这篇20+的文章，思路简单，也不难做

今天学习一篇肿瘤免疫逃逸相关的文章思路 [1] 。总体而言，研究思路并不很高深。了解基础背景也就可以自己尝试去设计相关的研究。

一、背景

HLA-I 类分子 ‌ 是定位于细胞表面的蛋白，属白细胞抗原（ HLA ）系统的一部分。 HLA-I 类分子的主要功能是参与抗原的提呈和识别，当 细胞 内出现病原体感染或细胞发生恶变时， 其 产生的异常蛋白质片段会与 HLA-I 类分子结合，并呈现在细胞表面，被细胞毒性 T 淋巴细胞识别 ，从而启动免疫反应，清除被感染或恶变的细胞 [2-3] ‌ 。

NSCLC 患者对免疫检查点抑制剂的响应率有限，部分原因是肿瘤细胞的免疫逃逸机制。 HLA-I 类抗原呈递机制（ APM ）的缺陷已被证实与免疫治疗耐药相关，但其他 APM 组分（如 TAP1/TAP2 ） 的作用尚不明确。 TAP2 是内质网中转运抗原肽至 HLA-I 类分子的关键蛋白 ，其下调可能影响 T 细胞对肿瘤的识别。此外，肿瘤微环境中的免疫抑制因子可能通过表观遗传调控抑制 TAP2 表达。

二、研究工具及方法（简略）

1. 公共数据库数据分析

2. 流式

3.ATAC‑seq/RNA‑seq

4. 细胞共培养

5. 药物筛选（ HTDS ）

6. 多重定量免疫荧光（ QIF ）

这篇文章中涉及到的高级基础实验并不是很多，主要还是集中于生信及临床相关分析。

三、研究内容

1. 临床样本分析 ：通过 QIF 检测 TAP1/TAP2 蛋白在肿瘤细胞和基质细胞中的表达，分析其与 CD8+ T 细胞浸润、 PD-L1 表达及患者生存的关系。

2. 体外功能实验 ：敲低 TAP1/TAP2 ，研究其对 HLA- 肽复合物表达及 T 细胞杀伤的影响。将肺癌细胞与抗原特异性 CD8+ T 细胞共培养，评估 TAP2 缺失对肿瘤细胞凋亡（ Annexin V ）和存活（ LDH/MTT ）的影响。

3. 机制 ：分析 TAP2 下调对免疫相关基因 SOCS1 及 JAK-STAT 通路的影响。通过 ATAC-seq 和 RNA-seq 检测 TAP2 启动子染色质可及性及 IL-4 的调控作用。

4. HTDS 筛选 ：鉴定可恢复 TAP2 表达的药物。

四、研究结果