专栏名称: 生信媛

生信媛，从1人分享，到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程，持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。

R的日常-解决R包demo数据找不到的问题

生信媛 · 公众号 · 生物 · 2020-03-09 16:54

正文

请到「今天看啥」查看全文

按照xcms给的LC-MS/MS数据处理的代码，出现如下报错：

> dda_file +                         package = "msdata")
> dda_data Error in FUN(X[[i]], ...) : inherits(x, "mzR") is not TRUE
In addition: Warning message:
In normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) :
  path[1]="": 文件名、目录名或卷标语法不正确。

查看dda_file:

> dda_file[1] ""

为空。说明该路径下没有我们需要读取的文件。于是去翻安装好的msdata包。果然没有对应的数据提供。

既然这个数据被用到，这个数据肯定曾经存在过。只是不在这个版本里面。

那，在哪个版本里呢？

仔细查看文档，发现文档引用了这个数据的文献：

Ludwig C, Gillet L, Rosenberger G, Amon S, Collins BC, Aebersold R: Data-independent acquisition-based SWATH-MS for quantitative proteomics: a tutorial. Molecular systems biology 2018, 14:e8126.

2018年8月份发的文章，那这个包必须是在这个时间点之后，而在R 3.6对应的bioconductor 3.10版本之前。

> library(BiocManager)
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), ?BiocManager::install for help

查询bioconductor版本与释放时间：

https://bioconductor.org/about/release-announcements/#release-versions

下载对应版本的msdata包进行查看：

$ cat list
http://bioconductor.org/packages/3.8/data/experiment/src/contrib/msdata_0.22.0.tar.gz
http://bioconductor.org/packages/3.9/data/experiment/src/contrib/msdata_0.24.1.tar.gz

wget -i list
# 下载数据

最后在bioconductor 3.9对应的msdata_0.24.1.tar.gz找到了我们需要的数据（msdata_0.22.0.tar.gz没有这个数据，应该说，目前为止，只有3.9版本对应的这个才有该数据）。

把该数据拷贝到我们本地安装的msdata目录下即可。

重新运行代码:

OK了。打完收工。

R包更新，某些函数或者数据更换修改是常有的事情，希望这篇文章可以给大家一点帮助。