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做基因的功能实验怕失败?这两个数据库让你早知道

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-10-22 13:02

正文

是不是正在想做细胞功能实验呢?把某个基因KO或者Knockdown,研究其功能呢,有两个数据库也许已经帮你提前验证了,今天我们介绍两个数据库,GenomeRNAi和GenomeCRISPR,两个基于基因功能筛选的数据库。

(1)GenomeRNAi

网址:http://www.genomernai.org/

 

大家都知道,RNA干扰(RNAi)可以将基因的mRNA水平敲减,来研究该基因的功能丧失对于细胞功能的影响,那么RNAi筛选给我们提供了一个全转录组范围内筛选靶标基因的方法,而GenomeRNAi数据库提供从文献中提取来自于人和果蝇的RNAi表型数据,同时也提供该实验条件中的试剂使用信息(引物、siRNA序列),以及对它们的效率和特异性。

现在GenomeRNAi包含果蝇细胞 170 个基因筛选信息,人类细胞127 基因筛选信息。

该网站会根据你所查询的基因列出所有在不同RNAi筛选中得到的表型情况,有的可能对细胞表型没有任何影响,有的实验中发现有表型,可以点击查看。

大部分的表型筛选后,该基因并未被深入研究,这个就是我们想看到的,于是乎,点开来看看该基因所在的染色体位置以及作者当时所使用的siRNA信息,以及当时该实验时的脱靶情况,用于判断该实验的可靠性。

或者根据某篇文章来检索,可以可视化查看该RNAi筛选中,某个基因的下游靶基因

(2)GenomeCRISPR:一个基于CRISPR/Cas9高通量筛选的数据库

网址:http://genomecrispr.dkfz.de/#!/

该网站包含了63个人类细胞系的100个CRISPR高通量筛选数据,我们平常可以根据“基因名或者ENSEMBL ID ”来查询该基因的功能筛选结果。

同时还支持“输入一段基因组区段”,检索改基因组区段上包含的基因所参与的功能研究,检索的结果会包含“文章信息”“作者信息”,直接点击都可以查看。

除了这些以外,同样地可以查看CRISPR筛选到的该功能基因的实验条件(sgRNA序列、其他实验配置),于是咱们可以可视化地对比该基因在不同的sgRNA条件下的KO效率,帮助你我优化sgRNA序列和实验条件。

 另外GenomeCRISPR中的检索情况还可以导出,例如将不同细胞株KBM7RajiHela细胞中的功能基因筛选信息导出,利用Funrich取交集得到交叉的功能基因。


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