新药发现是个漫长的过程，从靶点选择、到先导物的寻找、先导物优化的评价系统等任何一关都可能令一个项目停滞不前。现在的模式是疾病靶点关联驱动，一旦一个靶点被认为有前景，一般会开始高通量筛选、建立一系列评价化合物的测试、通常需要解析该靶点晶体结构。但所有这些工作只限制在这个靶点，好比有人设计了一款你认为有销路的牛仔裤，然后开一个商店、找一供货商、建一个销售团队。如果这个产品消费者不认同则这个体系解散，以后再有类似产品这个过程要再重复一遍。
靶点家族体系则从长计议，如作者所经历的表观遗传蛋白家族之一Kme阅读蛋白。这类蛋白以前研究较少，所以配体没有现成的结构类型，作者根据其底物化学特征设计了含有烷基化氨基的多肽化合物库。如果蛋白家族已经研究比较充分如激酶则可根据所谓优势骨架（privileged scaffold）设计命中率较高的化合物库。优势骨架的理念是基于很多蛋白结合腔有类似之处，因为蛋白出于效率考虑多是由板块组装而成，所以即使不同家族蛋白也可能结合腔类似。这一方面令HTS成为可能（蛋白A的配体也可能与蛋白B结合），但也令选择性成为药物优化的一个重要障碍。幸运的是一、两个恰当的氢键或疏水作用就可能带来100倍左右的选择性，关键位置的一个小基团就可能彻底消除脱靶活性。激酶的经验最能说明问题。虽然所有激酶的ATP结合腔都与ATP结合，但现在已有30几个激酶抑制剂上市。
