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孟德尔随机化实在太火了！作为当下的生信热点之一，高分文章频出，应用普通的分析思路仅仅能发IF小于10分的期刊，想要突破高分，一定要有缜密的思路、新颖的选题或者高级的分析方法。本文是由中南大学湘雅医院医学博士发表的新作，对疾病进行了双向磁共振分析，以调查类风湿性关节炎和皮肤癌之间的关系。缜密的思路和方法直接拿下12.8的高分。这么好的文章，你确定不想学嘛？
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接下来让我们看看文章的重点吧：
1、
多数据库挖掘数据：本研究挖掘了Uk biobank，FinnGen R9两种数据库，通过整合多种类型数据库，可为研究提供更广泛的数据信息，增强了结果的可靠性。
2、
双向孟德尔随机化:本研究采用MR方法，利用遗传变异作为工具变量，还通过反向MR分析考察了反向因果关系的可能性，探索RA与皮肤癌症之间的因果联系。
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题目：类风湿性关节炎和皮肤癌之间的关系：一项双向双样本孟德尔随机化研究
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杂志：Journal of the American Academy of Dermatology
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影响因子：IF=12.8
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发表时间：2024年1月
公众号回复“原文”二字可以领取本文献，文献编号240630
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研究背景
类风湿关节炎(Rheumatoid arthritis, RA)作为一种慢性自身免疫性炎症性疾病，已经确立了类风湿关节炎与生物减病抗风湿药物(bDMARDs)、皮肤癌之间的关系。在RA中使用bDMARDs可能会增加非黑色素瘤皮肤癌(NMSC)的风险然而，导致皮肤癌风险增加的确切因素尚不清楚。
数据来源
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研究思路
本文采用两样本孟德尔随机化（MR）方法，以类风湿性关节炎（RA）作为暴露因素，皮肤癌作为结局。使用了MR-Egger、加权中位数、随机效应逆方差加权（IVW）和加权模式四种方法进行分析，还通过反向MR分析考察了反向因果关系的可能性。
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主要结果
1、
孟德尔随机化分析
作者以逆方差加权的IVW MR方法作为主要分析手段，结合Wald比率计算的SNP特异性估计值，并假设每个单核苷酸多态性（SNP）不具有方向性多效性效应。RA的遗传易感性与NMSC和皮肤黑色素瘤(CM)风险降低相关，比值比分别为0.74 (βivw = - 0.30, PIVW = 0.021)和0.94 (βivw = - 0.05, PIVW = 0.015)(图1)。
相反的MR分析没有发现任何显著的关联。观察到在基底细胞癌(BCC)中存在保护性遗传关联(βivw = - 0.04, PIVW = 0.007)，但在鳞状细胞癌中没有(βivw = - 0.10, PIVW = 0.279)
（图2）。
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图1
不同孟德尔随机化CM和NMSC与类风湿关节炎遗传易感性相关的森林图
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图2
RA对NMscs和CM影响的可视化MR分析
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2、
富集分析
作者选择了与暴露和结果变量显著相关的SNP，并使用PhenoScanner V2online工具对这些snp进行基因注释。确定了用于富集分析的重要基因。富集分析使用Enrichment数据库。富集分析表明，RA对BCC的遗传保护作用主要富集于Th17分化途径（图3）。
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图3 使用KEGG 2021 Human数据库对RA的SNP进行富集分析
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3、
队列验证
作者整合了一个额外的独立数据集（FinnGen R9数据库）作为验证队列，包括18,982例基底细胞癌（BCC）病例和286,768例对照，以及3,251例鳞状细胞癌（SCC）病例和287,157例对照。结果显示，RA和CM之间可能没有显著相关性（表1）。
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表1 FinnGen数据库中关于基底细胞癌RA特征的详细SNP信息
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文章小结
本文采用两样本孟德尔随机化（MR）方法，对疾病进行了双向磁共振分析，以调查类风湿性关节炎和皮肤癌之间的关系，看完本文大家是不是对复刻孟德尔随机化相关文章更有信心了？学会这些方法和思路，你也能毫不费力拿下12.8分。
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