新赛道！“高配版”网络药理学——分子动力学模拟！中医药新思路，纯生信拿下6.8分！

嗨喽！今天看到生信塔这篇文献解读的宝子们有福啦！都说网络药理学好发，但只有做过的人才知道有多卷！

网药经典思路一大堆，想要创新却很难，纯生信也好，结合实验验证也好，只要你会网络药理学分析，再结合ppi网络分析、富集分析和分子对接，一篇中医药纯生信文章就大体成型了。但是一般这样的文章只能发5分以下， 想突破老套路的限制，可以试试这个秘诀——“分子动力学模拟” 。它即可以有效预测化合物的性质，还能确定药物与靶标蛋白的作用机理，今天让我们看看，怎样将它融合到网药分析中去吧！

这篇研究发自 “ BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS ” 期刊，核心内容是研究一种从印度人参中提取的植物成分——Withaferin-A（WA）对乳腺癌的潜在治疗作用，特别是通过影响Hedgehog（Hh）信号通路和靶点网络的相互作用。研究人员采用了 网络药理学和计算机模拟技术 ，揭示了WA在乳腺癌治疗中的作用机制，并通过 分子对接和动力学模拟验证 了其与关键靶点的相互作用。

网药想发到TOP期刊，就是靠各种角度的创新所支撑，目前分子动力学模拟创新性强，发文量并不算多，能给网药研究显著提分！如果你也想发文快人一步，但不知从何下手，快滴滴生信塔吧，生信塔教你轻松拿捏！

l 题目： 整合网络药理学和计算机分析通过Hedgehog通路和靶标网络相互作用破译Withaferin-A的抗乳腺癌潜能

l 期刊： BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS

l 影响因子： 6.8

研究背景

乳腺癌是全球女性中最常见的癌症，其发病率和死亡率均居高不下。尽管医学技术不断进步，但乳腺癌的治疗仍面临挑战。植物来源的化合物因其低毒性、高疗效而成为抗癌研究的新方向。Withaferin-A（WA）是一种从印度人参中提取的植物成分，已被证明在多种癌症中具有抑制肿瘤增殖、诱导细胞凋亡和破坏血管生成的潜力。

研究思路

1、网络药理学分析： 通过SwissTargetPrediction、GeneCards、DisGeNet和OMIM等数据库，识别WA的潜在靶点和乳腺癌相关基因。作者利用Venny工具筛选出WA和Hh信号通路的共同靶点，并通过Stitch和String工具构建WA网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI），最终在Cytoscape中构建药物-靶点网络。

2、分子对接： 使用Glide软件对20个关键靶点蛋白进行分子对接，评估WA与这些靶点的结合亲和力，并与标准药物他莫昔芬（TAM）和卡培他滨（CAP）进行比较。

3、分子动力学模拟： 对WA与关键靶点蛋白的复合物进行100纳秒的分子动力学模拟，评估复合物的稳定性和结合自由能。

4、ADMET和药物相似性评估： 使用SwissADME和ADMETlab工具评估WA的吸收、分布、代谢、排泄和毒性（ADMET）特性，以及其药物相似性。

主要流程图：

主要结果

1、初步网络建设

图1

2、 KEGG富集通路图