近年来大家对网络药理学的文章是屡见不鲜了，一般的套路呢就是做完网络药理学分析，加个分子对接进行验证，在
pubmed以"molecular docking"为检索词进行搜索发现，基本网药的文章基本都有分子对接，其发文量之大也就不用馆长多说了，所以说分子对接可以说是网药的“标配”了。那有没有什么东西加上后让网药文章刚上一次层楼呢？答案是加网药的“高配”——分子动力学模拟，分子动力学模拟是个啥东东？与分子对接有什么区别呢？能这么牛？一起来看看吧~
馆长个人的理解，分子动力学模拟是在分子对接之后，对受配体的结合稳定性进一步分析和评估，更加形象地模拟了生物体大环境，考虑到温度、压强、电荷等等对受配体结合力的影响。
其和分子对接最显著的区别就在于动态性和静态性。咋们看到的分子对接就是一张固定的构象图，代表着药物分子与靶点结合的最优构象结果，并且假设靶点是刚性的。但是，在实际中，怎么可能一成不变呢？然而，
分子动力学模拟通过长时间轨迹分析，在验证配体与靶点结合的持久性、分析体系的稳定性等方面都有优势
。
（这不就高配吗）
在
PubMed以"molecular docking" and "Molecular Dynamics"为检索词搜索发现，到目前为止，今年发布了3723篇文章，是要远远少于以"molecular docking"为检索词的发文数量，
其发文数量每年递增，拥有很大发文潜力
。放到文章中，定会让审稿人多看一眼，让你的研究在众多网药文章中脱颖而出！
对了顺嘴一提，分子动力学模拟等计算量大的分析肯定是需要服务器的，有需要的朋友来找馆长哈，也可戳
这里
了解咋服务器具体详情
~
今天呢馆长就带大家看一篇分子动力学模拟锦上添花的网药干湿结合绝佳思路文章！
文章由印度团队发表在生信领域顶刊
BIB上，该刊的含金量就不用馆长过多赘述了吧，懂的都懂~
所以
，
朋友们，别在说网络药理学发不了
SCI了，结合“分子动力学模拟”的网药依然可以圆你top梦！你是不是也迫不及待准备大展身手啦？如果对网络药理学、分子对接、分子动力学模拟等技术一筹莫展的话就来找馆长吧~风里雨里时刻为您排忧解难！
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研究方法
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网络药理学分析：
使用
GeneCards和DisGeNet数据库筛选与mPC相关的靶点；通过Swiss Target Prediction、Superpred和Pharmapper数据库确定与MAT相关的药物靶点。二者取交集确定MAT和mPC共有靶点。
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PPI网络构建：
使用
STRING数据库构建共有靶点的PPI网络，并利用Cytoscape软件和CytoHubba插件识别枢纽靶点。
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GO和KEGG富集分析：
利用
DAVID数据库基于枢纽靶点进行GO和KEGG富集分析，揭示与转移相关的生物过程和信号通路。
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临床相关性分析：
使用
UALCAN和GEPIA2数据库分析枢纽靶点在前列腺癌患者中的表达模式和生存相关性。
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分子对接
对
MAT与枢纽靶点进行分子对接分析，以预测它们之间的相互作用。
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分子动力学模拟：
通过分子动力学模拟研究
MAT与靶点的动态相互作用，验证其稳定性。
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功能关联网络分析：
利用
GeneMANIA进行功能关联网络分析，扩展潜在治疗靶点数据库。
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实验验证：
MTT实验、克隆形成实验、细胞迁移实验、filopodia和lamellipodia形成观察以及qRT-PCR验证网络药理学预测的治疗靶点。
研究主要发现
1.
枢纽靶点筛选
2.
功能富集分析和化合物
-靶点-通路网络构建
3.
枢纽靶点的基因表达模式
4.生存分析
5.分子对接
6.分子动力学模拟
7.枢纽靶点的功能关联网络分析
8.MAT预测PI3K/AKT信号通路靶点的分子对接和分子动力学模拟研究
9.实验验证
文章小结
(1)
借鉴已有的中药研究成果（
大多数人都是这么做的，新手友好
）：如某种中药已经有一些治疗某种疾病的初步实验研究，可以在此基础上进行网药分析，进一步挖掘其潜在靶点和机制，然后再通过实验验证和完善；
(2)
