市启明星项目（杨帆培育）

主持

授权专利：

专利名称

授权号

发明人排序

授权国别或组织

双重转录因子和转录调控系统及转录调控方法

202310147061X

中国

上海市第一人民医院临床研究院白琳课题组

诚聘科研助理（长期有效、随时面试）

科研助理（1名）招聘要求：

岗位要求：

（1）近三年内取得肿瘤生物学、基础医学、生物学、生物信息学等相关专业的硕士及以上学位，具备一定的生信和对组学知识的了解；扎实的实验操作技能；

（2）具备良好的学术道德和科研诚信，能够辅助课题组完成生物学实验；精通生物信息分析者优先，有动物操作经验及分子构建经验者优先；

（3）勤奋上进，细心踏实，责任心强，工作认真，能清晰整理实验室各项记录，负责实验室日常运作、试剂耗材采购、试剂配制、财务报销等工作，具较好的英文阅读写作水平和团队协作精神；

岗位待遇：

（1）薪资待遇：按照上海交通大学附属第一人民医院常规招聘，享受五险一金等相关福利及有竞争力的薪酬待遇；

（2）表现优秀者优先推荐报考本单位博士研究生；

（3）提供优质医疗资源和执业健康管理。

申请方式：

有意者请提供个人简历（包括个人教育和工作经历、科研经历及取得的学术成果）等相关信息，将应聘材料发送至邮箱，收到申请材料后3周内（以邮件发送日为准），研究组将与合适的申请人沟通并通知面试；未通过者，不再另行告知。

课题组简介：

白琳，博士（师从丁琛教授），上海交通大学医学院附属第一人民医院课题组长（PI）。主要研究方向：基于蛋白质组的转录调控解析研究，建立转录因子DNA修饰结合偏好性解析技术；利用多维度组学解析肿瘤队列分子调控网络图景；肿瘤蛋白质组学，基因组学，转录组学等多组学整合；

以第一作者或共同第一作者在Nature Biomedical Engineering、Advanced Science、Nature Communications、EMBO Reports等国际权威期刊发表多篇SCI论文，总影响因子104+，其中IF >10的SCI论文6篇。

代表性文章：

1: Bai L, Yang G, Qin Z, Lyu J, Wang Y, Feng J, Liu M, Gong T, Li X, Li Z, Li J, Qin J, Yang W, Ding C. Proteome-Wide Profiling of Readers for DNA Modification. Adv Sci (Weinh). 2021 Oct;8(19):e2101426. doi: 10.1002/advs.202101426. Epub 2021 Aug 5. PMID: 34351703; PMCID: PMC8498917.

2: Bai L*, Lyu J*, Feng J*, Xiao Q*, Qu Y*, Yang G*, Zhu Y*, Gao H, Liao L, Zang A, Ding W, Zhang H, Zhu L, Wang Y, Wang L, Wang X, Li Y, Li J, Yin X, Zhao G, Liu D, Gao X, Liao Y, Ye D, Jia Y, Ding C. Proteomic profiling of pan-cancer plasma study for biomarker discovery. Nature Biomedical Engineering. 2024 (Accepted).

3: Zhang H*, Bai L*, Wu XQ*, Tian X*, Feng J*, Wu X*, Shi GH*, Pei X*, Lyu J*, Yang G, Liu Y, Xu W, Anwaier A, Zhu Y, Cao DL, Xu F, Wang Y, Gan HL, Sun MH, Zhao JY, Qu Y, Ye D, Ding C. Proteogenomics of clear cell renal cell carcinoma response to tyrosine kinase inhibitor. Nat Commun. 2023 Jul 17;14(1):4274. doi: 10.1038/s41467-023-39981-6. PMID: 37460463; PMCID: PMC10352361.

4: Lyu J*, Bai L*, Li Y*, Wang X*, Xu Z, Ji T, Yang H, Song Z, Wang Z, Shang Y, Ren L, Li Y, Zang A, Jia Y, Ding C. Plasma proteome profiling reveals dynamic of cholesterol marker after dual blocker therapy. Nat Commun. 2024 May 8;15(1):3860. doi: 10.1038/s41467-024-47835-y. PMID: 38719824; PMCID: PMC11078984.

5: Jin J*, Bai L*, Wang D*, Ding W, Cao Z, Yan P, Li Y, Xi L, Wang Y, Zheng X, Wei H, Ding C, Wang Y. SIRT3-dependent delactylation of cyclin E2 prevents hepatocellular carcinoma growth. EMBO Rep. 2023 May 4;24(5):e56052. doi:10.15252/embr.202256052. Epub 2023 Mar 10. PMID: 36896611; PMCID: PMC10157311.

6: Gao H*, Ge W*, Bai L*, Zhang T, Zhao L, Li J, Shen J, Xu N, Zhang H, Wang G, Lin X. Proteomic analysis of leaves and roots during drought stress and recovery in Setaria italica L. Front Plant Sci. 2023 Oct 11;14:1240164. doi:10.3389/fpls.2023.1240164. PMID: 37885665; PMCID: PMC10598781.

7: Qu Y*, Feng J*, Wu X*, Bai L*, Xu W, Zhu L, Liu Y, Xu F, Zhang X, Yang G, Lv J, Chen X, Shi GH, Wang HK, Cao DL, Xiang H, Li L, Tan S, Gan HL, Sun MH, Qiu J, Zhang H, Zhao JY, Ye D, Ding C. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nat Commun. 2022 Apr 19;13(1):2052. doi:10.1038/s41467-022-29577-x. PMID: 35440542; PMCID: PMC9019091.

8: Li L, Jiang D, Zhang Q, Liu H, Xu F, Guo C, Qin Z, Wang H, Feng J, Liu Y, Chen W, Zhang X, Bai L, Tian S, Tan S, Xu C, Song Q, Liu Y, Zhong Y, Chen T, Zhou P, Zhao JY, Hou Y, Ding C. Integrative proteogenomic characterization of early esophageal cancer. Nat Commun. 2023 Mar 25;14(1):1666. doi:10.1038/s41467-023-37440-w. PMID: 36966136; PMCID: PMC10039899.

9: Li L, Jiang D, Liu H, Guo C, Zhao R, Zhang Q, Xu C, Qin Z, Feng J, Liu Y, Wang H, Chen W, Zhang X, Li B, Bai L, Tian S, Tan S, Yu Z, Chen L, Huang J, Zhao JY, Hou Y, Ding C. Comprehensive proteogenomic characterization of early duodenal cancer reveals the carcinogenesis tracks of different subtypes. Nat Commun. 2023 Mar 29;14(1):1751. doi: 10.1038/s41467-023-37221-5. PMID: 36991000; PMCID: PMC10060430.

10: Qu Y, Wu X, Anwaier A, Feng J, Xu W, Pei X, Zhu Y, Liu Y, Bai L, Yang G, Tian X, Su J, Shi GH, Cao DL, Xu F, Wang Y, Gan HL, Ni S, Sun MH, Zhao JY, Zhang H, Ye D, Ding C. Proteogenomic characterization of MiT family translocation renal cell carcinoma. Nat Commun. 2022 Dec 5;13(1):7494. doi:10.1038/s41467-022-34460-w. PMID: 36470859; PMCID: PMC9722939.

11: Ni J, Tian S, Bai L, Lv Q, Liu J, Liu J, Fang Y, Zhai Y, Shen Q, Rao J, Ding C, Xu H. Comparative proteomic analysis of children FSGS FFPE tissues. BMC Pediatr. 2022 Dec 12;22(1):707. doi: 10.1186/s12887-022-03764-7. PMID: 36503536; PMCID: PMC9743561.

申请程序

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