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R语言入门03：R包安装的4种方法和常见报错

生信菜鸟团 · 公众号 · 生物 · 2024-10-28 18:29

正文

本期目录：

什么是R包？
R包安装

从CRAN安装
从bioconductor安装
从github安装
本地安装

其他安装方法
终极大法
R包常见报错

为了方便大家学习，我已经录制了 配套的视频 ，放在了哔哩哔哩（我的B站账号：阿越就是我）， 免费观看 ，复制以下网址粘贴到浏览器打开即可： https://space.bilibili.com/42460432/channel/collectiondetail?sid=3740949

别问我怎么修改R包的默认安装位置，这不是初学者该学的东西，把你的精力用在刀刃上。但是我在合集最后会介绍如何修改。

R语言学到后面其实就是学习各种R包和函数的使用。

什么是R包？

R包是别人整理好的工具包，内置各种函数以及帮助文档等信息，可以用来实现特定的功能。

R包相当于手机里的APP，不同的APP有不同的功能 ，不同的R包也有不同的功能，比如：有些R包是专门用来画热图的（ pheatmap 、 complexheatmap 等），有些R包是专门用来做生存分析（ survival 、 survminer 等）的，等。

R语言在安装时会有很多自带的R包（包括 base 、 datasets 、 utils 、 grDevices 、 graphics 、 stats 、 methods ），这些R包不需要额外安装，都是出场自带的，安装好R语言就能用了。类似于刚买的新手机有很多内置APP，这些内置APP是不用自己额外安装的。

R包安装

R包就相当于手机里的各种APP，自带的APP很明显是无法满足日常使用的，所以我们需要自己安装其他APP。同理，R自带的R包也是无法满足我们要求的，所以我们也要自己安装其他R包。

安装R包就类似于给手机安装APP ，安装方式有多种。比如：

小米手机可以从 小米应用商店 安装APP，也可以从酷安安装APP，还可以从 Google play 安装，还可以从 官网下载apk 文件到本地安装，等；
苹果手机可以从 App Store 安装，还可以通过 巨魔商店 安装，也可以 本地安装 。

R包安装也有多种方法，不同的R包是存放在不同的 应用商店 的。比较常见的R包安装主要是4种：

从 CRAN 安装，
从 bioconductor 安装，
从 github 安装，
下载安装包 本地安装 。

随着学习的深入你还会遇见其他安装方法，我列举的这几种是最常见的。

R语言是老外发明的东西，我们 要访问老外的东西，由于众所周知的原因，是很困难的 。不只是R，其他的东西比如Python、Linux等，都是这样。

所以在安装R包时，我们一定要先 修改镜像 （mirror）（或者你可以使用魔法，就像你使用Google play需要魔法一样，如果你在国外的话自然是不需要这一步的）。镜像可以简单理解为中国人为了方便自己下载安装，把国外的东西完整复制了一份放到国内，而且会随着国外的更新而更新。使用镜像的好处的不需要魔法我们也可以流畅快速地下载安装R包。

一个R包只需要安装一次即可重复使用，R包也可以更新、卸载、重装，这个道理和手机APP简直是一模一样。

以下是4种R包安装方法的详细介绍，这部分我在哔哩哔哩也有相应的视频介绍，点击即可观看：R语言零基础入门

从CRAN安装

CRAN是最主要的存储R包的仓库，大多数R包都是存储在这里的。

要从CRAN安装，我们首先要修改镜像（如果你人在国外是不需要这一步的）。这个过程在安装好Rstudio之后非常简单，依次点击： Tools - Global Options ：

然后按照下图所示依次点击，在列出的镜像中 任选一个中国的镜像 即可（比如我选择了上海交通大学的镜像），选好之后点击 OK 即可。这样就修改好镜像了，下面就可以畅快的安装R包了。这种修改镜像只需要1次修改即可，以后从CRAN安装R包都会默认使用你选择的这个镜像，不用每次都改。

比如我们现在想要安装 ggplot2 这个R包，使用以下代码即可：

install.packages("ggplot2")

安装R包时一定要注意，R包的名字不能拼错，大小写也不能错，而且必须加引号，双引号或者单引号都可以，但是必须是英文状态下的！加载R包不需要引号。

从bioconductor安装

医学生/医生学习R语言有相当一部分人是想做 生信分析 的，绝大多数做生信分析的R包都不在CRAN中，而是存储在bioconductor中，这个网站是专门存储生物信息学分析所用R包的。

