TMB检测的标准化之路还有多远？

FDA选择一个通用数字10作为阈值有点出乎意料，因其一刀切的方式和癌症类型间的差异，该阈值的价值备受争议。但这并不意味着高TMB（TMB-H）的概念是错误的，因为TMB-H的患者确实获益了。FDA的批准是为了让更多类型的癌症患者可以使用免疫检查点抑制剂，为患者带来了积极的治疗价值和意义。医生对FDA批准的解释是：对TMB≥10个突变/Mb的肿瘤优先考虑免疫治疗，对TMB<10个突变/Mb的肿瘤优先考虑其他疗法。

TMB是公认的免疫治疗反应预测生物标志物。现在几乎所有的实验室都在提供TMB检测，但不同实验室在TMB的计算、报告和解释方式上存在很大差异。TMB标准化工作正在进行中，但目前还没有发表的TMB验证和报告指南。

TMB检测分析工作流程

认识到临床TMB检测所面临的挑战，美国分子病理学协会（AMP）召集美国临床肿瘤学会（ASCO）、美国病理学家协会（CAP）和癌症免疫治疗学会（SITC）组成了一个多学科TMB工作小组，基于现有证据发布了一个TMB联合共识建议，涵盖了TMB检测分析的分析前、分析中和分析后因素。随着新技术和科学的进步，应不断重新评估和修改TMB检测建议。

该联合共识直接给出了13条专家建议，包括实验室验证分析报告，富集方法和测序panel大小等。

TMB联合共识13条建议

临床实验室采用的TMB评估方法缺乏统一性。尽管基于扩增子法的测序也在使用，但最流行的还是杂交捕获法。不同的靶向富集方法之间存在差异性，会影响TMB的计算。

一般来说，TMB评估的准确性与基因组测序的panel大小直接相关，小panel导致的误差较多，而WES或WGS测序导致的误差较小。现在TMB检测绝大多数的panel大小在1~2Mb（>300个基因）。

TMB检测涉及湿实验和干实验两部分，每个环节都可能会影响TMB的计算。因此，仅使用外部参考品来判断TMB检测的分析性能并不总是可行。TMB工作小组建议对所有TMB检测进行正交验证研究（如WES），以衡量其相对高质量对照的性能。

在选择用于验证TMB检测的样本（例如组织FFPET-DNA或血液ctDNA）时，应考虑正在开发的检测类型，因为不同的检测具有不同的特性和样本要求。同时，考虑到不同肿瘤类型的TMB不同，实验室应将常见肿瘤类型纳入其TMB检测的分析性能评估中。

根据实践调查结果，缺乏具有明确TMB的样本用于检测开发和验证是TMB检测实施的主要障碍。 多个参考品来源（如市售质控品、细胞系、已知MSI阳性或POLE高突变样品）是可用于评估TMB准确度和精密度以及评估TMB检测分析测量范围和检测下限的。

进行计算机正交验证（虚拟验证）实验具有诸多优势，包括减少验证时间和成本以及能够以独立方式验证检测的生物信息学部分。由于计算机验证方法是总TMB分析的一部分，因此应将其视为包括湿实验和生信性能评估的验证补充，而不是替代。

根据实践调查结果，约有一半的实验室是进行肿瘤体系-胚系配对测序，有一半实验室是进行仅肿瘤体系测序。由于只有体系变异才有能力产生肿瘤新生抗原，因此在TMB评估分析之前去除胚系变异非常重要。如果仅进行肿瘤体系变异检测，则应适当验证用于胚系变异过滤的具体方法及其局限性。

不同NGS检测和不同实验室的变异检出算法策略有所不同，因此确定特定变异调用流程非常重要。比如，实验室通常不会分析报告同义突变，但对于包含同义突变类型的TMB算法，需要对流程进行评估。

随着癌症诊断中重要基因和基因组变异的开发和识别，实验室检测panel可能会更新升级。此外，即使在同一实验室，分析流程和版本不同，TMB值也不一定具有可比性。因此，有关用于TMB检测的信息可能有助于解释TMB数值并实现检测之间的比较。

变异调用的算法策略因NGS检测而异，一些实验室可能会使用多个调用程序，并采用变异调用的并集进行TMB分析，应关注其生信流程名称、版本和属性等因素。

目前，已发表的文献中没有足够的证据来具体推荐哪些变异类型应纳入TMB计算。在缺乏技术标准化的情况下，为了能够对TMB检测进行比较，需要将此信息作为报告的一部分进行传达，报告应清楚地指出TMB计算中包含和排除的表一类型。鉴于在不同检测中所查询的基因组区域存在差异，TMB工作组建议将TMB报告为每Mb中的突变数值，而不是NGS检测中发现的突变总数，以便于解释TMB报告并实现检测结果之间的比较。