专栏名称: 生信媛

生信媛，从1人分享，到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程，持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。

用这个工具你也能画出CNS级别的共线性图

生信媛 · 公众号 · 生物 · 2019-07-16 10:42

正文

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在「JCVI教程」编码序列或蛋白序列运行共线性分析流程（上）还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的强大之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓展下思路。

首先要运行如下代码获取目的数据

python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica,Tcacao
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Vvinifera_145_gene.gff3.gz -o grape.bed
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_139_gene.gff3.gz -o peach.bed
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Tcacao_233_gene.gff3.gz -o cacao.bed
python -m jcvi.




    
formats.fasta format --sep="|" Vvinifera_145_cds.fa.gz grape.cds
python -m jcvi.formats.fasta format --sep="|" Ppersica_139_cds.fa.gz peach.cds
python -m jcvi.formats.fasta format --sep="|" Tcacao_233_cds.fa.gz cacao.cds
# find ortholog
python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach --cscore=.99
python -m jcvi.compara.catalog ortholog peach cacao --cscore=.99
# build .simpe
python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple grape




    
.peach.anchors grape.peach.anchors.new
python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple peach.cacao.anchors peach.cacao.anchors.new

然后按照教程的配置文件进行画图

layout文件内容如下

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .7,     .2,    .4,      45,      , Grape, top, grape.bed
 .5,     .2,    .8,       0,      , Peach, top, peach.bed
 .7,     .4,    




    
.8,     -45,      , Cacao, bottom, cacao.bed
# edges
e, 0, 1, grape.peach.anchors.simple
e, 1, 2, peach.cacao.anchors.simple

seqids文件内容如下

chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19
scaffold_1,scaffold_2,scaffold_3,scaffold_4,scaffold_5,




    
scaffold_6,scaffold_7,scaffold_8
scaffold_1,scaffold_2,scaffold_3,scaffold_4,scaffold_5,scaffold_6,scaffold_7,scaffold_8,scaffold_9,scaffold_10r

运行 python - m jcvi . graphics . karyotype seqids layout 会得到如下结果

我就在思考一个问题如何让他形成一个三角形。经过一波三角运算和不断尝试，我摸索除了下面的layout

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .5,      0.025,    0.625,      60,      , Grape, top, grape.bed
 .2,      0.2,    .8,       0,      , Peach, top, peach.bed
 




    
.5,     0.375,    0.975,     -60,      , Cacao, top, cacao.bed
# edges
e, 0, 1, grape.peach.anchors.simple
e, 1, 2, peach.cacao.anchors.simple

运行 python - m jcvi . graphics . karyotype seqids layout 会得到如下结果

当然这里只展示了，grape和peach, peach和cacao之间的共线性，我又想着能不能加上grape和caocao呢？我尝试着运行下面的代码，

python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape cacao --cscore=.99
python -m jcvi.compara.synteny screen 




    
--minspan=30 --simple grape.cacao.anchors grape.cacao.anchors.new

并继续修改了layout

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .5,      0.025,    0.625,      60,      , Grape, top, grape.bed
 .2,      0.2,    .8,       0,      , Peach, top, peach.bed
 .5,     0.375,    0.975,     -60,      , Cacao, top, cacao.bed
# edges
e, 0, 1, grape.peach.anchors.simple
e, 1, 2, peach.cacao.anchors.simple
e, 0, 2, grape.cacao.anchors.simple

运行 python - m jcvi . graphics . karyotype seqids layout 会得到如下结果

我觉得只要你有数据和时间，肯定能用JCVI画出下面的图了，毕竟这个图估计也是唐老师画出来

图片来自于https://science.sciencemag.org/content/345/6199/950