这个仓库也是老外建立维护的，所以要安装这里的R包，自然也是先要更改镜像的。

从bioconductor的官方镜像列表中可知，目前中国镜像有以下4个，分别是 清华大学的镜像、南京大学的镜像、中国科学技术大学的镜像、西湖大学的镜像 ，如下所示：

每次在安装bioconductor的R包之前，都要先运行以下代码更换镜像， 任选一个运行 即可，目前我推荐你使用西湖大学的镜像，原因请看 bioconductor有新的镜像选择啦：

# 使用清华大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# 使用南京大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/")

# 使用中国科学技术大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

# 使用西湖大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

bioconductor的镜像不像CRAN那样只需要改一次，每次在安装bioconductor的包之前，都需要运行一下修改镜像的代码。但是随着学习的深入，你以后也可以通过修改 .Rporfile 文件实现1次修改，永久使用！建议初学者就别搞这些花里胡哨的操作了，还是每次都运行一下吧。

运行外以上代码更改好镜像之后，我们还需要 先安装一个bioconductor的R包管理器 ，才能安装bioconductor中的R包，使用以下代码安装bioconductor的R包管理器，也就是 BiocManager 包：

# R4.3.x对应的bioconductor版本是3.18，R4.4.x对应的版本就是3.19了，注意不要搞错，
# 否则会报错哦
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")

安装好这个包管理器之后，就可以安装bioconductor的R包了。以后再安装bioconductor的R包时，也不需要再重新安装这个包管理器了。

R语言每年会进行1次版本大更新，时间大约是每年的4月份，bioconductor每年会进行两次更新，时间大约是每年的4月份和10月份。bioconductor的版本和R的版本是有对应关系的，比如R4.2.x对应的bioconductor版本是3.17，R4.3.x对应的bioconductor版本是3.18，R4.4.x对应的是3.19。对于初学者来说，不建议跨版本使用。

通常来说R语言不需要频繁的更新，一般不会影响使用，但是如果你一定要更新的话，建议每年的5月份进行更新，刚好是R和bioconductor同时更新的时间，此时的版本刚好匹配，初学者安装R包出错的概率要小一些。

比如我们要安装一个做差异分析的R包： limma ，就可以使用以下代码：

# 每次都要先改镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

# 改完镜像再安装
BiocManager::install("limma")

这样 limma 包就安装好了。以后你要安装bioconductor中的R包，就先改镜像，然后使用 BiocManager::install("xxx") 即可。

从github安装

有一些R包既不在CRAN，也不在bioconductor，而是在github中。要安装github中的R包，建议借助 devtools 或者 remotes 包实现。

remotes 可以认为是 devtools 的精简版，其实区别不大，所以我个人比较推荐使用 devtools 。

首先从CRAN安装 devtools 包：

# 没改镜像的记得先改镜像
install.packages("devtools")

安装好之后再使用 install_github() 安装github中的R包，比如，我现在想要安装 easyTCGA 这个包，使用以下代码即可：

library(devtools)
install_github("ayueme/easyTCGA")

其中 easyTCGA 是R包的名字，前面的 ayueme 是仓库所有者的名字。千万不要写错，写错必然报错！

一般你找到这个R包都会有介绍如何安装，直接复制粘贴即可，github左上角也会有名字的，照抄就行，比如：

但是 国内访问github是有困难的，如果你的网络不行，那么这个方式大概率你会失败 。有的时候即使你能打开github的网页，也不见得你用以上方法就能安装成功。那么这时你可以尝试下面介绍的 本地安装 。

本地安装

本地安装R包就和本地安装手机APP没有任何区别，把安装包下载下来，然后安装就好了。

还是以上面的 easyTCGA 为例，如果你要本地安装，首先你得下载这个R包到你的电脑上，所以你得找到这个R包的下载地址才行！

在github上面的R包的下载地址都是有规律的，通常都是：https://github.com/xxxx/R包名字

比如： easyTCGA 包的下载地址是：https://github.com/ayueme/easyTCGA

打开网址后，按照顺序依次点击：Code-Download ZIP，即可把R包下载到本地了（对你的网络有要求，因为这个网站也是老外的！）。

下载github的R包

我下载的R包存放在我的 E盘-R-R包，这个文件夹里面 ，所以存放路径是： E:/R/R包/easyTCGA-main.zip