从尘土中分离出远古人类的遗传物质并不容易。相较于动植物、真菌和微生物,土壤中能找到的古人类DNA极其稀少。此外,样本里掺杂进来自人类挖掘者的DNA也是常有的事。
为提高成功率,Slon和Meyer的团队决定从曾经发现过尼安德特人或丹尼索瓦人遗骸或工具的遗址采集沉积物。他们勘察了七个洞穴,其中有两个在西伯利亚南部地区。
团队运用了“钓出”线粒体DNA的技术来分析沉积物样本,这是由于哺乳动物线粒体DNA在细胞中的含量要比核DNA更丰富。研究者只分析了有多见于古DNA的化学损伤的短序列,以确保他们检验的不是来自现代的遗传物质。
团队从其中四个遗址中取得了九个远古人族个体的线粒体基因组,完整程度各有不同。尼安德特人的DNA在所有四个洞穴中都存在,但是丹尼索瓦人的序列只出现在了西伯利亚南部的一个洞穴里,这也是这个神秘种群被首次发现的地方。
确定这些古人类生活的年代是个棘手的问题。粘附于尘土上的DNA会被水流带走,尔后渗入遗址的土壤之中,最后出现在含有古老得多的物质的地层里,这就有可能会让测定其年代的努力付诸东流。因此,研究人员试图证明他们获取的DNA尚未移位到更古老的地层中。在西伯利亚的Chagyrskaya洞,研究人员在含有动物骨骼和石器工具的地质层中发现了大量动物DNA,而在没有任何人类或其它动物存在迹象的较古老的地层中则一无所获。他们提出,这意味着古人类DNA可能还没有在地质层之间发生移动。