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2025年动植物基因组学(PAG)大会现场速览(内附彩蛋)

尹哥聊基因  · 公众号  ·  · 2025-01-21 07:30

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动植物基因组学大会 (Plant and Animal Genome Conference,PAG)是世界上最大的农业基因组会议,同时也是国际动植物基因组学领域的重要盛会。PAG始于1994年,也是人类基因组计划开始的第四年,每年一月都在美国圣地亚哥的“城乡度假会议中心”(Town & Country Resort and Convention Center)举办。

除疫情期间2022年停办一年, PAG已走过了32个年头 ,作为全球动植物基因组学领域规格最高、规模最大的年度会议,已然成为全球动植物基因组学研究者交流和展示最新科研成果的重要平台。近年来,PAG会议进一步加强了国际化和多元化的发展,除主会议在美国本土举办,还在亚洲等地区设立分会,如PAG Asia会议,以更好地满足不同地区研究人员的需求。

本次大会为期6天,共有超100家展商,220个学术论坛,1200张海报摘要,超3200学者和从业人员参加。单从赞助商来看,超大型国际种业集团GDM、Bayer、Corteva和Limagrain领衔赞助,测序厂商和服务商紧随其后。

PAG为全球动植物基因组学研究者提供了一个展示和交流最新研究成果的平台,为不同国家和地区的研究人员建立了广泛的合作关系,促进了资源和数据的共享,加速了科研成果的产出和应用。PAG会议展示了基因组学在农业、畜牧业、生物技术等领域的应用研究成果,真正做到了产学研和科研转化的良性循环。

作为一个“巨无霸”会议,PAG涵盖的内容非常全面且多元,涵盖了模式生物、畜禽、水生生物、作物、微生物等基因组的最新研究进展,同时也展示了最新的基因组测序技术、基因编辑技术、基因组学大数据分析工具等。

以下总结了此次会议的一些关注焦点:

01

“泛基因组”和“T2T”

△ 部分泛基因组报告

△ 部分T2T报告

本次大会, 泛基因组 (Pan-genome)研究绝对是非常活跃的讨论领域,34个主题报告,46个poster abstract高居榜首。 T2T基因组 (Telomere-to-Telomere Genome)遍布了猪、牛、羊、马、骡子等常见经济动物和秋葵、西瓜等经济作物。长读长技术在动植物基因组领域的爆发式应用,让泛基因组的研究成为当下最热门的话题。

测序技术的高速发展,让动植物科研工作者能够更全面地分析物种内的遗传多样性,揭示基因组中的复杂重复序列和结构变异,从而理解复杂性状的遗传基础,支持精确的基因编辑和育种计划,加速新品种的开发。

02

“共享”和“联盟”

相较于人类基因组研究的充足经费, 动植物 基因组研究往往捉襟见肘,数据共享和联合研究的重要性不言而喻。 通过数据共享,科研人员能够访问和利用全球范围内的基因组、转录组、甲基化组等多种组学数据,从而更全面地理解动植物的遗传多样性和生态适应性。此外,联合研究促进了不同学科和地区的科学家之间的合作,使得研究能够突破单一实验室的限制,汇聚更多的资源和智慧,加速科学发现和创新。

本次大会有两个比较有意思的联盟与大家分享一下:

Animal Breeding-RCN

Animal Breeding RCN(Research Collaboration Network)是一个专注于家畜、家禽和水产动物基因组研究的科研合作网络。该项目旨在通过频繁的会议和交流,协调和优先考虑动物基因组研究,识别控制重要性状的基因区域和基因,并将研究成果与全球科学家共享。其目标是提高农场动物生产的效率和效果,为全球粮食可持续性做出贡献。RCN主要关注四个研究领域:基因组测序、功能注释、基因组表示和精准表型组学与育种。

FarmGTEx

FarmGTEx(Farm Animal Genotype-Tissue Expression)项目是一个国际性的科研合作项目,旨在为家养动物构建一个全面的分子表型QTL数据库。该项目通过全球科学家的合作,致力于发现控制农场动物重要性状的基因区域和基因,从而帮助我们更好地解析重要经济性状以及环境适应性的分子遗传机制。项目分为试点阶段(2018-2023年)、主要阶段(2022-2033年)和增强阶段(2022年至今),计划调查每个家畜物种超过50种组织/细胞类型中的超过1000个个体,以实现对调控景观及其对经济价值复杂性状影响的全面视图。

△ 部分PigGTEx成果

03

便宜、便宜、更便宜

作为全球最大的农业基因组大会,众多种业企业齐聚一堂,关注着基因组学在经济物种上的转化应用。对于价格极端敏感的农业领域,成本控制是亘古不变的主题。自2001年Meuwissen首次将全基因组选择(Genome Selection)应用于分子育种领域,提供“最全、最准确、最便宜”的基因分型技术成为一众从业人员的追求。

△ 部分低深度全基因组测序的报告

低深度全基因组测序 (Low-pass WGS)正成为一种重要的基因分型方法,它通过低成本的测序策略,对群体中所有个体进行全基因组低深度重测序和变异查找,再利用连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)对缺失的序列进行推断和基因型填充,最终获取大规模样本全基因组水平的高密度基因标记。这种方法不仅减少了测序数据量和成本,还能通过基因型填补得到全基因组范围内的高密度SNP,满足高SNP密度和大样本量的需求,性价比更高。

本次会议上, 华大智造 子公司Complete Genomics在分论坛上分享了 AgriHigh低深度全基因组测序组合产品 在猪、牛、水稻上的应用数据,获得了广泛关注。 截至2024年12月,华大已破译动植物基因组超5100种,约占到全球总贡献值的41%。

该组合产品是一套专为农业科研和育种应用而开发的全流程组合产品,包括硬件、软件和试剂,涵盖“核酸提取-建库-测序-生信分析”流程,配备灵活组合的自动化方案,可满足不同的通量需求。与传统建库方法不同,AgriHigh采用全新的板式建库试剂盒,仅需三步(打断、连接反应、等体积混合)即可实现大规模建库,极大地缩短建库时间。

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开放试用产品: MGlEasy Large-scale PCR-FREE全基因组低深度酶切文库制备试剂套装(板式)

试用申请条件: 前20名客户免费申请

试用申请日期: 即日起至2025.3.31

参考资料:

[1] https://www.animalgenome.org/RCN/?tab=obj

[2] https://www.farmgtex.org/

[3] https://intlpag.org/PAG32/


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