之前给大家介绍生信工具以及数据库的时候，给大家提过这些生信分析的内容可以用作基金的立项依据，今天本宫结合一篇5分（Journal of Hematology & Oncology）的文章实例，给大家介绍一下如何从生信角度出发设计一个完整的基金课题。
正文
我们的研究方向是结直肠癌，结直肠癌是人人得而诛之的“火箭男”，每年有无数的性命断送在它的手上，足以见证其“邪恶本性”，所以我们决定动用一切力量来彻底毁灭它[1]！
miRNA曾是完全不受人待见，人见人嫌的“熊孩子”，然而越来越多的研究表明有的miRNA其实是本领超强的小哪吒，可以用来干掉“火箭男”，所以我们郑重地决定：凑个热闹！
这世上有茫茫多的“熊孩子”，上哪儿去找小哪吒呢？我们从GEO数据库（美帝设立）和Array Express数据库（欧萌设立）中获取结直肠癌相关的miRNA数据集，每个数据集单独分析之后，合并分析结果，筛选出11个差异表达的miRNAs。
为增加数据结果的可信度，我们又利用TCGA中结直肠癌miRNA表达数据进行了验证，发现只有4个miRNA——let-7a, miR-125b,miR-145和miR-195显著下调。
利用TCGA的临床数据进行生存分析，结果表明只有miR-195可能是小哪吒，其它都是小渣渣。
用miRNA的靶基因预测工具预测miR-195的靶基因，取交集，得到71个mRNA：
为了进一步研究miR-195的功能，我们对它的靶基因进行功能分析，KEGG分析结果表明Hippo signaling pathway显著富集，先前的研究结果表明Hippo signaling pathway和结直肠癌的发生发展有着密切联系（此处省略1万字。。。）
miR-195的靶基因之一YAP1(yes-associated protein 1)是Hippo signaling pathway通路中一个非常重要的转录因子，能够转录激活下游细胞增殖和抑制细胞凋亡的基因，并且先前的研究表明它是一个促癌基因，与多种癌症的发生发展密切相关（此处省略1万字。。。）
我们利用手边的肿瘤样本PCR和WB检测发现：Dramatically！因缺思厅！YAP1在肿瘤样本中显著高表达，而miR-195显著低表达，这二者之间基情满满，关系非同寻常。
生存分析结果更是说明了问题：
研究僧：报告老板，我们的科研经费只剩40块钱了！
老板：买本小张聊科研的科研修炼手册，明年中个基金就有钱了！
在仔细研习了小张聊科研的科研修炼手册之后，我们拟通过体内外实验进一步探究miR-195-5p/YAP1是如何调控CRC的发生发展的。
具体如下：
1、体外细胞实验：
1.1克隆形成、划痕实验、Transwell实验
预期结果：
1.2荧光素酶报告基因实验和上皮间质转分化相关蛋白检测（WB）
预期结果：
2、动物实验
预期结果：
以上这些都是小张常说的套路"做医学基础科研，发表1-3 分文章的四个套路"培训课程上线啦！
此外，YAP1是一个转录因子，如果它能调控一个lncRNA，然后lncRNA又通过ceRNA机制吸附miR-195-5p，这样就能形成miRNA-YAP1-lncRNA-miRNA的负反馈调节回路了！
唉，算了，想太多了！还是先中个青年再说吧！
参考文献：
1、川普在第72届联合国大会上演讲全文
The End
注：本文的实验结果图片均引自Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer，所谓的预期结果都是武汉大学熊斌教授团队的已发表成果。
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