“纪之为体，犹《春秋》之经，系日月以成岁时，书君上以显国统”。本纪记一代帝王事迹，关系重大。“三朝国史”未立本纪，雍正朝纂修“四朝国史”时，也只是强调将那些“能显立功勋，诚敬任事之大臣与夫轶群出众有才之人”，“博采闻见，荟萃成编”，以免“阅世久远，或致阙略”，使“国家宣力有功之大臣，不致泯没”。乾隆朝则不同，清高宗极为重视本纪的纂修，随时亲自指导。
乾隆二年（1737）国史馆纂修《清世宗宪皇帝本纪》，清高宗谕令将清世宗即位前诸事纂入《本纪》，他说：“皇考世宗宪皇帝临御十三年，所降谕旨、所行政事，现在恭修《实录》，敬谨叙入，但皇考前在藩邸时事迹并无记载。”“我皇考与皇祖圣祖仁皇帝、世祖章皇帝不同，皇祖圣祖仁皇帝、世祖章皇帝皆自冲龄即位，临御以前并无应行恭纪之事。皇考即位之时年已四十有五，从前恭侍皇祖，承欢慈颜，恪遵庭训，仰蒙皇祖恩勤教育，及处朕伯叔之间，诸事如何措置之处，理宜详载，以备将来纂修国史叙入皇考《本纪》。雍正七年，皇考曾于养心殿连日召见诸王公、文武大臣官员等，面谕以皇考所行、所历之事，时朕与和亲王亦预闻焉。其后皇考屡向朕弟兄降旨，欲将自幼阅历之事俟闲暇之时再行详悉告谕，而竟未果。现在大臣中经阅其事者甚少，即或有人虽及其时，而于关系内廷之事亦无从得知，惟有诸叔父皆及其时，经阅其事。”履亲王、庄亲王、果亲王尔三人“各据所见、所闻、所记者恭录呈览，候朕笔削更定后再交大学士等纂入国史皇考《本纪》”。
“五朝国史”以纂修《太祖高皇帝本纪》为先，乾隆元年十月《太祖高皇帝本纪》纂修完竣进呈清高宗。其后，太宗、世祖、圣祖三朝本纪，亦于乾隆二年、三年、八年、九年、十年分别完成，陆续进呈。乾隆十一年（1746）十一月，国史馆总裁讷亲将最后一部分本纪进呈清高宗：“《世宗皇帝本纪》自乾隆十年六月修起，至今年六月进呈过雍正三年以前四卷，兹将雍正四年至十三年《本纪》清、汉各四卷缮写，恭呈御览。”至此，“五朝国史”本纪纂修全部完迄。从乾隆元年三月至乾隆十一年十一月，国史馆陆续纂修完成《太祖高皇帝本纪》二卷、《太宗文皇帝本纪》四卷、《世祖章皇帝本纪》八卷、《圣祖仁皇帝本纪》二十四卷、《世宗宪皇帝本纪》八卷，均缮写为满、汉文两套，各四十六卷。
（二）宗室及大臣列传的纂修
列传的纂修分为三个阶段，步步推进。每一个阶段都预先制定纂修计划，待完成后再接续制定下一阶段的纂修任务。
第一阶段：乾隆元年（1736）十月至十二年（1747）八月
乾隆元年，鄂尔泰奏请“俟四朝本纪编定之后，次第排纂”“表、志、列传等项”。清高宗否定了馆臣们的计划，认为这样做“旷日持久，书成未免太迟”，敦促国史馆史臣“一面办理本纪，一面将表、志、列传等排纂”。乾隆十一年（1746），“五朝列圣《本纪》清、汉各四十六卷”完成之时，国史馆亦纂修完成“一百十人”之列传。乾隆十二年，复续修完成“功臣七十六人列传清、汉各六卷。”乾隆十二年八月二十八日，国史馆总裁大学士讷亲奏请开始第二阶段的列传纂修：
