最近后台有朋友提问题，当进行组织样本的肿瘤
NGS
检测时，为什么对检测样本有肿瘤细胞含量的要求？今天我们就来聊聊这个问题。
当进行肿瘤
NGS
检测时，最开始的过程是取样，样品制成蜡片后需要进行病理评估样本的肿瘤细胞含量，当满足一定的肿瘤细胞含量后，才允许进行后续的检测，从而得到最终的结果。这是因为取样时既取得了正常细胞，也取得了癌细胞，而待测的基因突变是发生在癌细胞中，一般正常细胞没有这些突变，因此要保证样本中有一定含量的肿瘤细胞，当有这些突变时，才可以检测出来。
下面具体从公式定量计算来看下，分为突变丰度检测和拷贝数检测两类。
1
、突变丰度检测
NGS
进行检测时，检测结果呈现的某个基因突变丰度
AF
（
allele frequency/fraction
）值其实这个突变占所有细胞（正常细胞
+
肿瘤细胞）的突变丰度。那
检测的突变丰度
AF
和
突变在肿瘤细胞占比
有什么关系呢？
NGS
检测到的
X
基因突变（重排）的
AF
丰度、样本中肿瘤占比及变异
X
在肿瘤细胞中的克隆占比有如下关系：
检测的
X
基因变异
AF=
肿瘤占比×肿瘤中
X
变异克隆占比×
0.5
（杂合突变）
[
或
1.0
（纯合突变）
]
。
这个公式中有
2
点需要注意：①一般情况下，肿瘤细胞中的突变，尤其是癌基因突变（如
EGFR
、
KRAS
活化突变，
ALK
、
ROS1
重排）以杂合突变存在。②这个公式未加入拷贝数变异的影响，也就是假设拷贝数没有发生变化。
举个例子具体看下这个公式（杂合突变情况下）：
假设
NGS
实验检测到的
X
基因突变丰度是
5%
，即上述
等式左边
=5%
，假设发生
x
突变
x
基因数量是
5
个，那么
正常细胞和肿瘤细胞中的
x
基因总数
则是
100
个（
100
个
*5%=5
个）；
我们看下等式右边，假设样本中肿瘤细胞占比是
20%
，那么在
肿瘤细胞中的
x
基因数量
=
（正常细胞和肿瘤细胞中
x
基因总数）
*
肿瘤细胞占比
=100
个
*20%=20
个，肿瘤细胞中
x
基因变异占比（即产生
x
突变的肿瘤细胞占所有肿瘤细胞占比）
=
突变的
x
基因数量
*2/
肿瘤细胞中的
x
基因数量
=5*2/20=50%
，这里的乘以
2
是因为杂合突变。即等式右边
=20%*50%*0.5=5%
。所以等式左右相等。
从上面等式可以看出，若样本中肿瘤细胞占比过少的话，肿瘤中
x
基因变异数值需要很大，则才能保证检测出
x
基因变异具有一定的值，才能被方法检测出来，也就是说，若样本中肿瘤细胞占比过少的话，很可能得到假阴性的结果，故检测时，要求样本中具有一定比率的肿瘤细胞含量。
2
、拷贝数检测
对于拷贝数变异
CNV
的检测，检测的报告
CNV
和目标基因的肿瘤细胞
CNV
有如下关系：
报告
CNV=
校正
CNV
×肿瘤占比
+2
×（
1-
肿瘤占比）
假设肿瘤细胞中目标基因
CN
为
20
，当肿瘤占比仅为
10%
时，实际检出的
CN
值
=20
×
10%+2
×（
1-10%
）
=3.8
。
由于正常
DNA
的稀释作用，当一份样本中肿瘤占比低于
20%
时，
CNV
