正文
一七八七年五月的第二周，费城召开了十二个殖民地代表参加的制宪会议。会议期间，驻英公使亚当斯和驻法公使杰弗逊都没能到会。但他们用通信的方式，把各自的建国理念传递给了制宪会议。杰弗逊写到“我非常赞赏构造这样一个全国政府的想法：那个政府必须是一个独立和平地运行的政府，它不需要依赖各州的立法机构。它应有立法，司法，和行政构成。立法部门必须有征税权，众院必需由人民直接选举。我也赞赏大州与小州之间的妥协；我非常赞赏选举人制；还有给予行政当局的否决权，并以两院各自的三分之一票数为界。杰弗逊主张尊重多数，麦迪逊在他的尊重多数后面加上了保护少数，以防止民主成为多数专制的暴民政治。杰弗逊的政治理念就这样融入了《美国宪法》。
一七九零年到一七九三年，杰弗逊出任美国第一任国务卿。杰弗逊的建国理念是以农业为本，保障农民的基本利益，建立一个有着纯朴道德风尚的国家。因此，他极力反对中央集权并坚持州权。这一理念与时任财长的汉密尔顿(Alexander Hamilton)的工业建国，中央集权的强国理念完全对立。为此，杰弗逊和汉密尔顿在内阁中互不相让。两人在首都选址和联邦债务问题上达成了美国历史上的第一笔政治交易。以后在建立央行和对法国革命和英国的关系问题上，杰弗逊和汉密尔顿产生了严重的分歧。华盛顿再三考虑后决定采纳汉密尔顿的意见。杰弗逊接着又对汉密尔顿的国税法进行攻击。杰弗逊还出资让国务院法文译员弗雷泽办报攻击汉密尔顿的大联邦政策，被汉密尔顿指责说他身为联邦政府公务员，竟然出资出版报纸来攻击政府和其政策，实在是不道德。所有这一切，使得杰弗逊对联邦政府灰心丧气，于一七九三年，辞去了国务卿的职务。在野期间，杰弗逊并没有闲着，他把各大城市和农村中反对联邦党人的人们联合起来，组成了反对党——民主共和党（Democratic-Republican）。
一七九七年，杰弗逊当选为第二届总统亚当斯的副总统。杰弗逊和亚当斯的政见不同，但因其副总统职务的原因，杰弗逊对当时的政治几乎没有影响。
一八零零年的大选对新生的美国来说至关重要。因为这次大选是美国历史上第一次政权在不同党派间的交接。由于汉密尔顿和亚当斯的不和造成了联邦党的分裂，民主共和党大行其道。民主共和党两位总统侯选人杰弗逊和伯尔(Aaron Burr)各获七十三票。汉密尔顿操纵众院中的联邦党(Federalist)，使杰弗逊在第三十六次投票时胜出，成为合众国第三届总统。但是政权交接还是个问题，要是掌权的联邦党人拒不交权，而以武力对抗的话，新生的合众国很可能就此消亡。好在当政的联邦党人只是把大量的联邦党人安插在了各级司法部门，以平衡民主共和党在行政和立法机构的势力。
一八零一年初，杰弗逊来到参议院，与副总统伯尔握手。然后，杰弗逊在联邦最高法院首席大法官，他一生的政敌，远房侄子约翰・马歇尔的主持下，宣誓就任美国第三届总统。杰弗逊是第一位在首都华盛顿宣誓就职的总统。杰弗逊一上任就打破了前两届政府的繁文缛节。因为他丧妻后再没续弦，他就请国务卿麦迪逊的夫人多丽做白宫宴会的主人。杰弗逊从不干扰阁员的工作，在他的内阁内实行民主，他自己也仅有一票的发言权。这样一来杰弗逊的内阁几乎没有内部纷争，阁员之间非常和谐。重大事件发生的时侯，每位阁员都有机会发表自己的意见。
