从临床到科研，生信技能树伴我卷在异国他乡

unset unset 命定的邂逅 unset unset

我们经常说中国医生面临着临床和科研的双重压力，其实这是一种普世现象。在国内我的事业相对顺利，然而出国之后我发现一个严酷的事实：过去的学历和经验全部归零， 除非愿意一直在异国的乡村做家庭医生，否则一定需要干/湿实验室技能，需要漂亮的文章，还需要一个Ph.D.学位。

于是我开启了大龄科研之路。博导是一位赶时髦的临床大佬，对生物信息学和转录组学具有浓厚的兴趣，也不差钱，"hey，这个单细胞基因测序技术很先进，我们试试呗？" 就这样， 我带着导师的经费和希望，毫无准备地开始了生物信息学和转录组学的科研生涯。 永远忘不了那个迷茫而幸运的下午，我在微信搜索框中打出了"生信培训""，在一堆不知所云的广告中遇到了命定的邂逅："生信技能树2023的四月线上培训班"。

——我是非常幸运的，参加生信技能树并且结识曾老师让我的生物信息学学习之路一片坦途。以下几点学习心得想和大家分享：

unset unset 1.重视基础 unset unset

狭义的基础就是课程中Linux和R的基础。我认为"重视"不能仅仅停留在口头上，最直接的"重视"就是"重复"。老师们教授的R和linux课程看过多少遍？演示代码跑过多少遍？例题能不能独立做下来？过了一个星期，一个月是否还能记得？这些都是"重视"的具体化，对象化。只有在这些问题上问心无愧了，才能说自己足够"重视"。 课程结束后在群里的这几个月，我发现大家问的关于装包的问题，大部分在课程中都已经讲过了，如果能再看一遍视频或者答疑，其中很大一部分就能够自行解决。 我刚开始听R课程的时候就不够上心，最终自己写代码画图的时候就总是忘记怎么修改图例，怎么加上显著性标记，最后下定决心把小洁老师的课程又看了两遍，基本上就不会再出现一个傻瓜问题卡一上午的情况了。如果说狭义的基础是计算机知识的应用，那么广义的基础就是临床医学和生物学的一系列背景知识。只有积累了足够的背景知识，我们才能运用生信技术获得自己的独立的科研成果。 虽然课程中老师无法直接涉及这些背景知识，但是技能树的老师总会在需要生物学背景的节点保留一定的批判精神和发散思维。 比如在讲质量控制的时候，PBMC3K的示例代码过滤参数为200 这些细节其实决定了我们每个人研究的异质性，老师的每次提醒都是我们应该课下拓展的基础知识。

unset unset 2.积极主动的文献复现 unset unset

非常开心每次的课程最后都有文献复现的讲座，这几节课就像绳子一样，把基础知识像珍珠串了起来，让我们有一个完整的作品。我认为文献复现代码是一种珍贵的资料，能够帮我们这种基础不扎实的入门级学员快速建立思路，发现问题，解决问题。只有多做几遍文献复现的练习，拿到自己的数据的时候才能从容不迫地建立起自己的数据流水线。比方说，本次课程学习了 新叶 老师和 二由 老师总共三篇的文献复现，我发现文献3的代码框架非常好，因为它把QC和harmony这两步放在后台运行了，因此我可以采用文献三的代码框架；同时，我发现文献2研究了cellchat，那么我可以想办法把这一段应用进来；最后，我发现文献1的堆叠图做的很漂亮，那么我可以在大类注释的时候采用文献1堆叠图的做法。虽然目前我的练习还是非常少，但是已经看到了一些成果，似乎已经走过了抓瞎的状态，希望小伙伴们也要有信心，勤学苦练，一切都会很顺利的。

unset unset 3.敢于提问题，但是不要做伸手党 unset unset

我很喜欢技能树钉钉群和微信群的环境，也非常喜欢和曾老师和团队其他老师的互动。 对于饱受国内外白色巨塔社会毒打的我来说，见惯了所谓德艺双馨老前辈操作的时候把学生关在门外，或者故意讲一些错的细节以防教会徒弟饿死师傅，如此如此“正常”而凉薄的社会关系，突然发现曾老师及其团队这样水平比自己高的学者，愿意在课程之外和聊聊专业困境已然肃然起敬了。 然而我还是想提醒自己和大家，不要做伸手党。伸手党的主要问题就是放纵自己思维上的懒惰。而思维上的懒惰对于研究者来说将会是致命的。我曾经问过曾老师一个很傻气的问题，大致意思是“我不会跑cellranger，您能不能帮我跑一下”。其实问完之后没多久我就后悔了，因为我完全没有尝试自己研究一下cellranger。后来我进行了反思，首先，课上没有讲cellranger，有没有可能是因为cellranger 不难，没有太多可以讲的？其次，我是不是应该先看看官网以及以前的推文，然后看看自己会碰见哪些具体的问题再去提问？最后我发现使用cellranger获得表达矩阵果然非常简单而且程序化， 唯一需要解决的问题反而是学校应该给我多分配几个T的服务器空间，而这只能我自己解决，真是哭笑不得。 我把这些写出来就是提醒自己，思维上的懒惰一方面是描述问题的懒惰，懒得总结目前的形势与情况，希望有人能主动理解自己的情况；另一方面就是解决问题的懒惰，懒得动用自己的脑细胞尝试解决问题，希望报了班就永远有了拐杖。这种心态是永远无法成为顶尖的研究者的。 后来，我复习了几遍过去的课程，又清点了手边的资源，发现我对细分亚群，细胞间通讯，拟时序分析还有诸多疑惑，这个时候我向曾老师请教，曾老师很快回复并且给了我相应的指导。