评估工作按照工作准备、数据填报与自查、数据整理与核查、数据统计与评定四个阶段进行。
（一）工作准备阶段（1月16日—1月27日）。
各省、自治区、直辖市和军队系统博士后工作管理部门按照本通知要求制定评估工作方案，进行动员部署。
（二）数据填报与自查阶段（2月5日—3月20日）。
1.设站单位登录人力资源社会保障部留学人员和专家服务中心（中国博士后科学基金会）官网首页“博士后工作评估”系统，在线填报“博士后工作评估数据”。
2.组织本单位在站和出站时间不满6个月（截至2025年3月20日）的博士后人员凭办理进站手续时使用的用户名、密码登录“中国博士后网上办公系统”，在“个人情况—在站期间成果”栏目下如实补充相关内容。
3.组织本单位博士后合作导师，登录“博士后工作评估”系统（合作导师登录账号由设站单位统一分配），在线填写博士后合作导师调查问卷。博士后招收人数少于5人的博士后科研流动站、工作站，合作导师调查问卷数量为实际在站人数；大于或等于5人的，合作导师调查问卷填写数量不少于5份。
4.设站单位根据日常工作情况，客观、公正地进行自我综合评价，导出本单位《博士后工作评价汇总表》（设站单位）并打印，由设站单位博士后工作负责人签字盖章后扫描上传至系统。军队系统博士后设站单位汇总纸质《博士后工作评价汇总表》（设站单位），签字盖章后上报军队系统博士后工作管理部门。
（三）数据整理与核查阶段（3月21日—6月20日）。
1.实地检查。各省、自治区、直辖市和军队系统博士后工作管理部门有针对性地组织对参评设站单位进行实地检查，主要内容包括：参评设站单位博士后平台建设情况、博士后日常工作开展情况、博士后政策规定执行情况以及博士后制度效能发挥情况等。
2.数据反馈。中国博士后科学基金会将通过“中国博士后网上办公系统”采集博士后招收情况、博士后科研项目情况、博士后科研成果情况以及博士后人员、合作导师调查问卷，并组织专业科技信息机构，对采集的博士后科研成果数据进行检索、查证。
中国博士后科学基金会于5月12日前将查证数据分别反馈，各省、自治区、直辖市和军队系统博士后工作管理部门负责反馈给设站单位进行核对补充。5月12日—5月30日，省级博士后工作管理部门凭用户名、密码登录“中国博士后网上办公系统”，在“我的邮箱”栏目下的“收件箱”中接收“评估数据反馈”邮件，并按要求完成数据反馈工作。
3.评价汇总。各地区根据设站单位评估数据反馈情况和平时开展工作情况，客观、公正地评价设站单位博士后工作情况，汇总博士后工作评价意见，于2025年6月20日前登录“博士后工作评估”系统，填写评价意见，汇总导出本省（自治区、直辖市）《博士后工作评价汇总表》（省级博士后工作管理部门）并打印，由省级博士后工作管理部门负责人签字盖章后扫描上传至系统。军队系统博士后管理部门上报签字盖章的纸质版《博士后工作评价汇总表》（省级博士后工作管理部门）。各地评价上报的优秀等次流动站、工作站比例原则上不超过本地区参评设站数量的15%，良好比例不超过55%。
（四）数据统计与评定阶段（6月21日—8月31日）。
中国博士后科学基金会汇总、处理评估数据，形成初步评估结果。
全国博士后管委会办公室在此期间组织有针对性的检查工作。