杰弗逊任上的最大的事件是“路易斯安纳购买案”(Louisiana Purchase)。这里的“路易斯安纳”包括现在的阿肯色，科罗拉多，南北达科达，堪萨斯，路易斯安纳，明尼苏达，密苏里，蒙大拿，内布拉斯加，俄克拉荷马和怀俄明。当时，美国南部重要港口密西西比河的入海口新奥尔良是西班牙殖民地。西班牙是个弱国，美国可以不在意。但在拿坡仑得到了新奥尔良后，就不一样了。法国有强大的海军，可以轻而易举地把新奥尔良港关闭起来，从而切断密西西比河的入海口，也就切断了美国中西部和西南部的经济命脉。因此，新奥尔良对美国的民生至关重要。为此，杰弗逊和国务卿麦迪逊悄悄地给了美国驻法公使利文斯顿二百万法郎让他在巴黎活动，以谋求从法国手中购买佛罗里达和新奥尔良及周边地区。没过多久，杰弗逊又授命特使门罗以五千万法郎的价格购买这一地区。一八零三年，正值英法交战，利文斯顿在法国等了很久才有机会见到臭名昭著的法国外交大臣塔列朗（CharlesMauricedeTalleyrand-Perigord）。一见面，塔列朗就问利文斯顿有没有钱，利文斯顿是一名正人君子，不知是没明白还是被塔列朗的索贿行为震惊了，一时不知如何是好。同时，在英法海战中拿坡仑败北了，拿坡仑放弃了他世界帝国的幻想，新奥尔良对法国的意义就不大了。于是，拿坡仑认为不如趁早把这一地区卖掉以换取他在欧洲战场上所需的军费。没几天，塔列朗就命人找来利文斯顿，开门见山地问：“你们是不是要整个路易斯安纳？”利文斯顿回答说：“我们只是想要佛罗里达和新奥尔良及周边地区。”塔列朗：“要是把整个路易斯安纳地区都给你们，你们愿出多少钱。”利文斯顿毫无准备，又没有总统指示，他出了一个低价二千万法郎，塔列朗认为价钱太低。第二天，门罗到了巴黎，带来了总统和国务卿的指示，两人商量了一个新价钱。四月十三日，法国财长马伯华接见了利文斯顿，要一亿法郎，经过几次讨价还价，四月底终于以六千万法郎成交。约合一千五百万美元。五月二日，双方签约。杰弗逊和麦迪逊怕拿坡仑改变主意，力促参院通过该条约，十月十七日，参院以二十四对七票通过该条约。年底将近，美国得到了一份圣诞大礼，举手之间，美国的领土增加了一倍。不过在这件事上杰弗逊违背了宪法精神，未经国会批准就与法国签约，事后再要求参院批准。
杰弗逊还是美国海军的奠基人。海军部成立于亚当斯的总统任期内。但是美国海军是在与非洲海盗的战争中（一八零一年至一八零五年）成长起来的。当时摩洛哥、阿尔及尔、的黎波里和突尼斯的海盗一直劫掠船只，抢夺财物。向海盗交保护费比开战便宜，大多数国家为了和平与贸易都向非洲海盗交保护费。杰弗逊原则上反对交保护费，到了一八零一年五月，非洲海盗要求提高保护费金额。杰弗逊拒绝后，他们向美国宣战。美国重整海军派去军舰，开始时没有起什么作用。一八零三年，海盗捕获了“费城”号军舰，将船上炮火转向美国其他军舰。一八零四年，海军上尉斯蒂芬・迪凯特（StephenDecatur）出其不意地突袭，烧毁了“费城”号。杰弗逊乘胜追击，将所有可以调遣的军舰船只派往该地。战局对海盗很不利，一八零五年，非洲海盗同意不再索要保护费。但是，“费城”号上的军官和船员依然滞留在非洲，被扣为人质。为了他们能够被释放，杰弗逊同意向非洲海盗支付六万美元的赎金。美国继续向其他三个国家的海盗交纳保护费，直到一八一五年才停止。
