编者按:
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分享团队:
中国医科大学附属第四医院李明山团队
所刊杂志:
Translational Cancer Research
(
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)
文章标题:
基于TCGA和GEO数据库的高级别膀胱癌复发风险评估模型的开发与验证(
Development and Validation of a Recurrence Risk Assessment Model for High-Grade Bladder Cancer Based on TCGA and GEO Database
)
该研究基于公共数据库(
TCGA
和
GEO
)数据使用
LASSO Cox
回归开发并验证一种高效的高级别膀胱癌复发风险评估模型。该研究数据包括
TCGA
数据库
217
例样本及
GEO
数据库(
GSE31684
)
87
例样本,设定
P
值小于
0.05
且
2
倍差异作为筛选标准进行差异基因筛选并进行
LASSO Cox
回归分析,保证研究的可信性及代表性。
结果显示2,876个差异RNA中284个与复发显著相关,进一步筛选出30个关键RNA,构建多因素风险模型。TCGA作为训练集获得的模型预测复发的AUC为0.911,敏感性0.81,特异性0.89,显著优于传统TNM分期AUC的0.641,以GEO数据库GSE31684数据作为验证集,模型的调整AUC为0.839,亦优于TNM分期。
此外,模型相关基因富集于谷胱甘肽代谢、
PPAR
信号通路等,提示基于风险模型的高复发风险组可能对异环磷酰胺化疗、
PARP
抑制剂及
HER2-ADC
药物更敏感。高风险组患者的中位无复发生存期(
RFS
)显著短于低风险组(
<1.5
年),可有效分层患者并指导个体化治疗。
该研究亮点的亮点在于:第一,整合TCGA与GEO的多组学数据,结合LASSO Cox回归构建模型,减少过拟合并提升稳健性;第二,系统性筛选2,876个差异RNA,涵盖多种功能通路,为机制研究提供新视角;第三,模型可预测化疗敏感性(如异环磷酰胺)、免疫治疗响应及靶向药物(PARP抑制剂)疗效,助力精准医疗。
(论著中文信息由第一作者整理提供,欲览英文原文请扫描下方二维码)
王洪新,中国医科大学附属第四医院,主治医师,医学硕士。主要从事肿瘤介入治疗及致病基因研究。