第一节课 单细胞测序技术与应用
1.单细胞组学研究简介
2.单细胞转录组测序技术发展及其原理
3.单细胞转录组样本处理、建库及测序
4.单细胞组学在肿瘤、发育、免疫等科研领域的应用及研究思路
5.单细胞测序常用图表解读
第二节课：R语言入门及图形绘制
1.R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明
2.多种来源R包的安装及使用
3.R语言简单语法及常见命令
4.R语言数据处理及统计应用
5.R语言绘图实操：小提琴图，箱型图，火山图，热图，网络图，GO、KEGG富集图
第三节课：单细胞转录组数据分析模块及思路
1.单细胞经典文献串讲熟悉单细胞分析内容和重点
2.单细胞高分文章分析思路解析（细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等）
3.单细胞10大分析模块总结
4.单细胞组学分析常用数据库介绍及使用
5.自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结
第四节课：Linux服务器使用及常规多组学分析实战
1.Linux命令入门讲解及实操训练
2.常规bulk组学分析软件及流程介绍
3.RNA-seq上游质控、比对及基因表达定量
4.ChIP-seq数据分析、peak calling及图形可视化
5.ATAC-seq数据分析及peak calling
第五节课：单细胞转录组数据分析实操
1.10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操
2.从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操
3.通过Seurat质控基因和细胞
4.Seurat归一化处理、PCA降维、聚类、tSNE、UMAP可视化
5.多种方法定义细胞类型
第六节课：单细胞转录组多样本整合及分析
1.DoubletFinder进行双细胞去除
2.重要参数个性化调整讲解
3.细胞亚分群分析
4.单细胞组间差异分析
5.通过Seurat 及harmony合并多样本及消除样本异质性
第七节课：多种功能富集及基因集打分方法实操
1.功能富集分析介绍及常用图形解析
2.通过R包进行GO及KEGG功能富集
3.通过DAVID及metascape等网站进行富集分析
4.GSEA软件及R包完成GSEA分析
5.通过GSVA，AddModuleScore，AUCell等计算基因集得分
第八节课：多种拟时序分析方法介绍及实操
1.monocle拟时序分析细胞及基因选择、降维及细胞排序
2.monocle拟时序各种常用图形绘制
3.monocle拟时序差异表达基因鉴定及功能富集
4.RNA速率方法介绍及流程讲解
5.CytoTRACE进行拟时间分析
第九节课：细胞通讯及细胞代谢分析介绍及实操
1.Cellphonedb细胞通讯分析和图形可视化
2.CellChat单和多数据集分析
3.CellChat各种图形可视化
4.NicheNet分析配体对下游基因调控
5.scMetabolism单细胞代谢分析
第十节课：转录调控网络及拷贝数变异分析
1.SCENIC转录因子分析方法介绍
2.SCENIC共表达网络推断和motif分析
3.SCENIC细胞调控网络活性得分和可视化
4.hdWGCNA单细胞共表达网络分析
5.inferCNV推断染色体拷贝数变异
第十一节课：单细胞多组学分析思路和方法
1.单细胞各种组学技术介绍
2.单细胞常用联合组学解析
3.单细胞多组学整合分析方法
4.转录组+蛋白组联合分析
5.转录组+ATAC联合分析
第十二节课：空间转录组理论及分析内容
1.空间转录组技术发展历程和原理介绍
2.空间转录组技术在科研领域的应用
3.空间转录组CNS文章思路解析及常见图形解读
4.空间转录组技术在癌症、发育及神经科学等领域的研究内容及思路
5.空间转录组学分析模块及与单细胞数据整合分析思路
第十三节课：空间转录组分析及与单细胞联合分析实操
1.10x Visium官方分析软件Space Ranger讲解及实操
2.Space Ranger输出结果解读
3.通过Seurat软件进行降维、聚类和可视化
4.通过Seurat进行基因表达可视化，空间变量特征识别
5.与单细胞数据关联分析（空间细胞类型定义）
第十四节课：空间转录组细胞通讯、轨迹、共定位及共表达分析
1.空间转录组细胞通讯分析
2.空间转录组打分及可视化
3.空间转录组空间轨迹分析
4.空间转录组共定位分析
5.空间转录组共表达分析
第十五节课： 机器学习基础理论及单细胞应用介绍
1.机器学习基本概念介绍
2.常用机器学习模型介绍
3.单细胞分析中的常见机器学习方法
4.降维聚类的机器学习算法
5.分群注释的机器学习算法
第十六节课：机器学习方法应用及单细胞空间多组学思路总结
1.机器学习方法进行细胞类型注释
2.机器学习方法Tangram预测空间转录组的基因表达
3.机器学习方法cell2location预测空间转录组的细胞类型
4.归纳总结零成本单细胞和空间转录组数据挖掘思路
5.单细胞及空间多组学基金申请思路、准备内容及注意事项等
