在我们发表高通量测序文章之前通常要上传测序数据到GEO数据库，现总结流程如下。
注册账户、填写MetaSheet
在NCBI GEO官网注册一个账号，然后登陆。
点击Submission Guidelines .
从中查找GEOarchive spreadsheet format，并下载Metadata spreadsheet, 通常是Download metadata spreadsheet (template and examples) UPDATED!，官方推荐下载最新版，这儿就提供链接了。
下载完之后填写表格。表格中有2个样例表，可以参考着填写。
数据上传，原始测序的fastq一般采用gzip压缩后上传。
Linux下lftp上传
为了方便lftp上传，我写了一个bash脚本, 命名为GEO_upload.sh，只需提供FTP服务器的地址、用户名、密码、上传文件所在目录和上传到FTP服务器的目录即可。
GEO_upload.sh -f ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov -u geo -p password -t
fasp/detination_dir/ -s localdir/
为了简单方便，localdir里面只包含需要上传的文件，包括原始测序文件，
处理后文件和Metadata spreadsheet。
#!/bin/bash
set -e
set -u
usage()
{
cat <&2
${txtcyn}
Usage:
$0 options${txtrst}
${bldblu}Function${txtrst}:
This script is used to upload files to an FTP server using lftp.
${txtbld}OPTIONS${txtrst}:
-f FTP address ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
-u User name ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
-p Password ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
-t Target dir ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
-s Source dir ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
EOF
}
ftp=
user=
passwd=
target=
source_dir=
while getopts "hf:u:p:t:s:" OPTION
do
case $OPTION in
h)
usage
exit 1
;;
f)
ftp=$OPTARG
;;
u)
user=$OPTARG
;;
p)
passwd=$OPTARG
;;
t)
target=$OPTARG
;;
s)
source_dir=$OPTARG
;;
?)
usage
exit 1
;;
esac
done
if [ -z $ftp ]; then
usage
exit 1
fi
cat <lftp.script
open -u ${user},${passwd} ${ftp}
mkdir -p ${target}
cd ${target}
cache size 33554432
set cmd:parallel 10
mput -c ${source_dir}/*
END
lftp -f lftp.script
Filezilla上传
如图所示，填写好登录所需的信息，然后双击进入fasp目录。
在右侧窗口，点击右键，选择创建目录并进入。
将左侧窗口要上传的文件拖动到右侧窗口，开始上传。
在菜单栏的传输—对已存在文件的默认操作—选择上传-继续文件传输即可实现断点续传。
设置重连次数: 编辑-设置-最大重试次数 99; 登陆重试延时 200; 超时秒数 20
上传完成后，需要给GEO的管理人员写一封邮件，大体内容如下：
Receiver: [email protected]
Subject: ftp upload
Context:
Dear Sir/Madam,
Thanks for you kindly host such great public data resource.
I have successfully transferred my data to NCBI-GEO ftp sever.
Here is the information you may be needed for further processing
1. GEO account username: 我的GEO用户名
2. Names of the directory and files deposited: 文件上传的路径, 对应上
面的fasp/detination_dir/
3. Public release date: 2018-12-31 文件释放时间，一般可以设置的比较远
If there is any format or content problem, please do not hesitate to
contact me.
Best,
Name
获取GEO号
待GEO的工作人员审核处理后，你可以在GEO的账户下查看已上次的数据的GEO
号和供Reviewer访问的私人链接用于文章审阅。
Linux下智能上传
另外还可以借助airflow，使得上传更加自动化，具体程序见 GEO_upload.py。