自景祖翼皇帝、显祖宣皇帝、太祖高皇帝、太宗文皇帝、世祖章皇帝以前之诸王、贝勒、贝子、公、将军，及历任至康熙年间身故者，伊等当开国之初，艰难戮力，勋业鸿伟，相应照前凡例，其子孙功绩有应行合传者、有应另行立传者，统行编辑；再查效力三朝、历任康熙年间身故之大臣未经立传者，一并纂辑；统俟完竣后，再将以后之诸王以下大臣等相应列传者具折请旨可也，为此谨奏。
第二阶段：乾隆十二年（1747）八月至乾隆十四年（1749）六月
在完成了七十六人列传之后，讷亲奏请纂修自入关后顺治朝追溯至入关前后金、乃至清太祖努尔哈赤之父塔克世、祖父觉昌安时期“诸王、贝勒、贝子、公、将军”及效力三朝、历任康熙年间身故之大臣列传。乾隆十二年十二月二十五日，讷亲将“景祖翼皇帝、显祖宣皇帝、太祖高皇帝、太宗文皇帝、世祖章皇帝、历朝诸王、贝勒、贝子、公、将军等及效力三朝历任至康熙年间未经立传之大臣”，缮写名单进呈清高宗钦定，并奏请“康熙年间授封之王、贝勒以下、辅国将军以上，俟顺治年授封之王贝勒等列传完竣，再行奏请”纂修。第二阶段的国史列传纂修于乾隆十四年六月顺利完成，共纂修功臣、大臣四十八人。
第三阶段：乾隆十四年（1749）六月至十八年（1753）十一月
随着第二阶段宗室列传纂修的完成，第三阶段国史列传纂修随即开始。前一次奏请纂修国史列传时，国史馆总裁讷亲曾奏请纂修完成后续修“康熙年间授封之王、贝勒以下、辅国将军以上”大臣列传。乾隆十四年十二月十八日，监修总裁官大学士傅恒等奏请接续纂修国史列传：
臣等奉命恭纂国史，敬谨编辑，……于乾隆十二年九月初一日具奏前项列传全竣日，其宗室王公以下功臣大臣等未经立传，应行续修者，再行具折请旨，奉旨：依议，钦此。钦遵在案。目今正本俱已完竣，合将宗室、诸王、贝勒、贝子、公、将军等于康熙年间受封至雍正年间身故者，并满、汉功臣等宣力四朝至雍正年间身故未经立传者，先期行文取具事实，汇齐到馆，再行开列名单，具折请旨，陆续编纂。
国史馆先行筛选确定下来二百五十人进呈清高宗，清高宗在审阅了傅恒等人进呈的拟立传名单后批准了傅恒等人的奏请。这一阶段列传纂修一直延续到乾隆十八年十一月。
（三）十四志的纂修
“五朝国史”纂修，史志部分是一项重要内容。早在乾隆元年，清高宗即谕令国史馆在纂修国史本纪的同时，亦要兼顾国史馆志、表的纂修。按照国史馆原定计划，“五朝国史”史志部分拟分《天文》、《地理》、《时宪》、《河渠》、《职官》、《选举》、《礼》、《乐》、《兵》、《刑》、《艺文》、《食货》、《仪卫》、《舆服》等十四门，称为“十四志”，与修人员六人，预计于乾隆十二年十一月纂修完竣。然而因人事安排不当，与修人员流动转换频繁，“纂修六员自十二年二月以后至今已更换五员”，新到各员到馆之初，“务须将从前纂过书籍详加较阅，始可接次编纂”，耽延了大量时间，国史馆并未在预定时限内完成志书的纂修，不得不请求展限至乾隆十三年六月。上谕稽查馆审核后，认为“该馆各纂修更换缘由俱属相符”，“准其展限至本年六月内该馆志书完竣”。然而，实际上“五朝国史”书志的纂修一直延续到乾隆十三年的七月方才初步完成。乾隆十三年（1748）七月十五日，国史馆总裁大学士张廷玉向清高宗汇报国史志书完成情况：
